魔法が人々の生活に根付く世界で、『魔法を使うことが出来るのは魔法使いだけ』と知りつつも、魔法への憧れを抱き続ける小さな村の少女・ココ。『魔法をかける瞬間を見てはならない』と言われながらも、ある日村を訪れた魔法使いの青年・キーフリーが魔法をかけるところを目撃したココは、魔法に隠された”絶対の秘密”を知ってしまう。
自身の描いた禁止魔法により石化してしまった母親を救うため、そして幼い頃に絵本を渡してきた“つばあり帽の魔法使い”の手掛かりを追うため、ココは魔法使い・キーフリーの弟子となった。魔法使いになるための修行を始めるために訪れた学び舎であるアトリエで、同じくキーフリーの弟子である少女たち・アガット、テティア、リチェと出会う。
本来魔法使いになる資格のない一般人・「知らざる者」であるココが弟子として迎え入れられた事を快く思わないアガットは、仲間として認めてほしければ、キーフリーが不在のうちに魔法使いの弟子入りのための試験「王の許し」を受け、合格するようココに告げる。おぼつかない足取りで試験の目的地へと1人出発することになったココの前に、ダダ山脈が立ちはだかる。
晴れて正式な弟子となったココに彼女専用の魔材を与えるため、キーフリーはココや弟子たちを連れて魔法使いの街・カルンにある魔材屋「星の剣(ほしのつるぎ)」へ買い物に出かける。しかしその最中、幼い頃に出会った謎の“つばあり帽の魔法使い”の姿を見かけたココは、咄嗟に店を飛び出し走り出すが……。
不思議な空間に捕らえられてしまったココ・アガット・テティア・リチェ。ここからの脱出方法を探す4人の前には、危険な巨鱗竜（ドラゴン）が立ちはだかっていた。脱出のヒントとなるかもしれない魔法陣を見つけ、そこへの接近を試みるも、巨鱗竜に邪魔をされてなかなか近づけない。途方に暮れる4人だったが、テティアの魔法をヒントに、ココが1つのアイディアを思いつく。
キーフリーの救出により無事、謎の空間から脱出したココたち。日常へと戻ったココは、思い悩みながらも魔法の練習に勤しんでいた。そんなココを見たキーフリーは、自身の過去の経験から得た、魔法を学ぶためのコツをココに教える。徐々に他の弟子たちとも打ち解けていくココだったが、アトリエに滞在するもう1人の魔法使い「見張りの眼(みはりのまなこ)」であるオルーギオが、その前に現れる。
近くの橋が崩れ、川の中央に取り残されてしまった人を助けて欲しい、との依頼がアトリエに飛び込んできた。現場へ救援に向かおうとするキーフリーとオルーギオに頼み込み、そこへ同行することになったアガットだったが、現場で指示されたのは魔法器を使った簡単なサポートのみ。自身の実力を証明し、一刻も早く魔法使いとして成長したいアガットは焦りを募らせる。
ココとアガットは、土砂崩れに巻き込まれたクスタスの救出に成功したが、ココの魔法は予想をはるかに超える威力で周囲一帯を砂に変えてしまった。現場に駆けつけた魔警団のイースヒースは禁止魔法が使われたと判断し、2人を拘束し、ココの記憶を消そうとする。間一髪のところでリチェとテティアに救われる。その後、駆けつけたキーフリーによって事なきを得るが、キーフリーは、ココが使用した魔墨に原因がある事に気づく。
