Sydney ist völlig Perlex, als sie Erfährt, mit wem sie nun in der neuen Untergrund-Organisation des CIA's, APO genannt, zusammen Arbeiten soll. Noch dazu muss sie den Tod einiger geliebten Person verkraften ...
Sydney unwillingly teams up with her father to hunt down a modern-day samurai. Meanwhile, Nadia doesn't want to go back to the spy business, but is forced to when Sydney's life is jeopardized. Sydney finds out the reason behind Jack's misdeed and Nadia makes an unsettling promise.
Après un douloureux face à face avec son père, Sydney confie à Vaughn ce qu'elle a découvert dans le coffre à Wittenberg grâce aux indications données par Lauren ... Nadia apprend à Sydney que le meilleur moyen de trouver Vadik est de passer par Tamazaki, son bras droit. Sachant que celui-ci a tenté, 5 ans auparavant, de dérober un sabre au musée de Londres, l'équipe de APO décide de voler le sabre pour avoir une bonne raison d'entrer en contact avec Tamazaki. Pour les aider à pénétrer dans l'un des musées les mieux gardés au monde, ils font appel aux services du brillant Marshall ...
Miután Vaughn hamis anyagot adott el a vonaton Vadik emberének, megindul a hajsza a bűnöző elfogásáért. Sloane lánya, Nadia, egykor beépült Vadik környezetébe. Sydney tőle kér segítséget. A vonaton elfogott testőr vallomása szerint Vadik nem létezik, a cserét lebonyolító Tamazaki maga Vadik. Sydney megöli Tamazakit, de mielőtt a férfi meghal, bevallja, hogy Irina Derevko felbérelte, ölje meg a lányát.
Nonostante l'opposizione di Sydney, Sloane manda la ragazza e suo padre in missione per fermare una sorta di moderno samurai. Nadia è riluttante sul fatto di accettare o meno di tornare nei servizi segreti. Syd rivela a Vaughn di aver scoperto che Jack ha fatto uccidere Irina.
Sydney sem vontade se une com seu pai para procurar um samurai moderno. Enquanto isso, Nadia não quer voltar ao ramo da espionagem, mas é forcada quando a vida de Sydney entra em perigo.
Sydney descobre o motivo por trás do malfeito de Jack e Nadia faz uma processa que não pode cumprir.
De mala gana Sydney se une con su padre para dar caza a un samurai. Mientras tanto, Nadia no quiere volver a la CIA, pero se ve forzada cuando la vida de Sydney está en peligro. Nadia tendrá noticias sobre su padre, Sloane.
Sydney se dozvídá, že Jack zabil její matku Irinu a nenávidí ho za to. Později však vyjdou najevo polehčující okolnosti.
Ondanks Sydneys bezwaren moet ze van haar nieuwe baas samen met Jack achter een moderne samoerai aan. Sydneys halfzus Nadia aarzelt om terug te keren in de spionagewereld als ze de waarheid hoort over haar vader. Vaughn en Jack zijn verenigd door de vreselijke misstap uit Jacks verleden, dit tot ongenoegen van Sydney.
