1865(慶応元)年、箱館から密航を企てた新島七五三太(しめた・オダギリジョー)がボストン港に降り立った。そして京では、それまで対立していた薩摩と長州が、坂本龍馬の暗躍により急接近を図っていた。 年が明け、1866(慶応２)年６月、第二次長州征伐の戦端が開かれる。幕府勢は次第に追い込まれ、都での会津の立場が危うくなっていく。それと合わせるように、覚馬(西島秀俊)の目も悪化の一途をたどっていくのだった。 会津では、覚馬の妻・うら(長谷川京子)が、一人娘のみね(豊嶋花)を厳しく叱るようになり、八重(綾瀬はるか)は不安を覚える。そんなある日、会津で大火事が起こり、みねが行方不明になってしまう。