トップクラスの能力を有する者だけが入学を許される超エリート校・Y学園。その学園で新たに設けられた選出基準「YSP」により選ばれた寺刃ジンペイたちに、学園の「不思議解明ミッション」が下される。YSP基準とは一体何なのか？謎のアイテム「YSPウォッチ」とは…。
Set in an alternate universe with human counterparts of Yo-kai that attend a boarding school, Jinpei Jiba discovers that the place is full of mysterious Onryo and learn about the YSP Watch, which allow them to transform into Yo-kai Heroes.
