赤く染められた部屋での猟奇殺人事件が発生。現場には血で染まった真っ赤な死体と、赤いスプレーで犯人が書いたと思われる“○×（マルバツ）”という記号が残されていた。この猟奇殺人事件を捜査する如月塔子（木村文乃）と鷹野秀昭（青木崇高）だが、現場近くで爆破事件が発生する。未曾有の危機に直面する警察。この2つの事件には関係性があるのか？ そして塔子は捜査中に謎の男に尾行されていることに気付くが……。
2つの猟奇殺人事件の犯人が“オックス”と推測され、犯人を取り逃がした事で自分を責める塔子。そんな中、また都内の2カ所で同時爆発が起こる。日革協の仕業か、模倣犯なのか。猟奇殺人事件と爆破事件の連続発生に混乱する殺人分析班。爆破現場に着くと辺りは騒然とし、その光景を目にした塔子は1年前のトレミーの爆破事件がフラッシュバックする。その時、塔子の目の前で大きな爆発が起き、爆風で一気に吹き飛ばされ……。
塔子は自分を尾行していたのが公安と推測し、彼らが何か情報をつかんでいると考えるが公安は口を割ろうとしない。塔子と鷹野は捜査中、博物館の遺失物センターから第2の被害者、堤の手帳を見つけ出す。そして、そこに記されている“N”という人物にたどり着く。“N”の居所をつかみ、接触を図ろうとするもののそこにはすでに首と腹部を刺され負傷したNがいた。その時、塔子の背後にレインコート姿のオックスが姿を現わし……。
連続爆破事件の共通点を見つけ出す塔子。爆破された5つの建物にはすべて同じ設計事務所が関わっていると知り捜査しに行くが、その会社はすでに倒産していた。社員記録を手掛かりに元社員にたどり着くが重要人物の間宮は1年前に失踪したと聞かされる。鷹野はそこで見つけた社員の集合写真から見覚えのある人物を見つける。そして科捜研では第3の被害者、永峰の別荘の現場から永峰、塔子、鷹野以外の第三者の血痕が発見され……。
犯人に最後の爆弾の場所を問い詰める鷹野。しかし、犯人は喉を切ったせいで声が出せない状態になっていた。塔子も説得に当たるが犯人は警察に対する宣戦布告のような驚くべき行動に出る。警察は爆破回避のためにある人物に協力要請をかける中、クライマックスへつながる爆弾のタイマーがカウントダウンを始める……。
