警視庁捜査一課の刑事・佐良（松岡昌宏）は、ある殺人事件の捜査中に後輩刑事の斎藤（戸塚祥太）を殉職で失い、組織内部の不正を取り締まる人事一課監察係に異動となる。同僚からは敵視され、孤独に業務をこなす日々。そんな中、元同僚で斎藤の婚約者でもあった皆口（泉里香）の不正に関する密告文が人事一課に届く。佐良は上司の能馬（仲村トオル）に命じられ、係長の須賀（池田鉄洋）と皆口の行動確認（尾行）を開始する。
激しい葛藤を抱えながらも皆口の身辺を洗い続ける佐良。皆口が裏の情報屋・佐々木（アキラ100％）と接触していることが明らかに。さらに反社会的勢力とつながりを持つ元組対課刑事の石黒（木村祐一）や、佐良のかつての先輩刑事の宇田（三浦誠己）の存在が浮かび上がってきて、密告文に端を発した疑惑は、深まるばかり。能馬の指示により行動確認を続ける佐良がたどり着いたのは、佐良自身も関わったある未解決殺人事件だった。
情報屋の佐々木が斎藤ともつながっていたことをつかんだ佐良。しかし直後、佐々木は殺害されてしまう。捜査一課時代の性根に立ち戻り、皆口の件と並行して独自捜査を始めるが、鑑識の北澤（眞島秀和）らかつての同僚とは衝突、人事一課内でも叱責される、厳しい板挟み状態に。その裏では、宇田がひそかに佐々木殺害犯と接触していた。その犯人は、未解決の目白駅殺人事件から続く因縁を持つ滝本（松浦祐也）という男だった。
佐良は目白駅殺人事件との関連にアタリを付けるが、捜査協力の最中、不敵にも姿を現わした滝本により階段から突き落とされる。さらに2週間前、この捜査班に届いた怪文書の存在が明らかに。それには過去の捜査の落ち度がほのめかされていた。居合わせた皆口と宇田の不可解な動きから、2人と滝本の間になんらかのつながりがあるのではないかとの佐良の疑いは一層深まる。一方、皆口はある呼び出しを受け、夜の埠頭に向かうが……。
皆口と彼女を尾行していた佐良はもろともに、宇田の不意の襲撃で倉庫に監禁される。海に沈められかけた皆口は、瀕死の状態。さらに、目白駅殺人事件の真犯人であることが明かされた滝本も、宇田により殺害され横たわっていた。佐良は命を賭して自首を促すが、宇田から語られたのは、自身の過去の捜査ミスの真相と、それを契機として彼を取り返しのつかない立場に追い詰め、今もってその正体が知れない、悪意と陰謀の存在だった。
「誰のことも信じるな」。宇田の残した言葉が、手負いの佐良を孤独な捜査へと駆り立てる。鍵となるのは、3年前に宇田が投げ込んだ、自らを告発する密告文の行方。それを一度は闇に葬り、時を経て再び利用せんとした人間がいる。疑いの対象は、皆口のかつての上司で当時の人事一課に在籍していた堤（鶴見辰吾）、そして能馬。警察官としての誇りと怒りを胸に、佐良は覚悟の行動へ。そして同時に辿り着く、斎藤の殉職の真実とは。
警視庁人事一課（通称：ジンイチ）に密告文が届いた。捜査二課の捜査情報を管理官が漏洩している、と示唆する内容で、ジンイチに異動して2年がたつ佐良（松岡昌宏）は、上司の能馬（仲村トオル）と須賀（池田鉄洋）に実態解明の指揮を執ることを命じられる。1年前にジンイチに配属された皆口（泉里香）、班長の原西（マキタスポーツ）、新たに異動してきた毛利（浜中文一）とともに、管理官の行動確認（尾行）を開始する。
特殊詐欺の捜査員・峰（宮崎秋人）の行動確認をしている最中に何者かに銃撃された佐良と皆口。佐良は狙撃したとおぼしき黒い人影を追うが、その行方を見失ってしまう。能馬と須賀に呼び出された2人は、そこで衝撃の事実を知らされる。銃撃に使われた銃弾の線条痕が、2年前、佐良の目の前で殉職した後輩刑事・斎藤（戸塚祥太）の殺害で使われたトカレフと一致した、というのだ。
峰が接触していた元警察官の榎本（宇野祥平）の行動確認をするが、何者かによって仕掛けられたトラップにかかってしまう皆口。しかし間一髪、皆口を助けたのは原西だった。皆口の代わりに鉄パイプの下敷きとなった原西は意識不明の重体となり、なぜその場に原西がいたのかは謎に包まれる。捜査は公安部が引き継ぐことになり、峰の行動確認に集中するよう須賀から叱責を受けた皆口は、次第に疑心暗鬼になってゆく……。
連絡が取れなくなった毛利を追って、榎本がすみかとする廃屋にたどり着いた佐良と皆口。中に毛利がいることを察知し、佐良は中に足を踏み入れる……。そこで目にしたのは、榎本に拳銃を突き付けられた毛利の姿だった。毛利を助けるため、初めて榎本と対峙する佐良。YK団幹部の連続殺人について榎本の関与を認めさせようと試みるが、榎本は「互助会」という組織の存在を明かす。そして、事態は思わぬ方向へと進む……。
佐良たちが固唾（かたず）を飲んで見守る中、捜査二課長・長富（猪塚健太）への聴取に臨む能馬。捜査二課における情報漏洩事案に関して、揺さぶりをかける能馬に対して、長富は堂々と張り合う。聴取は失敗かと思われたが、能馬が意外な事実を語り始める。そんな中、原西が意識を取り戻したという連絡が佐良のもとに入る。皆口がトラップにかかった現場に、なぜ原西がいたのか。佐良は原西に問いかけるが……。
警務部長の六角（飯田基祐）が何者かに射殺された……。その知らせを受け、佐良は現場に駆け付けるが、今回も佐良と皆口が銃撃された時と同じトカレフが使用されたことを知り、衝撃を受ける。手慣れた犯行の手口からも、富樫（村上淳）によるものと確信する佐良。富樫を捜査対象とすべき、と須賀に訴えるが、ジンイチの業務ではないと一蹴される。情報漏洩事案に専念するようにとの命に背き、佐良は再び長富のもとを訪れる。
斎藤を撃ったのは富樫なのか……。富樫と対峙した佐良は、その問いを突き付けるが、富樫は答えず、「君は私と同じだ」という言葉を残し去っていった。須賀には命令違反の嫌疑がかけられ、能馬も監察業務を外されてしまう。富樫の狙いはなんなのか。身動きを封じられた佐良たちは、ひそかに動き始めた。そして、富樫だけでなく、能馬や副総監の波多野（渡辺いっけい）も深く関わっていた、15年前のある未解決事件にたどり着く。
「最後の仕上げにふさわしい場所だからです」。波多野を連れ去った富樫が向かった先は、2年前、斎藤が殉職した、あの工場だった。一方、毛利と須賀の情報により、富樫の目的地を悟った佐良と皆口。2人は富樫の暴走を止めるため、そして斎藤の死に隠された真実にたどり着くため、覚悟を決めて「最後の戦い」に向かうことに。果たして佐良たちジンイチは、「警察の中の警察」として、最後の砦を守ることができるのか……！？
