Samuel Hahnemann kommt am 10. April 1755 in Meißen zur Welt und wächst in ärmlichen Verhältnissen auf. Dank seiner Begabung für Sprachen kann er jedoch das Gymnasium besuchen und schließlich Medizin studieren. Er lernt die Methoden, die in der ärztlichen Praxis seiner Zeit gang und gäbe waren: Aderlass, Schröpfen, Verabreichen von Einläufen, die Gabe von Brechmitteln. Hahnemann erkennt, dass diese Behandlungen den Patienten mehr schaden als nutzen und gibt die eigene ärztliche Praxis auf. Er verlegt sich auf die Übersetzung medizinischer Schriften und arbeitet als Bibliothekar und Leibarzt von Adeligen, um seine immer größer werdende Familie zu ernähren. Insgesamt elf Kinder bringt seine Frau Johanna Küchler, eine Apothekerstochter, zur Welt.
Bei der Übersetzung eines Arzneimittel-Lehrbuches fällt Hahnemann eine Unstimmigkeit auf. Er unternimmt einen Selbstversuch mit Chinarinde und stellt bei sich genau die Symptome fest, gegen welche Chinarinde eingesetzt wird. Hahnemann litt an einer Überempfindlichkeit gegenüber dem Wirkstoff, dennoch ist dieser Versuch für ihn der Ausgangspunkt, seine "Ähnlichkeitsregel" zu entwickeln. Hahnemann postuliert, Ähnliches könne mit Ähnlichem geheilt werden - und sucht nun Mittel, die Wirkungen haben, die echten Krankheiten möglichst ähnlich sind. Diese Mittel verdünnt er dann auf spezielle Weise so stark, dass kaum noch etwas der Ausgangssubstanz in ihnen vorhanden ist. Er nimmt seine ärztliche Praxis wieder auf und beginnt erneut, Patienten zu behandeln.
Nachdem Hahnemann 1810 die Grundlagen seiner neuen Heilmethode veröffentlicht hat, stellt er seine Lehre an der Universität Leipzig vor und lehrt dort neun Jahre lang. Er gerät in heftige Auseinandersetzungen mit Schulmedizinern und Apothekern seiner Zeit, die nicht glauben, dass solche stark verdünnten Ausgangsstoffe irgendeine Wirkung haben können. Doch ist es nicht nur die Verdünnung, die ein homöopathisches Mittel wirksam machen soll: Hahnemann Medikamente müssen auch nach dem aufwändigen Verfahren der Potenzierung hergestellt werden. Damit soll dem Wirkstoff Energie zugefügt werden. Diese Energie soll die Lebenskraft des geschwächten Patienten anregen und ihm so zur Selbstheilung verhelfen.
In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts beginnt die Homöopathie sich zu etablieren. Dennoch hat sie viele Gegner. Der wichtigste Kritikpunkt: Homöopathie wirke nicht besser als ein Placebo. Schon 1835 wird die Homöopathie zum ersten Mal wissenschaftlich auf die Probe gestellt. Beim ersten Doppelblindversuch der Medizingeschichte wollen die Ärzte Nürnbergs die Wirkungslosigkeit der Homöopathie unter Beweis stellen. Heute wird die Homöopathie mit wissenschaftlich abgesicherten medizinischen Studien untersucht. Die Studienlage ist uneindeutig und die Forscher kommen immer wieder zu unterschiedlichen Ergebnissen. Auch nach welchem Mechanismus die Homöopathie wirken könnte, hat man bisher nicht klären können.
Die Homöopathie findet trotz aller Anfeindungen schnell viele Befürworter. Sie breitet sie sich schon zu Hahnemanns Lebzeiten über die ganze Welt aus. Heute spielt sie besonders in Indien eine wichtige Rolle. In Deutschland hat sich die Homöopathie vor allem über Laienvereine etabliert. Diese spielten im 19. und frühen 20. Jahrhundert eine große Rolle. Die Homöopathie ist heute auch im deutschen Gesundheitssystem verankert. Private Krankenkassen übernehmen normalerweise die Kosten und auch immer mehr gesetzliche Krankenkassen kommen für die homöopathische Behandlung auf.
Samuel Hahnemann lernt in seinem 80sten Lebensjahr die 34jährige Pariser Künstlerin Mélanie d'Hervilly kennen. Die Malerin hat in Frankreich von Hahnemanns Lehre gehört und reist nach Köthen, um sich vom Meister selbst behandeln zu lassen. Die beiden verlieben sich augenblicklich und heiraten nach nur drei Monaten. Hahnemann zieht mit seiner neuen Frau in die französische Hauptstadt und eröffnet dort eine Praxis. Adelige aus ganz Europa kommen zu ihm, und so blüht der Altmeister im hohen Alter noch einmal auf. Hahnemann arbeitet mit immer höheren Verdünnungen und entwickelt am Ende seines Lebens die so genannten Q-Potenzen, Verdünnungen in Schritten von 1:50.000