Nach einem erbitterten, aber siegreichen Kampf gegen die ITEM-Söldnerin Shizuri stellt Mikoto fest, dass die letzte Klonanlage verlassen wurde.
Having realized who Misaka is, Mugino decides to give her a run for her third-place ranking. When Frenda mistakenly leaves her doll-bombs behind while heading to the other facility, Misaka collects them and uses them to supplement her diminished powers.
『原子崩し』と『能力追跡(AIMストーカー)』――『アイテム』の強力な連携によって、美琴は追い詰められる。追う側である麦野は、今戦っている相手を学園都市第三位の『超電磁砲』と認め、一騎討ちを挑む。能力を使いすぎて実力を発揮できない美琴は、フレンダの残した爆弾入りのぬいぐるみを使って対抗しようとするが、麦野も暗部組織の戦い方を見せつけるように、己の弱点をカバーする『切り札』で美琴のもくろみを打ち砕く。それでも美琴はなんとか絶体絶命のピンチをくぐり抜け施設の破壊に成功したが、麦野の執拗な追撃は続き――。
미코토가 학원 도시 3위의 레벨 5라는 걸 알아챈 무기노는 미코토에게 일대일 싸움을 걸어온다. 하지만 힘이 바닥난 미코토에게 무기노와의 싸움은 불리하기만 하다. 힘든 싸움을 계속하며 무사히 데이터를 파괴한 미코토는 탈출을 꾀하는데…
Al encontrarse cara a cara con Shizuri, Mikoto usa algunas de las muñecas explosivas que Frenda dejó sin darse cuenta para compensar sus poderes debilitados. Shizuri lucha contra estas muñecas usando tarjetas de fragmentos de silicio para dividir sus láseres, pero Mikoto logra noquearla con una de las muñecas restantes.
Dopo una battaglia aspra ma vittoriosa contro Shizuri, mercenaria ITEM, Mikoto raggiunge l'ultima delle strutture per la clonazione, che però trova abbandonata.
Als ze zich realiseert wie Misaka is, besluit Mugino haar een punt te geven voor haar derde plaats. Wanneer Frenda per ongeluk haar poppenbommen achterlaat terwijl ze naar de andere faciliteit gaat, verzamelt Misaka ze en gebruikt ze om haar verminderde krachten aan te vullen.
Po trudnej, ale zwycięskiej walce z najemniczką ITEM-u, Shizuri, Mikoto udaje się do ostatniego laboratorium klonowania, które okazuje się opuszczone.