A few years after the events of Adieu, Galaxy Express 999, Tetsuro and his motherly companion Maetel, tried to get rid of the evil Mechanized Empire, but now that Tetsuro is back on planet Earth, and is getting beaten up by cruel rulers, who overtook after the machines gotten destroyed. Maetel sweeps him away yet again.
舞台は、銀河系の各惑星が銀河鉄道と呼ばれる宇宙空間を走る列車で結ばれた未来世界（テレビアニメ版では第1話冒頭のナレーションで西暦2221年と設定）。宇宙の多くの裕福な人々は機械の身体に魂を移し替えて機械化人となり永遠の生を謳歌していたが、貧しい人々は機械の身体を手に入れることができず、機械化人の迫害の対象にされていた。そんな中、機械化人に母親を殺された主人公の星野鉄郎が無料で機械の身体をくれるという星を目指し、謎の美女メーテルとともに銀河超特急999号に乗り込む。
Returning to Earth from the front lines of an interstellar war, Captain Harlock finds that his home is no longer what he once knew. The Illumidus Empire, aliens from another world, have occupied the planet and oppressed its people. The sole hope that remains to the downtrodden Earthmen is a lone voice known to most only as "The Rose," yet is known much more intimately to Harlock as his former lover, Maya. While Maya urges her fellow humans to hold onto their belief in a better tomorrow, Harlock cannot wait for such a day to come. By chance, he meets a man named Tochiro Oyama, who despite having never met before, Harlock feels as though a brother. Together with Maya's voice and others who share their beliefs, Harlock and Tochiro seek to cast off the shackles of the Illumidus.
西暦2977年、高度に成長した文明と繁栄に酔いしれた人類は怠惰な平和をむさぼっていた。そんなある日、宇宙のどこからか日本のある地域に巨大なペナントがうちこまれた。人々は、これを最近出没している宇宙海賊のしわざだと考えた。しかし、大ペナントは未知の宇宙人が地球侵略の目標として打ち込んだ電波灯標であった。そしてこのことに気付いた人間が二人いた。一人は科学者・台羽博士。もう一人は宇宙海賊キャプテン・ハーロックであった。が、その途端、台羽博士が殺害されてしまう。殺したのは無論、ペナントを打ち込んだマゾーンの女王ラフレシア…地球の危機を確信したハーロックはマゾーン宇宙艦隊との戦闘を開始する。一方、台羽博士の息子・正はハーロックとともに戦うことを決意し、アルカディア号に乗り込んだのだった…!
1999年[注釈 2]、地球へと接近する太陽系第10番惑星の存在が確認された。東京郊外のとある町に住む中学生の少年・雨森始は、学校から帰宅した際に自宅の電子鉄工所で起こった爆発事故で両親を失ってしまう。自身も爆発に巻き込まれ、入院先の病院で謎の女性と出会う。数日後、伯父が所長を務める筑波山天文台を訪れると、そこには病院で出会った謎の女性がいた。彼女の名前は雪野弥生で、伯父の助手だという。 爆発事故と前後して、始の周りで怪事件が起こり始める。そこにちらつく謎の組織・1000年盗賊の影。やがて始は地球に近づく謎の惑星がラーメタルという名の星であること、弥生の正体がそのラーメタルから派遣され、永い間人知れず地球を導いてきた1000年女王であることを知る。 そして運命の時「1999年9月9日零時9分9秒」が、刻一刻と迫りつつあった。
Maetel abandoned her mother and her home planet, the doomed and frozen La Metal, where people must become cyborgs to survive. When she is beckoned to return, her options seem slim: follow her mother's path (and with it a robot mind and the contempt of all humans), or run away and fight with humans against the machines. Yet, she is not without comrades and defenders. If she can accept the friendship of beings of metal who desire peace, and oppose those who think being made of flesh and blood is enough to make one human, she may still have a chance to find her own path.
宇宙大フロンティア時代。機械化人に支配されつつある地球でウォーリアス・ゼロはかつての友であるハーロック達の討伐命令を受ける。死んだ家族を思い、悩み苦しみながらも、自分の進むべき答えを見つけるために旅立つゼロ。同じく、そのことを知ったハーロック達もそれぞれの運命をこの宇宙で追いながらも、友としてゼロを迎え撃つ決心をする。だがゼロはこの宇宙を旅する間に、新しい真実と大きな影に気づくこととなる。友とは？ 仲間とは？ 機械化とは？ 敵とは？ 時間とは ？命とは？ そして愛とは？ 運命の時の輪を巡るゼロの戦いの旅路が今、始まった！
既知の宇宙の終わりへの考古学的な任務で、大場教授は無意識のうちにその範囲から古代の恐怖を解き放ちます。 5年後、悪意のあるエイリアン軍は、アルカディアのさまざまな乗組員を再会させて再び星を航海し、タダシ・ダイバを初めてハーロックに会わせる計画を開始しました（再び）。
銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）を舞台に、SDFでの任務中に殉職した父、そして空間装甲擲弾兵（SPG）としてその任務中に殉職した兄、その二人の遺志を受け継ぎ、SDFに入隊した有紀学（ゆうき まなぶ）を中心として、彼が自分の運命を自らの手で切り開いていく。
