Sully wird unter der Anschuldigung verhaftet, er sei aus der amerikanischen Armee desertiert. Obwohl das tatsächlich der Fall ist, hat Dr. Quinn den Verdacht, dass an der plötzlichen Festnahme etwas faul ist. Senator Moses bestätigt ihre Vermutung, wird jedoch ermordet, bevor er ihr weitere Informationen geben kann. Dr. Quinn wendet sich an General Parker und macht ihm klar, dass eine Verschwörung gegen den Präsidenten im Gange ist. Eilig befreien die beiden Sully, mit dessen Hilfe sie die Ermordung des Präsidenten im letzten Moment verhindern können. Durch ein geheimes Schriftstück können sie außerdem beweisen, dass Steward der Verräter ist. Als Belohnung für seinen Einsatz spricht der Präsident Sully von allen Anschuldigungen frei und ernennt ihn zum neuen Beauftragten für die Indianerreservate in Colorado.
Arriving in Washington, Dr. Mike and Sully find it difficult to find anyone to listen to their concerns. Sully is arrested for army desertion while a plot against the president is overheard. Michaela must break Sully out of jail to expose the conspiracy.
Alors qu'il s'apprête à repartir pour Colorado Springs, Sully est arrêté par la police militaire pour désertion. Michaela va tenter de le sortir de prison...
Michaela decide di rinunciare al lavoro offertole dal Presidente, insieme alla famiglia, sta per tornare a casa. Tuttavia Sully viene arrestato proprio quando è in procinto di partire. L'accusa è di diserzione, ma il Dr. Mike non vuole credere al motivo per cui Sully è detenuto. Quando Michaela va a trovare Sully, l'uomo le conferma che effettivamente era nell'esercito dopo la morte di Abigail e poi ha disertato dopo aver capito che non era la vita per lui. Sully non fa in tempo a dirle molto, se non che la ama, prima che la trascinino fuori dalla prigione. Michaela incontra il Senatore Moses e gli chiede aiuto per liberare Sully, lui le dice che è una storia vecchia che risale alla Georgia, ma i due sono interrotti dal Senatore Steward, che li intravede discutere. Quando Michaela fa visita a Moses nel suo ufficio, lo trova morto. Lei sospetta che sia stato avvelenato, ma Steward e il dottore stabiliscono che si è trattato di infarto. Intanto la condanna per Sully è stabilita: dovrà essere giustiziato il giorno dopo. Michaela è sconvolta e vorrebbe chiedere aiuto al Presidente Grant, con il quale ha instaurato ottimi rapporti, ma non sa come fare. Così Brian la porta attraverso il passaggio segreto nel suo ufficio. La donna convince Grant a commutare la condanna a morte di Sully in carcere a vita, così da salvarlo finché non riuscirà a tirarlo fuori di prigione. Michaela va a trovare Sully col permesso del Presidente e lui le racconta come mai ha disertato: durante la guerra era un cecchino formidabile e l'aveva spinto a uccidere un uomo d'affari con la scusa che stava progettando un'arma segreta pericolosa. In realtà l'ordine era stato dato per eliminare l'uomo e ottenere gli agganci necessari con la compagnia ferroviaria in vista di enormi guadagni. Sully chiede a Michaela di scoprire chi aveva dato l'ordine di trasferirlo, in modo da capire chi ha ordito il complotto e l'ha fatto arrestare. L'unico disposto ad aiutare Michaela è il generale Parker,
