宝石の原石を輸送中の船・海神丸は、伝説の怪獣シーモンスの襲撃を受け沈没してしまう。高村船長は責任を問われるが、船長は記憶を失っており、事実関係の証明ができない。事故の直前に録音された「シーモンスの唄」を解析するＭＡＴ。そんな折、シーモンスと夫のシーゴラスが現れ、夫婦怪獣は大津波を発生させる！
