未解決事件を専門に扱う特命捜査対策室第4係に勤務する新米刑事・桜木泉（上戸彩）は、今日も調べものをしている途中で寝てしまい庁舎に泊まっていた。4係係長の倉田工（杉本哲太）は室長の長嶋秀夫（北大路欣也）から、前日に山の中から白骨化した人骨が発見された事件の資料を渡される。人骨は10年前に起きた「東都銀行3億円事件」の容疑者の1人であることから4係が捜査することになったのだ。3億円横領事件の容疑者は、当時銀行に勤務していた大貫清美（宮下ともみ）、飯島友江（松岡恵望子）、迫田麻衣（小松彩夏）の3人で、いずれも事件直後から行方不明になっていた。白骨死体は迫田麻衣のもので、死後10年が経っていることが判明。さらに遺留品のメモに書かれた14桁の数字が明らかになった。深沢ユウキ（丸山智己）は、数字が銀行の口座番号であることを調べると、泉と共に口座の持ち主で麻衣の恋人だった宮本弘史（徳秀樹）を訪ねる。聞き込みだと張り切る泉に、深沢は黙ってメモだけしているようにと言い放つ。同じころ、4係では白石晋太郎（中原丈雄）が倉田に、インターネットの裏サイトで発見した、逃げまどう女性が拳銃で撃たれる映像を見せていた。その女性は10年前の横領事件の主犯とされていた大貫清美とわかる。塚本圭吾（宮迫博之）と高峰涼子（山口紗弥加）は、横領事件当時に支店長だった木村行信（渡辺憲吉）を訪ねていた。高峰は事件との関係を否定する木村のある行動に目をとめる。次々と新しい事実が発覚する中、泉は事件当時に清美が話していた言葉が気にかかり・・・。
証拠品管理センターにいた桜木泉（上戸彩）に、1995年4月に起きた富士見医大の研修医だった日向葵（原田佳奈）が殺害された事件の資料を持ってくるようにと伝言が入る。当時発見されなかった凶器のナイフが発見されたため、4係に再捜査依頼がきたのだ。15年前に発生したこの事件は、時効まであと1週間になっていた。科捜研での検査の結果、ナイフには犯人の血が、包まれていた英字新聞には花粉が付着していたことがわかった。富士見医大に向かった倉田工（杉本哲太）と塚本圭吾（宮迫博之）は、葵の治療にあたった医師・桐山義之（大高洋夫）を訪ね、病院内の捜査を申し出るが拒否される。泉と白石晋太郎（中原丈雄）は、当時は容疑者として疑われたものの証拠不十分で釈放された恋人で第一発見者である野宮冬樹（ムロツヨシ）が営む花屋を訪ねた。思い出すことはないかという白石の質問に微かに動揺する冬樹だが、妻であり富士見医大で看護師長をしている千秋（高久ちぐさ）が出てきて話が中断する。そこで、白石はあることに気付く。深沢ユウキ（丸山智己）と高峰涼子（山口紗弥加）は、事件発生直前に葵と冬樹が口論していたことを証言した、医師の東海林光輝（中村靖日）を訪ねた。東海林は、当時は言えなかったが強気な葵を恨んでる人間はたくさんいたはずだと証言。後日、4係に呼び出された千秋が、葵と当時の看護師長だった立花志保（阿南敦子）が1人の患者のことで言い合いになっていたことを証言する。その夜、4係に1人残り捜査資料を前に頭を抱えていた泉。すると電話が鳴り・・・。
桜木泉（上戸彩）ら4係が、8年前に起きた連続殺人事件の再捜査に着手することになった。前日に蒲田の河川敷で女性の遺体が発見され、深沢ユウキ（丸山智己）がその事件と8年前の事件が似ていることに気付いたためだ。2002年、1カ月の間に4人の若い女性が立て続けに殺害される事件が起きた。遺体にはすべてナイフでGODという文字が記され、髪が切り落とされていたことから“神の処刑事件”と言われ世間を震撼させたが、4人目の殺害を最後に犯行はピタリと止まっていた。今回の事件と神の処刑事件は類似点もあるが、相違点も多く、同一犯である確証が得られないまま捜査がスタートする。河川敷の遺体発見現場に向かった高峰涼子（山口紗弥加）と深沢だが、殺人犯係の捜査員に疎まれ、捜査状況の情報を教えてもらえない。同じ頃、8年前の被害者の1人・田口成美（大矢敦子）の父親・健史（遠藤たつお）を訪ねていた塚本圭吾（宮迫博之）と泉は、事件を引きずり、家庭が崩壊した健史の現状を目の当たりにして胸を痛める。夜、泉が科捜研を訪ねると、深沢もやってくる。今回の事件と“神の処刑事件”の関連に妙にこだわる深沢を興味津々にみつめる大森紗英（北川弘美）。そんな中、竹林匠（木村了）が証拠品から、当時は発見されていなかったあるものを見つける・・・。
4係に送付主不明の木箱が届いた。行方不明捜索担当者宛てになっていたその木箱を桜木泉（上戸彩）が開けると、そこには人骨の一部が入っていた！検査の結果、人骨は11年前に捜索願が出されていた中学校教師で天文学部の顧問をしていた朝倉聡（中野英樹）で、死亡時期が同時期であること、骨に土が附着していたことから土に埋められていたことがわかった。4係は最後に朝倉を目撃した天文学部の生徒だった4人を訪ねるが、水木丈太郎（金井勇太）、風間進（北条隆博）、四之宮真紀（篠原真衣）は朝倉の死にも、かつての仲間にも興味を示さない。一方、泉と倉田工（杉本哲太）が訪ねた火浦忠広（遠藤雄弥）は、マンションから転落した直後だった。意識不明の火浦だが、指紋から木箱の送り主であることがわかった。火浦の自宅から押収された証拠品には天文部への思い入れの深さがうかがえる、4人で写っている写真や天文部の日誌のコピーなどが出てくるが、改めて取り調べを受けるために警察に来ていた水木と風間は顔を合わせてもろくに会話もしない。泉は2人の様子に寂しさを感じつつ、天文部の日誌をチェックする。そんな中、朝倉が埋められていた穴が発見された。骨や衣類のほかに、特殊な物質で作られたネックレスがみつかり、高峰涼子（山口紗弥加）は何かに気付き押収品を調べ始める。一方、火浦のパソコンを調べていた竹林匠（木村了）が発見した、火浦のブログに残された意味深なメッセージをヒントに、泉と白石晋太郎（中原丈雄）はある場所へ向かう。
所轄時代の桜木泉（上戸彩）の上司、村山武実（モロ師岡）が4係に再捜査の依頼にくる。その事件とは2年前から続く「学校飼育動物連続殺傷事件」。事件が起きた当初は、5年前に起きた「千山こども交流会殺傷事件」との関連性が疑われ、「学校飼育動物連続殺傷事件」は、その3年後の同じ日にち、同じ地区で発生。果たしてこれは模倣犯なのか？初めて事件の担当を任されることになった泉は張り切って捜査を始めるが、物証が少なく捜査は難航する。事件が起きた小学校への聞き込みを終えた塚本（宮迫博之）と泉は、「千山こども交流会殺傷事件」の現場に行く。塚本は機動捜査隊にいた頃、その事件の初動捜査に携わっており、現場の有様を目の当たりにしたことを泉に告げた。慰霊碑に花を手向け、4係に帰ろうとする泉と塚本の前に「宮田ユキ」と名乗る制服姿の少女（福田麻由子）が近づき、「もう1回ちゃんと（事件を）調べて」と訴える。一方、泉は村山から現場周辺の子供達の間で「赤い髪飾りの女」という噂があるという情報を得る。動物殺傷事件が起きる前に必ず赤い髪飾りをつけた少女が目撃されるというものだった。果たして少女と事件に関係はあるのか！？
「学校飼育動物連続殺傷事件」の捜査を続ける4係。事件の第一発見者である沢井春菜（福田麻由子）を重要参考人とし、春菜に任意の事情聴取を行うことになった。しかし春菜は深夜になっても家に帰宅していない。春菜を捜しに出かけようとする桜木泉（上戸彩）と塚本圭吾（宮迫博之）のもとに、科捜研から次に動物殺傷事件が起こることが予想される場所が分かったという連絡が入る。泉と塚本が現場へ到着すると、そこには春菜がいた。塚本は逃げる春菜を捕まえようと腕を掴んだ際に、春菜から腕をナイフで切りつけられ負傷してしまう。一方、春菜の家を取り調べに行った高峰涼子（山口紗弥加）と深沢ユウキ（丸山智己）は、春菜のパソコンから動物虐待の裏サイトへアクセスした履歴を見つける。春菜と事件の関与がますます疑わしいものになり、春菜の捜索が強化された。そして、同日の深夜、ネットカフェにいる春菜が発見され、春菜の事情聴取をすることになった泉。春菜は「動物を殺したら、死刑になる？」と泉に質問をし・・・。
4年前に起きた「六本木IT社長殺害事件」の再捜査を行うことになった4係。その事件とはIT時代の寵児と呼ばれた会社社長・桝山一弘（松尾敏伸）がオフィスで何者かに胸を刺され殺害されたというもの。強引な買収で桝山に対し怨恨の動機を持った容疑者は多くいたが当時は有力な手がかりが少なく、犯行に結びつける物証を見つけることができず未解決事件となっていた。そして4年後の今、被害者の秘書だった吉岡知加子（神農幸）の情報により、当時被害者の会社で警備をしていた木戸聡史（野中隆光）に新しく容疑がかかった。倉田工（杉本哲太）の根強い取り調べにより、木戸はついに「俺がやったんだよ！」と自白をし、逮捕された。しかし裁判で木戸は一変し、殺人を否定。弁護人の黒崎勝彦（小須田康人）は、木戸の自白は倉田の不当な取り調べにより強要されたものだと訴える。翌日、検察から倉田を捜査から外すよう一課長のもとにクレームが入った。しかし長嶋秀夫（北大路欣也）の計らいにより、倉田の指揮のもと再々捜査を行うことになった4係。4係のメンバーはより一層気を引き締め、次の公判までに新たな証拠を見つけ出すべく捜査を再び開始したのだが・・・。
証拠品管理センターで、桜木泉（上戸彩）は室長の長嶋秀夫（北大路欣也）から出された課題に今日もまた取り組んでいた。そこへ、長嶋から再捜査の連絡が入る。その事件とは2004年に起きた「杉並事件」。「杉並事件」とは、下校途中の女子高生・本谷翔子（志保）が誘拐され殺害された事件。犯人からの要求は「制限時間は72時間、その間に身代金5000万円の受け渡しが出来なければ、人質に制裁が下る」というもの。被害者の女子高生が議員である本谷卓郎（中根徹）の娘だったということもあり、当時はマスコミにも注目された。長嶋がかつて所轄の刑事課長だった頃に指揮を執った事件で、高峰涼子（山口紗弥加）もプロファイリングチームの一員として捜査に参加していた。「杉並事件」は長嶋と高峰にとって忘れられない痛みを抱えた事件であった。そして6年後の今、犯人と名乗る男・小栗太一（滝藤賢一）が現れ再捜査をする運びとなったのである。小栗は杉並事件で使用された精密機械の設計図を持っており、犯行声明文の筆跡も小栗と一致したことから犯行に関わっていた可能性は高いと判断された。しかし、電話の声だけは小栗と一致しなかった。小栗は果たして真犯人なのか！？小栗には共犯者がいたのか！？4係が再捜査に乗り出す！
「杉並事件」の容疑者・小栗太一（滝藤賢一）の死亡により、警視庁本部は事件の捜査終了を決定した。しかし、事件の真相は解明されておらず共犯者がいる可能性が高いのにも関わらず捜査打ち切りになったことに4係はいら立っていた。長嶋秀夫（北大路欣也）に捜査を止められていた桜木泉（上戸彩）であったが、「杉並事件」の被害者・本谷翔子（志保）の携帯電話の待ち受け画面を手がかりに、ある公園にたどり着く。そこで、不審な男（飯田基祐）と遭遇した。泉はその男と「杉並事件」との関連を疑い長嶋に電話をするのだが、途中で電話が切れてしまう。その後、何度泉の電話にかけ直しても繋がらない。不審に思った長嶋は、4係のメンバーとともに泉の捜索を開始する。泉の行方を追っていると、4係に「桜木巡査部長は預かった」という男からの電話が入った。その男は､自分を「杉並事件」の犯人だと名乗り、泉を釈放する代わりに翌日の警視庁の定例会見で杉並事件捜査終了の撤回を公表することを要求してきた。科捜研で調べた結果、電話の声が小栗の共犯者だと思われる男の声紋と一致し、ますます泉の身の危険が心配された。そして、4係は定例会見の前までに何としてでも泉を見つけ出そうと動く。「杉並事件」の犯人とは！？そして4係のメンバーは、泉を無事に見つけ出すことができるのか！？
桜木泉（上戸彩）は、26歳の誕生日も仕事に追われ、4係のデスクで朝を迎えていた。そこに倉田工（杉本哲太）が現れ、1年前に起きた「東京理工大学講師殺人事件」の再捜査が決まったことを伝えた。2009年、東京理工大学の講師・浅井政文（斎藤歩）が殺害された。助教であった三枝英之（二階堂智）と大学院生が、浅井の遺体の傍にいる血だらけの広田拓真（若葉竜也）を発見。慌てて逃げる広田は階段から足を踏み外して転落し、死亡してしまう。事件前夜に広田は働いていたバーで客の浅井と揉めており、動機は怨恨だとされていた。また現場から凶器が発見されなかった他は、状況証拠から見ても犯人は広田だとされ、被疑者死亡で書類送検された事件であった。しかし2010年6月、多摩川の河川敷で浅井の血痕がついた凶器が発見された。共犯者もしくは広田ではない別の真犯人がいる可能性が出てきたため再捜査が決定したのである。倉田の指示のもと、泉と深沢ユウキ（丸山智己）は浅井が所属していた研究室を尋ねる。そこで、泉と深沢は事件の第一発見者である三枝から、浅井が人の秘密を調べ上げてはニヤつくような悪趣味があったことを聞く。三枝の聞き込みをしていると、教授の園田道雄（浅野和之）と助教の樋口瑶子（ともさかりえ）が研究室に入ってきた。深沢は三枝に聞き込みを続け、一方泉は樋口に浅井について聞くことになり・・・。
桜木泉（上戸彩）が所属する特命捜査対策室第4係は、塚本圭吾（宮迫博之）が念願の殺人犯係に異動が決まった話で盛り上がっていた。そこへ、長嶋秀夫（北大路欣也）が現れ、12年前の「巡査部長射殺事件」の凶器である拳銃が発見され、再捜査をすることになったことを4係の面々に伝える。12年前、巡査部長の百瀬邦弘（黄川田将也）は、殺人容疑で指名手配中の橋本幸夫（青木伸輔）を追っている際に、橋本により射殺された。さらに、橋本は百瀬の遺体を焼き、現場から逃走。未だ逃走中である。百瀬の死は名誉の殉職とされ、警部に昇格した。当時、事件の担当をしていた中馬武彦（北見敏之）と山口亮二（袴田吉彦）が、4係に現れる。塚本と高峰涼子（山口紗弥加）は、百瀬の受けた弾の数及び弾の受け方から、この事件は初めから仕組まれたもので怨恨によるもの、また共犯者の存在の可能性がある旨を伝えた。そして数日後、百瀬の妻・静香（紺野まひる）が息子の望（今井悠貴）を連れ、4係に来る。倉田工（杉本哲太）は、百瀬が殺害されたのは計画的な犯行である可能性が出てきた旨を静香に伝え、百瀬が誰かから恨まれていなかったかを尋ねた。しかし、静香には特に心当たりがなかった。一方、高峰は橋本の母・サト（田島令子）が働く小料理屋に、聞き込みに行った。そこで高峰は、橋本が指名手配になる前、山口が何度も橋本のもとを訪ねていたという話をサトから聞く。そして、4係は山口に橋本との関係を事情聴取することになり・・・。
八王子の事件後、警視庁内で大きな人事異動があり、桜木泉（上戸彩）は長嶋秀夫（北大路欣也）の異動と共に“警視庁特殊犯罪捜査対策室”に異動になった。白石晋太郎（中原丈雄）も一緒に特殊捜査班に、高峰涼子（山口紗弥加）は犯罪行動分析係になる。ある朝、泉はメモをとりながら通勤中の1人の男の様子を探っていた。同じ頃、テレビでは市民団体の代表者・朝倉千佳子（戸田菜穂）が企業の不祥事によって多発している死亡事故に対して批判の声をあげていた。男がとあるオフィスビルの一室に到着すると泉も中に入り、直後にやってきた瀧河信次郎（桐谷健太）に、つけてきた男であり同僚の磯村亮平（小林高鹿）の朝の行動を報告する。部屋は特殊犯罪捜査対策室で、尾行は瀧河から泉に出された追跡監視の課題だったが、瀧河は泉の観察の甘さとメモを取るクセを直すように指摘。情報分析班では、慣れないパソコン操作に四苦八苦する係長の倉田工（杉本哲太）を大森紗英（北川弘美）と竹林匠（木村了）が苦笑いでみつめる。捜査班に半年で13名が死亡している企業の不祥事の死亡事故を調べるように指示が出る。企業恐喝を疑う捜査班。そして数人の被害者遺族から、事故の前に被害者が不審な男と話していたという目撃証言があり、防犯カメラの映像を分析した結果、その男が同一人物であることや男の生活圏内が判明した。男を探して捜査員たちが様々な扮装をして街に散る。やがて男を発見するが身元確認のためそのまま尾行することに。尾行中、男の近くでひったくりが起こり、犯人をつかまえようとする泉だが、瀧河は動くなという。納得のいかない泉は・・・。捜査の結果、男は介護士の飯野正也（田中幸太朗）と判明。飯野と同棲中の女性・藤井香織（前田亜季）の存在がわかると、泉に身分を隠して香織と接触するように命令がくだる。また、事故が起こる前から千佳子が代表の市民団体が、商品の危険性について抗議をしていたこともわかる。
半年で立て続けに起こっている企業の不祥事による死亡事故を調べていた桜木泉（上戸彩）ら特殊犯罪捜査班。実行犯の1人とにらんだ日高信之（和田聰宏）と、企業に改善をと訴え続ける市民団体の代表・朝倉千佳子（戸田菜穂）がつながっていると知り、主犯は千佳子とにらむ。白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）は架空の市民団体を名乗り、協力依頼と称して千佳子の市民団体事務所に行く。隙を見つけ、集音器付き小型カメラを事務所に仕掛ける白石。一方、もう1人の実行犯の可能性がある飯野正也（田中幸太朗）の同棲相手の藤井香織（前田亜季）と身分を隠して仲良くなっていた泉は、香織が純粋に飯野を信じているのを知り胸を締め付けられながらも情報を聞き出そうとする。白石も市民団体の参加者の1人に言葉巧みに近づき、情報を得ようとしていた。そんな中、倉田工（杉本哲太）が一連の死亡事故が殺人である証拠を発見した。犯人は企業の信用を失わせ株価を操ることで莫大な金儲けをしていたのだ。企業の不祥事のタイミングなどを考えると、千佳子が絡んでいると考えて間違いはないと、ますます疑いを深める捜査班。白石は仲良くなった市民団体参加者の1人から、千佳子には“沢田”という近しい存在がいると情報を得た。調べてみると、沢田知己（平岳大）は団体の共同設立者で、ずいぶん前に団体を離れて海外で活動を行っていたことがわかった。半年前に帰国して以降、部下の日高を通して千佳子と連絡をとっていたという。主犯が沢田である可能性が浮上し、捜査も大きく動き出す。泉は、偶然を装い飯野とデート中の香織の前に現れ・・・。
桜木泉（上戸彩）は、出勤早々に瀧河信次郎（桐谷健太）に服装が派手過ぎると怒られ、スーツカタログを渡される。そんな中、長嶋秀夫（北大路欣也）から捜査命令が出た。国家プロジェクトでもある新薬を開発する医療機関MNPの研究員・野田（内倉憲二）がトラックにひかれた死亡事故の捜査で、野田が4人の男に追われていたことと、倒れた後に上着を探る男・北村正宗（阪田マサノブ）がいたことが判明した。上着を探ったのは通報者でありMNPの副所長であることから、施設内のトラブルが予想されたが、機密情報の漏えいを理由に情報開示を拒否されてしまい、泉と瀧河が施設内に潜入捜査を行うことになった。瀧河は警備員、泉は治験者としてMNPに潜入成功。瀧河は、野田を追っていた男たちが研究員であることがわかると研究室に集音器を仕掛けた。一方、泉も研究員の中に追っ手の1人を発見。その研究員が別の研究員と「野田は最低の研究者だった」と話しているのを立ち聞きしていたが、さらに別の研究員に見つかってしまう。つかまった泉は・・・。MNPの外で待機していた白石晋太郎（中原丈雄）や磯村亮平（小林高鹿）は、出てきた所長の東海林俊哉（小木茂光）と北村を追跡。北村が謎のロシア人と密会したことを突き止めた。また、瀧河は野田の事故の翌日に古株の警備員が1人辞めていることを聞き、その人物を調べるように指示を出す。やがてロシア人はライバルの製薬会社に勤める男で、北村を特別待遇で迎え入れる予定があることがわかった。そんな中、竹林匠（木村了）がある重要な映像を発見する。
桜木泉（上戸彩）や瀧河信次郎（桐谷健太）らに新しい捜査指令が出る。名門小学校・教応学園の児童3人がここ2カ月の間に何者かに連れ去られるのを目撃したという通報があったが、いずれも保護者からの通報がなく、学校側も全員の無事を確認しているという事件だ。12年前、教応学園の児童が誘拐され、捜査員のミスにより児童が殺害された事件があったことから学校側が隠していることも考えられ、誘拐事件の有無の確認をとることに。目撃情報付近の防犯カメラ映像に児童の大塚則人（青山和也）が連れ去られる様子が映っていたことから、誘拐事件があったと確信し、捜査を始める。倉田工（杉本哲太）と高峰涼子（山口紗弥加）は学校で教頭の氏家嘉子（七瀬なつみ）に聞き込みをするが、氏家は誘拐事件の存在を否定し、名簿の貸し出しも拒否する。捜査班は学校の花壇改装工事があることに目をつけ、泉と白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）がガーデナーとして学園に潜入開始。泉は会議で職員室が空になる時間を見計らい、生徒たちの住所録と2カ月分の出席簿をカメラで写して分析班に転送した。3人の生徒が1週間休んでいたことがわかり、その内の1人が則人だった。深沢ユウキ（丸山智己）も協力し、3人の保護者をあたるも全員かたくなに口を閉ざしていた。瀧河の捜査で則人の身代金は学校に振り込まれたこがわかり、事件に学校側も絡んでいる可能性も浮上してきた中、泉は則人に接触を試みるが・・・。
桜木泉（上戸彩）ら特殊班のもとに長嶋（北大路欣也）から新たな捜査指令が出た。この3カ月、いくつかの場所で通常の5倍もの件数のひったくり、車上荒らし、痴漢、児童連れ去りなどの事件が発生している。その場所はいずれも、科学警察研究所の研究員、前島誠司（高杉亘）が作成した防犯マップで危険度が高いと指定された場所だった。さらには、事件が多発した町田市と江戸川区に設置されている周囲1㎞の防犯カメラから、それぞれ同じ40代男性が乗車している偽造ナンバーの車両が発見されたのだ。特殊班はこの男と事件の関連性、さらに犯人が防犯マップを参考に事件を起こしているのではないかとみて、捜査に乗り出した。泉と白石（中原丈雄）は、前島が地域住民と行っている防犯マップ作りのボランティア活動に潜入捜査をすることになった。そこで泉はボランティアとして毎回参加している梶田真之（松林慎司）という男性と出会う。高峰涼子（山口紗弥加）のプロファイルによると、泉に話しかけられた梶田は明らかに動揺していることがわかった。そこで、白石が梶田をマークすると、梶田が前島の資料と地域住民で作った資料をコピーして持ち出しているところを発見した。白石から報告を受けた瀧河（桐谷健太）、磯村（小林高鹿）らは梶田を追うことに・・・。
桜木泉（上戸彩）は記憶力や洞察力を高めるために瀧河信次郎（桐谷健太）から出された課題に取り組んでいた。するとそこへ長嶋秀夫（北大路欣也）から捜査指令が出された。その捜査とは3日前に起きた有働邸の強盗傷害事件である。有働邸にある画家ロメールのアジュール3部作と言われる名画の1枚が盗まれ、さらに、有働邸に勤める管理人がナイフで刺され意識不明の重体となっている事件であった。泉ら特殊班のメンバーが、有働邸及び周辺に設置されている監視カメラの事件数日前の映像を調べ始めると、大広間に有働前会長（浜田晃）の娘である三奈子（霧島れいか）と、関東美術大学の講師であると身分を偽る男の姿が映っていた。そして、その男は三奈子の目を盗み奥の部屋へと消えていった。さらに、その男が有働前会長の自宅を訪れた2時間後に別の監視カメラに、海外でも評価の高い日本人洋画家である椎名清剛（石黒賢）と駐車場で接触していることがわかった。椎名もこの犯行に関与している可能性があると見た捜査班は、泉を椎名の家にハウスキーパーとして潜入捜査させることになる。潜入を始めた泉は椎名宅につぎつぎと小型カメラを設置し始める。すると、有働邸のカメラに映し出されていた男が椎名宅を訪ねてくる映像が映し出された。調べた結果、男は上原画廊で椎名の作品を担当している職員の内山和生（市川訓睦）だと判明した。上原画廊の責任者・上原秀典（井上肇）は画廊以外にも裏で盗品の買取りなど、際どいビジネスをしている噂もある人物であるとわかり・・・。
桜木泉（上戸彩）が猪原恵美（峯村リエ）に頼まれ三井朋美（斎藤めぐみ）と共に合コンに参加していると、高峰涼子（山口紗弥加）から捜査班に戻るように連絡が入る。捜査班で、ここ3カ月で10件発生している連続宝石強盗事件を捜査することになった。被害総額は15億円にのぼり、警備員も2人殺されている事件で、容疑者はすでにアジア各国で活動している国際窃盗団“月盗団”に絞られていた。しかし、最近の犯行は手口こそ同じであれ、対象が繁華街の高級店から商店街の小さな店になるなど、違う点が多いため別グループの可能性もあり、捜査班が稼働することになったのだ。現場に残された男性と思われる靴跡から、防犯のために周りをフェンス等で囲った日本で唯一の城塞都市である聖山タウンにしか輸入されていないタイルに使われている粒子が検出された。聖山タウンは外部の人間を拒絶するため、泉と瀧河信次郎（桐谷健太）が新婚夫婦に扮してタウンに潜入捜査を始める。泉と瀧河から送られてくる映像から住民たちの顔写真や車のナンバーを収集し、照合したところ、事件があった金曜の夜にゲートの外に出ていたのは13人だった。その中の男性9人に重点を置いて捜査が始まる。やがて9人の中の1人・深星秋信（鈴木一真）を追跡していた白石晋太郎（中原丈雄）があることに気付く。
桜木泉（上戸彩）、瀧河信次郎（桐谷健太）ら捜査員たちが分析班で集まっていると、深沢ユウキ（丸山智己）がやってきた。深沢は竹林匠（木村了）の元へ向かうと、連続殺人事件の容疑で同行をうながす。ここ2カ月、都内各所で女性ばかりを狙った猟奇殺人事件が立て続けに発生していた。4件目となった今回は被害者の女性の爪から皮膚片が採取され、指紋とDNAが竹林のものと一致したのだ。偽装工作された可能性はないという結果が出ていて、長嶋秀夫（北大路欣也）も同席し、深沢による竹林の事情聴取が始まる。さらに家宅捜索の結果、犯行に使ったと思われる包丁や糸、猟奇犯罪に関する本やDVDも発見された。アリバイも、証言した場所の監視カメラには映っておらず、ますます窮地に追い込まれていく竹林。竹林に不利な状況が続く中、桜木たちは無実を信じて真犯人を探すことに。2カ月前、誰かにつけられていたという竹林の言葉を基に、その男を特定しようと聞き込みを始めた。やがて、その男が巨大ネットショッピングサイトの会社員で、そこは竹林や全被害者が会員であったことがわかった。竹林の逮捕を止めることができるのは残り4日間となり、泉と瀧河はネット会社に潜入捜査を始める。オペレーターとして働き始め、瀧河は詳しい個人情報は別階にあるサーバールームでしか見られず、その部屋は主任以上の声紋登録された人物しか入れないことを突き止めた。泉は女子社員が顧客を“CT”と呼び、電話を主任に回していることに気付く。
桜木泉（上戸彩）は、畑山昭子（堀内敬子）に銃口を突き付けられ動けずにいた。瀧河信次郎（桐谷健太）も駆けつけるがどうすることもできないでいると、畑山の指が引き金にかかり・・・。捜査班は、畑山がIDを偽造できる技術を持っていながら海外逃亡することもなく都内に潜伏している理由や目的を探ろうとする。外務大臣の柴崎順一（丹波義隆）の娘・真結（藤村聖子）の誘拐事件が発生。犯人から身代金3億円の要求があったものの、数日後に開催される世界エネルギーサミットとの関連も考えられ、捜査班が極秘で捜査を進めることに。長嶋秀夫（北大路欣也）、倉田工（杉本哲太）、高峰涼子（山口紗弥加）らが柴崎邸に入ると犯人から電話がかかってきた。犯人は翌日正午までに金を用意するように指示し、メールで拘束された真結の映像を送ってきた。そんな中、柴崎の秘書・関根素子（大谷英子）が外出の準備を始める。高峰が関根の言動に不信さを感じていたため、捜査員に追跡を指示する長嶋。分析班で捜査員同士の無線のやりとりを聞いていた竹林匠（木村了）は、無線に異変を感じていた。同じ頃、ネットカフェにいた畑山は「すべて順調です」と、ある男にメールを送っていた。受け取った男は、柴崎邸付近の監視カメラの映像を確認し、ある発見をする。
桜木泉（上戸彩）と話したいと畑山昭子（堀内敬子）が自首してきた。泉は八王子事件をはじめ塚本（宮迫博之）射殺事件などの逮捕起訴の手続きをとることを告げるが、畑山は不敵な笑みを浮かべ、殺害を否定する。畑山は戸籍上では死亡していることがわかり、捜査班は畑山の正体と同時に出頭してきた理由を探り始める。畑山は泉の問いかけには答えず、大学院生の川島智裕（中村倫也）を調べることと、自分の所持品の手帳を読み込むことを指示。その後にテストをして、答えられれば柴崎大臣（丹波義隆）誘拐事件のヒントを与えると告げる。誘拐犯は、柴崎が監禁されている映像をネットに流し、柴崎を通して世界エネルギーサミット開催日に柴崎と関係者の犯罪行為を明らかにすることが目的であることを告げる。犯人のアジトも手掛かりもつかめずに焦りを隠せない捜査班。そんな中、分析班から畑山が言っていた川島の身元が判明したと報告があがった。川島は成績優秀でコンピューターの知識に精通している大学院生。荒木（岡田義徳）の殺害現場にいたことがわかったが、畑山の自首と同時に姿を消していた。同時に、畑山の手帳やこれまでの行動を調べた結果、犯人像とは一致しないことがわかった。畑山は、泉の口から別に犯人がいる可能性が高いことを言わせると、すべての事件を操っている男は木幡（ユースケ・サンタマリア）だと告げ、自分は戸籍をはじめとするデータで管理されているものを全部奪われた被害者だと訴えた。木幡の手下である川島に命を狙われ、逃げるための自首であることを明かすと、自分の指示通り動けば木幡が捕まえられるともちかける。
桜木泉（上戸彩）ら捜査員と畑山昭子（堀内敬子）がいる喫茶店に、木幡雄一（ユースケ・サンタマリア）が入ってきた。しかし、畑山以外は誰も気づかず時間が過ぎていく。木幡は捜査員たちの目が逸れた一瞬をつかってアイコンタクトで畑山にトイレに行くように指示。同じ頃、捜査班に送られてきた荷物の中から盗聴器が発見された。畑山がトイレに行きたいと言い出した。事前に捜査員が入り異常がないかを調べ、泉の立ち会いでトイレに行く。木幡は電話で川島智裕（中村倫也）をトイレから続く裏口付近で待機するように指示を出していた。畑山はトイレの個室の備品入れに隠してあった携帯電話と小型ナイフを受け取り、メールを確認。メールには裏口から出れば逃がせると木幡からの伝言が届いていた。畑山は捜査員にナイフを突きつけ、裏口へ向かう。裏口で待機中だった捜査員は近くに川島が現れたと同時に、店内から畑山が出てきたことで混乱。さらに捜査員の姿に慌てた川島が発砲し、現場は混乱する。その混乱に乗じて畑山は姿を消し、川島も取り逃がしてしまう。畑山は木幡に電話で、ある取引きを持ちかける。木幡はとあるビルの駐車場を指示すると、川島に連絡を入れた。畑山が駐車場に来ると川島が現れた。川島に銃を向けられ逃げる畑山を追って、ビル駐車場近くの道にいた泉と瀧河信次郎（桐谷健太）は銃声を聞き・・・。
公安外事第二課のエリート刑事だった井沢範人（沢村一樹）は、ある事件がきっかけで総務部資料課分室への異動を命じられる。 資料課分室のメンバーは、痴漢容疑者への必要以上の暴行で異動させられた小田切唯（本田翼）、入庁以来ずっと資料課にいる人づき合いが苦手な南彦太郎（柄本時生）、さまざまな部署をたらい回しにされてきた田村薫（平田満）という、警察内のトラブルメーカーばかり。だが、実はこの資料課分室には、刑事企画課特別捜査官・東堂定春（伊藤淳史）が中心となって秘密裏に進められてきたある重要プロジェクトが託されていた。それは、日本国民のあらゆる個人情報――通信記録や金融機関の出入金記録、監視カメラの映像といったビッグデータを解析し、過去15年分の犯罪記録と照らし合わせることによって、AIがこれから起こる重大犯罪、主に殺人を犯す可能性が高い危険人物を割り出す未然犯罪捜査システム、通称『ミハン』システムの実用化プロジェクトだった。
ミハンチームの井沢範人（沢村一樹）と山内徹（横山裕）は、失踪していた特殊班捜査員・桜木泉（上戸彩）がベトナムで殺害され、遺体となって発見されたことを知る。ミハン責任者の東堂定春（伊藤淳史）は、元バディの死に山内が受けたであろうショックを憂慮して休暇を取らせようとする。だが山内は、休もうとはしなかった。 ミハンが割り出した新たな危険人物は、独身で身よりもいない料理人の藤井早紀（黒谷友香）だった。早紀は、有名創作料理店の総料理長であると同時に、13年前から子どもたちに無料で食事を提供するこども食堂の運営にも取り組んでいた。ミハンが早紀を危険人物だと判断したのは、植物から抽出した毒物を海外から仕入れていたからだ。しかも彼女は、すでに遺言状を作成しており、死を覚悟している可能性も考えられた。
井沢範人（沢村一樹）らは、「ミハン」システムが割り出した新たな危険人物・若槻真帆（柴田杏花）の捜査を始める。真帆は、エリート大学として知られる私立栄明大学の学生だったが、1年前、大学近くの雑居ビルから飛び降り自殺を図り、現在も意識不明のまま入院中だった。その間、真帆の通信記録や銀行口座の出入金記録など個人データに動きはなかった。だが、先週になって真帆のスマートフォンから彼女が所属していたテニスサークルのSNSグループに「復讐してやる」というメッセージが送られたという。しかも、同じスマートフォンから大量の医療用ニトログリセリンが購入されていた。井沢は、昏睡状態の真帆にはメッセージを送ることもニトロを買うこともできないことから、真犯人は真帆に成りすまして自殺の復讐をしようとしている可能性に言及し、小田切唯（本田翼）と田村薫（平田満）を入院先の病院へ潜入させる。そこで小田切は、真帆の父親で、プラスチック製品専門の町工場を経営する周作（遠山俊也）に接触する。一方、山内徹（横山裕）は、大手企業の御曹司で、テニスサークルの代表を務める湯川司（佐野岳）が学生起業したカフェバーを訪れる。その店は、サークルメンバーのたまり場で、自殺未遂騒動の後、周作も訪れていた。
井沢（沢村一樹）たちは、「ミハン」がリストアップした危険人物・佐伯卓郎（小野了）の捜査を始める。佐伯はわかば銀行勤続36年。妻に先立たれてからはアパートでひとり暮らしをしており、毎朝決まった電車で出勤し、定時に真っ直ぐ家に帰る、殺人とは無縁そうな真面目な男だ。だがこの1年の間に多額の出金記録があり、預金残高はわずか。また前夜は、仕事終わりに西麻布の会員制バーに立ち寄っていた。小田切（本田翼）は、行員としてわかば銀行に潜入。そこに、客を装って田村（平田満）もやってくる。その際、意外な事実が判明した。なんと佐伯は、田村の小学校時代の同級生だった。そのとき、行内に銃声が鳴り響き、2人組の強盗が現れる。防犯カメラや通報ボタンの位置を熟知し、テキパキと金を詰め込んでいく強盗たち。しかし、ほどなく警察が駆けつける。外の車で待機していた共犯者が逃走。強盗犯は、小田切らを人質に行内に立てこもる。山内（横山裕）や南（柄本時生）が予期せぬ事態に緊迫する中、監視カメラで佐伯の動きを注視していた井沢は、彼が強盗犯とアイコンタクトをとっていたことに気づく。「佐伯は強盗が入ることを知っていた――」 危険人物である佐伯が、もし強盗を手引きしているとしたら、彼はいったい何をしようとしているのか！？山内は、犯行グループの情報を捜査一課に渡すよう進言。しかし東堂（伊藤淳史）はそれを拒否し……。
井沢（沢村一樹）たちの前にやってきた東堂（伊藤淳史）は、ミハンシステムがリストアップした新たな危険人物が17歳の高校生であることを告げる。私立青葉中央高校2年の岡崎直樹（道枝駿佑）だ。直樹は、成績はトップクラス、バスケットボール部のエースで、父親は文科省の次期事務次官候補と言われている岡崎治（吉満寛人）というエリートだ。が、世田谷区で動物殺傷事件が相次ぎ、防犯カメラの映像から直樹に疑いがかかっていた。東堂は、動物への虐待や殺傷は殺人事件を起こす予兆であるとして、過去の犯罪事例を提示する。そこには、25年前に起きた練馬台無差別殺傷事件も上がっていた。山内（横山裕）は、バスケ部の外部指導員として青葉中央高校に潜入する。実はこのバスケ部では、指導員が次々と辞めていた。一方、小田切（本田翼）と田村（平田満）は、制服警官になりすまし、岡崎家周辺の住人から情報を集めようとする。そこに現れたのが、大手新聞社の元記者で、凶悪犯罪のルポを何冊も出版しているジャーナリストの川上邦明（近藤公園）だった。直樹に接触したという川上は、動物殺傷をしている少年少女に会い、殺人衝動をくい止めるために話を聞いているのだという。直樹は果たして、川上との出会いにより、殺人を踏みとどまるのか、それとも、動物殺傷への衝動が、ついに殺人の衝動へと変わるのか――！？東堂の過去も明らかになっていく中、ミハンメンバーは、十代の危うく揺れ動く殺意を未然に止めることができるのだろうか！？
井沢（沢村一樹）たち“ミハン”チームが捜査した事件の関係者に不審な出来事が続いていたことが発覚する。猟銃の誤射で少女を殺し、その罪を別の事件の犯人になすりつけた元最高裁判所長官の小松原（中丸新将）は点検中のエレベーターに転落して死亡（第2話）。強姦を重ねていたエリート大学生の湯川（佐野岳）は行方不明になり、失踪届が出されている（第3話）。そして、法の目をかいくぐって何人も殺害した上、未成年者の犯罪を後押ししていたジャーナリストの川上（近藤公園）は射殺体で見つかったのだ（第5話）。3人は、いずれも法でさばけなかった犯罪者――。犯人がミハンから得た情報をもとに犯行に及んでいると考えた東堂（伊藤淳史）は、「ミハンの情報が外部に漏れている」「内通者がいる」「チーム内に犯人がいる」という3つの可能性に言及する。真相を解明するため、井沢は、山内（横山裕）とともに小松原が死んだホテルへ。小田切（本田翼）と田村（平田満）は湯川のスマートフォンのGPSが途絶えた高架下へと向かった。ほどなく、井沢たちは、防犯カメラの映像などから一台の不審な車両にたどり着く。だがその所有者に関する個人情報は改ざんされているようだった。一方、川上の事件を追う捜査一課の早川（マギー）たちは、殺害現場付近で不審な男を見たという目撃者を見つけ、犯人の似顔絵を作成することに。そして、できあがった犯人の似顔絵は、あるミハンメンバーの顔で――。ミハンは一連の犯行を予測していない。ミハンを知り尽くし、犯罪者を誰よりも憎み、事件の再発を防ぎたいと強く願う犯人の正体とは？法で裁けない犯罪者を制裁していた人物が、ついに明らかになる！！
井沢（沢村一樹）たち“ミハン”チームは、田村（平田満）の死に大きなショックを受ける。法で裁けない犯罪者たちに制裁を加えていた田村が、自ら死を選ぶ前に残した最後の言葉は「ミハンを必ず実現させてください」だった。その遺志を受け、東堂（伊藤淳史）は、報告書から田村の名前を削除してミハンとの関わりを消すと、捜査の再開を指示する。山内（横山裕）と小田切（本田翼）はそれに同意した。しかし、南（柄本時生）だけは簡単に田村の死を割り切ることが出来ない。井沢は、そんな南を捜査に連れ出すが、南は拒否して資料課に帰ってしまう。ミハンが選び出した新たな危険人物は、実体のつかめない麻薬密売組織に関わっている疑いがあり、2ヵ月前に任意の取り調べを受けていた新谷啓一（小柳友）という男だ。組織のボスは「喜多野」という名前だが、それは通り名に過ぎず、本名も顔もその正体は謎に包まれていた。喜多野は、ビジネスのためなら躊躇なく人を殺す、冷徹な殺人者だ。新谷は、取り調べを受けた後、涼子（青野楓）という女性と結婚し、とある団地に引っ越していた。小田切たちは、向かいの棟に張り込み部屋を用意し、監視を始める。「喜多野」の正体をつかむ手がかりは新谷しかいない。「喜多野」とはいったい誰なのか――！？ 危険が迫る中、新谷たちの上階に住む7歳の少年・ユキオ（山城琉飛）が母親から虐待されているらしいことに気づく。その頃、井沢は、自らの妻子を殺しながらも立証されず、別件逮捕されていた宇佐美（奥野瑛太）が、まもなく出所することを知る。そして、桜木泉（上戸彩）の事件にも新たな真実が発見されて――。
東堂（伊藤淳史）は、新たな危険人物・砂田繭美（白石麻衣）の捜査を指示する。繭美は、市役所の戸籍住民課で働く25歳の女性で、1週間後には結婚式を控えていた。実は繭美は、過去に整形手術を受け、美しい顔を手に入れていた。ミハンが彼女をリストアップしたのは、違法に拳銃を入手していたからだった。幸せ絶頂であるはずの花嫁がなぜ殺人を？ ミハンチームは捜査を開始する。井沢（沢村一樹）と小田切（本田翼）は、婚姻届けを出しにきたカップルを装って繭美に接触。目の前で痴話喧嘩を演じてみせ、繭美と親しくなるきっかけを得る。繭美が整形手術を受けたのは2年前の9月。それ以前の行動を探れば、繭美が誰を殺そうとしているのかわかるかもしれない――井沢は、山内（横山裕）と南（柄本時生）に繭美の過去を探るよう指示する。ある日、井沢と小田切は、繭美からの招待で、彼女の婚約者・神谷統一郎（入江甚儀）の実家を訪れる。統一郎の父・竜太郎（羽場裕一）は慶徳大学の理事長で、統一郎も同大の教務課に勤務していた。竜太郎は、統一郎と繭美の結婚を大変喜んでいて、絵に描いたような幸せなカップルだ。しかし、程なく、彼女の悲しい計画が明らかになっていき――。そんな中、山内の前に、桜木泉（上戸彩）の元上司でもある長嶋秀夫（北大路欣也）が現れて……。
井沢（沢村一樹）たち「ミハン」チームは着々と成果を上げていた。それを受け、警視庁上層部は、国家公安委員会で意見をまとめ、次のステージとなる法制化に向けて政界に働きかけると東堂（伊藤淳史）に伝える。そんな中、「ミハン」が驚くべき危険人物をリストアップした。SP――警護課の捜査員・石塚辰也（高橋努）だ。石塚は、要人警護のスペシャリストで、逮捕術、格闘術など、すべての面で突出した能力を持つ男で、井沢自身も面識があった。また、プライベートでは「開かれた警察」を目的に、地域住民に武術を教える活動もしているのだという。人を守るはずのＳＰが、人を殺す――！？東堂は、モニターに直近1週間の石塚の監視記録を映し出した。そこで山内（横山裕）は、ふたつの監視映像に映り込んでいる桜木泉（上戸彩）らしき女性の姿に気づく。ベトナムで死んだはずの桜木は生きているのではないか――。だとしたら、彼女はなぜ石塚を追っているのか――。井沢は、今回の危険人物を止めることが、桜木泉や、その先の真実にも繋がっていると考えた。石塚をマークしていた小田切（本田翼）は、早々に尾行を見破られる。圧倒的な強さで小田切をとらえる石塚。覚悟を決めた小田切は、資料課分室に所属する警察官であることを打ち明け、格闘技を教えてもらおうと思ったと嘘をつく。小田切が井沢の部下であることを知った石塚は、彼女の申し出を受け入れる。一方、山内とともに石塚のマンションに潜入した井沢は、石塚が国家公安委員長・滝本健三（山田明郷）の情報を集めていることを知るが……。
井沢（沢村一樹）は、誘拐ビジネスを手がける犯行グループに拉致された山内（横山裕）の救出に向かう。するとそこに、ベトナムで死んだはずの桜木泉（上戸彩）の姿があった。桜木はすでに犯人たちを倒して拘束していたが、何故か井沢に銃を向ける。「あなたは、ミハンに組み込まれた人間？」。桜木は憎しみの眼差しで井沢にそう告げると、現場から立ち去る。井沢は、桜木がミハンを知っていたこと、彼女の上司だった長嶋（北大路欣也）が資料課を探っていたことに触れ、何か知っているのか、と東堂（伊藤淳史）に尋ねる。すると東堂は、新たな危険人物を表示する――それは、「桜木泉」。死んだと偽装し、日本に潜伏する彼女は、いったい誰を殺そうとしているのか！？桜木泉を捜査することになったミハンチーム。すべての発端はベトナムにある。ベトナムへと向かった井沢と山内は、桜木の事件を担当した元刑事のグエン（フォンチー）に接触する。捜査していく中で、桜木は、証券会社社員の谷口正博（斉藤佑介）を追っていたことがわかる。谷口は、日本からベトナムに赴任した同社の支店長とその娘・由紀子（桜井ユキ）を爆発物を使って殺そうとしていた。谷口を射殺してそれを食い止めたのが、井沢の妻の元同僚だった刑事・赤川武志（須田邦裕）だった。だが事件後、赤川はホテルの屋上から転落死し、その翌日、桜木も失踪していた。――謎が深まる中、ミハンと桜木の意外な繋がりが浮かび上がってきて……。
日本国民のあらゆる個人情報や全国の監視カメラの映像などが集約されたビッグデータを解析し、AIが統計学的に割り出した”未来の犯罪者“を、潜入・追跡捜査して犯罪を未然に防ぐ未然犯罪捜査対策準備室・通称『ミハン』。この特命班のリーダーを務める井沢範人（沢村一樹）は、元公安のエリート刑事だが、ミハンシステムによるテストケース『0号』の冤罪事件が原因で、妻と娘を無残に殺された過去を持つ。普段は物腰も柔らかく、飄々としていてつかみどころがない井沢だったが、その裏側には刑事としての一線を超えてしまいそうな凶暴性も内包しており、警察上層部からも危険視されていた。井沢は、ミハンが割り出した麻薬組織同士の争いを抑止するため、メンバーの山内徹（横山裕）や小田切唯（本田翼）らとともに東京と香港を結ぶクルーズ船に潜入。新たに加わった伝説のハッカー・加賀美聡介（柄本明）の支援もあり、事前に犯行を防ぐことに成功する。別の日、井沢は、山内や小田切、新メンバーのキャリア・吉岡拓海（森永悠希）とともに、ミハンの新たな拠点となる施設に集まる。そこは、移転が決まっている公営卸売市場の地下だ。そこで井沢たちを待っていたのは、ふたりの法務省官僚――北見俊哉（上杉柊平）と、自らミハンの統括責任者を志願した香坂朱里（水野美紀）だった。香坂は、皆の前で井沢の過去とその危険性に言及し、改めて人員の見直しをするとしながらも、さっそく捜査の指示を出す。それは、ミハンが同時にふたりの危険人物を探知するという、初めてのケースだった。井沢たちは、その危険人物たち――弁護士の田代智之（中林大樹）と、刑務所から出所したばかりの風俗店店員・藤倉尚也（篠原篤）を探るが、ふたりの間に接点はなく……。
井沢（沢村一樹）は、保釈後に行方不明となり、遺体となって発見された元警察庁次長・町田（中村育二）の件で、警視庁捜査一課の早川（マギー）から事情聴取を受ける。すると井沢は、マジックミラー越しに見ていた香坂（水野美紀）に、腹を割って話そうと持ち掛ける。香坂と対峙（たいじ）した井沢は、妻と娘を殺した凶器のナイフが1カ月ほど前に送り付けられてきたことを切り出し、その犯人とされて服役中の宇佐美（奥野瑛太）に香坂が面会に行った理由を問いただそうとする。一方、山内（横山裕）に井沢の監視を命じていた公安部部長の曽根崎（浜田学）は、町田の死を表向きは自殺として発表すると同時に、山内に井沢から目を離さないよう改めてくぎをさす。そんな折、ミハンが新たな危険人物を割り出す。ターゲットは、近所に住む女子高生の時田明日香（竹内愛紗）をストーキングしている無職の男・馬場智樹（影山徹）だ。だが馬場は、意図的にストーカー規制法に抵触しない程度に付きまとっているようなふしがあった。そして馬場は、ギャンブルで作った借金のせいで闇金からも追われていた。単純なストーカーではない犯罪。一方、優等生だった明日香も、ここ最近、何故か学校をさぼっていた。 井沢たちは潜入捜査を始めるが、捜査中、何者かに明日香が誘拐される。少女拉致誘拐事件の背後に見えてくる驚くべき真実。24時間以内に少女を救い出すため、ミハンが動く！
ミハンが新たな危険人物を割り出す。それは、名門バレエ団に所属する日本バレエ界のホープ・八尋舞（山口まゆ）だった。舞は、ネットを利用して致死量のヒ素を入手しており、毒物による殺人を扱ったサイトを何度も閲覧していた。山内（横山裕）は、舞が1週間後に開催される世界的なコンクールにエントリーしていることにも注目する。舞は、ライバルである英才教育を受けてきた同じバレエ団の瀬川綾乃（我如古りな）を狙っているのか？井沢（沢村一樹）たちは、潜入捜査を進めると同時に、舞の部屋に監視カメラを設置した。ところがその矢先、重傷者も出た資材落下事故を目撃した舞が、意識を失って病院に搬送される。しかも舞は、そのショックで記憶を失う。特に、難病で入院中の親友・安達智花（古川琴音）のことを覚えていないことがわかって――。記憶を失ってから、最近のスランプがうそのように、調子を取り戻す舞。舞は記憶と一緒に殺意まで失ったのか？井沢たちは、初めての事態に舞の動向を注視するが・・・。小田切（本田翼）は、潜入中にグループセラピーで出会った篠田浩輝（高杉真宙）に再会する。篠田に本当の名前を聞かれて――。
井沢（沢村一樹）たちのもとへやってきた香坂（水野美紀）は、ミハンが割り出した新たな危険人物の捜査を指示する。その人物とは、自殺を考えている人たちの相談に乗っているNPO法人に在籍する“いのちの相談員”杉原佳代（木野花）だ。佳代は、失踪に見せかける方法について調べていたほか、スタンガンも購入していた。そしてもうひとつ、佳代には気になる過去があった。彼女は、10年前に起きた『大森山無差別殺傷事件』の被害者家族でもあったのだ。井沢は、山内（横山裕）とともに佳代が在籍するNPO法人を手伝うスタッフとして潜入する。一方、小田切（本田翼）と吉岡（森永悠希）は、駆け落ち同然で上京したカップルに扮（ふん）し、佳代のシェアハウスを訪れていた。ほどなく、佳代のシェアハウスで長い間暮らしていた保育士の佐藤奈々（木竜麻生）が、佳代ともめて3カ月ほど前に部屋を出ていったことが明らかになる。実は奈々は、無差別殺傷事件の犯人の妹だったことがわかる。被害者家族と加害者家族という関係だった佳代と奈々。佳代は加害者家族に復讐（ふくしゅう）しようとしているのか？そして、普段はクールな香坂が、この事件に対してはなぜか積極的で、自ら捜査に乗り出すことに――。井沢たちは不思議に思うが・・・。
井沢（沢村一樹）たちの拠点となっているミハンルームに、代議士の児島祐三（信太昌之）や警視庁、法務省の上層部が視察にやってくる。案内役の香坂（水野美紀）は、ミハンのこれまでの業績をアピールするとともに、現在、危険人物として、大学病院の医師・真田雄大（猪征大）を捜査中だと報告する。真田は、サバイバルナイフを購入しているほか、ネットに匿名で、『スーパードクター』と呼ばれる同じ大学病院の外科医・益子博文（近江谷太朗）への恨みを書き込んでいた。真田は、大学病院を追い出され、来月には離島に赴任するのだという。病院に潜入捜査中の山内（横山裕）や小田切（本田翼）は、真田と益子をマークしていた。しかし、不測の事態が起こり、不審な男を追跡している間に、益子がナイフで刺され、その傍には、真田が立っていた――。益子の緊急オペが続く中、捜査一課の早川（マギー）は、重要参考人として真田に任意同行を求める。視察中だった代議士たちの前でのミハンの失態。曽根崎（浜田学）から圧力をかけられる中、真田の無実を証明すべくミハンが動く。井沢や加賀美（柄本明）は、ミハンのデータがねつ造されているとにらみ、医療関係の情報を扱う情報機関を訪れる。そこで井沢たちを待っていたのは、かつてミハンの統括責任者・東堂定春（伊藤淳史）だった……。
進学校に通う17歳の高校生・浅井航（清水尋也）が、美術館で出会った26歳の専業主婦・松永由貴（足立梨花）を殺害した上に、遺体をバラバラにしたという世間を騒然とさせたセンセーショナルな事件が起こった。何としても井沢範人（沢村一樹）をミハンチームから追い出したい、公安部部長の曽根崎正人（浜田学）が、既に起こった事件をなぜミハンシステムが探知しなかったのか、リーダーである井沢に責任があると責める。ミハン統括責任者の香坂朱里（水野美紀）は、航が逮捕されているにも関わらず、この事件を調べ直すことをチームに提案。井沢らは、既に起きてしまった事件を捜査することに。井沢らは、精神科医に扮し、航の精神鑑定を行う。全国模試で1位を取るほどの秀才・航は、井沢の問いに対し、「そんな鑑定で、僕の心が見えるんですか」など挑発的な態度を取る。さらに、動機を問われると「人を殺してみたかった」と告白。航は、由貴の遺体を処理する際、血痕を消すなど完全に証拠隠滅をし、偽装工作を図ったものの、決定的な証拠となった由貴が航のマンションに入っていく際の防犯カメラの映像に関しては、まるで注意を払っていなかった。彼はただの猟奇殺人犯なのか――！？ 航と由貴の間には何があったのか？ 井沢と航の対決、潜入捜査で次第に明かされていく航の本性。やがて、ミハンは意外な真相にたどり着く――。
井沢（沢村一樹）たちは、ミハンが割り出した新たな危険人物の捜査を始める。その人物とは、大手フィットネスクラブの社長・仁科紗耶香（佐藤江梨子）だ。紗耶香は、5年前に起きた強盗殺人事件で社長だった夫の輝幸（青戸昭憲）を殺され、自身も瀕死の重傷を負った被害者だった。輝幸の死後、会社を引き継いだ紗耶香は、着実に業績を伸ばして経営者としての才能を発揮していたが、短時間で毒性が消えてしまうため検出されない危険な毒物を密かに入手していた。井沢は、スポーツインストラクターとして紗耶香に接触。山内（横山裕）と小田切（本田翼）も、ジムの会員となって潜入捜査を始める。最初に捜査線上に浮かんだのは、紗耶香の会社が所有するウインタースポーツの実業団チームでコーチを務める辰巳（阿部亮平）だ。辰巳は、紗耶香を脅迫し、金銭を要求していた。一方、山内たちは、紗耶香の秘書・江波（本宮泰風）が格闘技経験者であることを見抜く。加賀美（柄本明）によれば、江波はかつて興信所で働いていた人間らしい。井沢たちが辰巳の調査を続けていた最中、新たな人物が紗耶香に接触する。それは科学捜査研究所の主任研究員・真鍋（宮川一朗太）だった。真鍋は、どんな手間も惜しまずに被害者のために真実を追究する人物で、これまでに数々の難事件を解決に導いていた。そして彼は、輝幸と紗耶香が襲われた5年前の事件も担当していたことがわかり……。
ミハンが探知していたものの、捜査できていなかった3人の危険人物が失踪していた。地権者から土地をだまし取り、殺害しようとしていた不動産詐欺師、借金を返せない相手に保険金をかけて殺そうとしたSNS闇金の経営者、水上バイクで女性をひき殺した事故をもみ消したうえ目撃者の命まで狙った政治家の息子――。井沢（沢村一樹）たちの元へやってきた公安部部長の曽根崎（浜田学）は、かつて、法で裁けない犯罪者を闇に葬っていたミハン捜査員の田村薫巡査部長の話を持ち出し、その役目が引き継がれていると指摘する。実は、井沢たちが逮捕することが出来なかった大手フィットネスクラブ社長の仁科紗耶香（佐藤江梨子）も失踪していた。凶悪犯が拉致され、殺害されている――！？ ミハンメンバーの誰かが一連の連続失踪事件に関わっているのか――まるで井沢が犯人だと言わんばかりの口ぶりで話す曽根崎。それに対して香坂（水野美紀）は、ミハンメンバーの中に殺人者がいないことを証明するために真相を突き止める、と宣言する。3件の失踪者を調べると、彼らが拉致されたと思われる場所には、いずれも防犯カメラがなかった。だがミハンは、ドライブレコーダーなど足を使った捜査で、犯人と思しき人間が映った画像を入手する。その画像とミハンメンバーを歩容認証で照合してみる浮かび上がる意外な人物。犯人はいったい誰なのか――！？そして、物語は未来の謎へと繋がっていく――。
東京サミットを狙った爆弾テロの可能性が浮上する中、香坂（水野美紀）が突然姿を消した。井沢（沢村一樹）は、香坂の端末に、テロに関するデータが残されていることを知る。だが、山内（横山裕）らは、ミハンの法制化を願っていた香坂がテロに関わっていることなど信じられるはずもなかった。井沢は、香坂の過去―26年前に映画館で神経ガスを撒いて多くの死傷者を出した男が香坂の父親であること、事件の数年前に両親が離婚し、香坂は法務省の官僚と再婚した母親に引き取られたことを山内たちに打ち明ける。実は香坂には弟がいたが、父親の凶行に巻き込まれていた。その際、香坂の弟は奇跡的に一命をとりとめたものの、激しいバッシングに絶望し自殺していた。弟への贖罪（しょくざい）と、殺人者の娘という十字架を背負って生きてきた香坂がテロを起こすはずがない。しかし、なぜ香坂はミハンを頼らず、1人で行ってしまったのか―！？そのとき加賀美（柄本明）は、香坂がミハンで何かを調べていた形跡を見つける。そこには、海外の紛争地帯を渡り歩いてきた元傭兵の里谷隆一（高岩成二）らテロ実行部隊と思われる男たちの情報があった。一方、警視庁の捜査員たちは、テロリストの潜伏先候補を徹底的に調べていた。そんな中、井沢は、里谷が公安のトップしかその存在を知らない「マルトク」と呼ばれる協力者であったことを掴み、曽根崎（浜田学）のもとへと向かう…。
東京サミットを狙ったテロは未然に防がれた。だがその最中、テロに関与していると思われた香坂（水野美紀）が射殺される。銃声を聞いて駆けつけたSATは、拳銃を持って香坂の遺体の前に佇む井沢（沢村一樹）を拘束しようした。井沢は、SATや駆けつけた山内（横山裕）を倒し、立ち去ろうとする。そんな井沢に銃を向け、撃つ山内。取り調べを受けた曽根崎（浜田学）は、テロへの関与を完全に否定した。一方、警視庁の上層部はすべての責任を死亡した香坂に押し付け、ミハンも解体の危機に―。ミハンルームにガサ入れが入り、取り調べを受ける面々。そんな矢先、小田切（本田翼）の交際相手・篠田（高杉真宙）が何者かに撃たれるという事件が起きる。小田切は、篠田が自分を撮影した写真を見て、同じ人物が映り込んでいることに気づく。それは今回のテロに関わっていたクラッカーの諏訪樹生（松尾諭）だった。篠田は、ミハンに関わったから事件に巻き込まれたのか！？責任を感じる小田切。香坂の死を無駄にしないため、真犯人を捕まえるため、立ち上がるミハンチーム。そんな中、香坂が殺されたことで、加賀美（柄本明）がようやく重たい口を開き始める。26年前に起きた映画館の毒ガス事件で救った1人の少年の話を。それぞれに想いを抱えながら、真犯人を突き止めるためミハンチームが動き始める。その先には何が待っているのか？ついにクライマックスへ。
井沢（沢村一樹）たちは、テロ計画の黒幕と思われた水島歩の正体が篠田（高杉真宙）だったことに気づく。そのとき、ミハンが加賀美（柄本明）を危険人物として検知した。26年前、映画館で起きた神経ガステロの際に、犯人の息子である歩を救った加賀美は、彼にミハンのことを話していた。加害者家族ゆえに激しいバッシングに遭いながら生きてきた歩は、ミハンに強くひかれ、この世から犯罪をなくしたいという思いに囚われて暴走したのだ。加賀美がミハンに志願したのも、そんな歩を自らの手で葬るためだった。加賀美は、拳銃を手に、篠田が入院している病院へと向かっていた。井沢と吉岡（森永悠希）が、加賀美を止めるために駆けつけるが……。山内（横山裕）は、クラッカーの諏訪（松尾諭）が刺殺されていた篠田のアジトで捜査一課の早川（マギー）らと合流する。そこで早川は、諏訪が篠田を拳銃で撃ったものの反撃にあって刺殺されたこと、そして小田切（本田翼）の骨伝導ベルトに精巧な盗聴器が仕掛けられていたことを山内に告げる。無線で香坂（水野美紀）を呼び出し、射殺したのも篠田だった。そんな折、ミハンが篠田を危険人物として探知する。篠田は、元傭兵の里谷（高岩成二）と行動を共にしていた。篠田がまだ爆弾を所持していることを知った井沢たちは、すべてを終わらせるために動き出す。井沢と篠田が対峙（たいじ）したとき、一体何が起こるのか！？
悲劇の夫婦に悪魔の囁き〜 産婦人科医師の死の裏に 14年前の女性殺人事件と臓器売買〜 時を越えた父の祈りと母の後悔〜 真実を知る時、最大の未解決と衝撃の殉職が!?
あれから1年後――未然犯罪防止法案が成立する。だが、犯罪抑止への期待が寄せられる一方で、個人情報の取り扱い方や監視社会を危惧する声も上がっていた。そんな中、警視庁では、未然犯罪捜査課の任命式の準備が進められていた。山内（横山裕）は、所轄の会計課にいる小田切（本田翼）を訪ねミハンに誘うが、小田切の決意は固くて……。一方、井沢（沢村一樹）をリーダーとして活動している未然犯罪捜査対策準備室は、新たな危険人物・桐島直久を探知した。彼は、退官した元陸上自衛隊員で、狙撃の名手。そんな人間がいったい誰を狙っているのか――。井沢は、防犯カメラで桐島の姿が確認された付近のオープンカフェにいた。すると突然、店内に銃弾が撃ち込まれる。そして、店内のテーブルに置かれていたノートPCから、命令に従わなければ殺す、という音声が流れた。犯人は、隣のビルから井沢を狙っているのだ――。そして、井沢にインタビューをしたいと言い出す。その目的は、ミハンの真実を暴くことだった――。
