地面を突き破って現れた怪獣、イルーゴ。その口から吐かれた気体は人体を蝕んでいく。
司令部からイルーゴの調査を止められ、待機を命じられたスカード。エミはサード・ウェイブの可能性があると考え、第66実験施設とともに独自に調査を進める。一方、防衛隊は自走レーザー砲でイルーゴを切断する作戦に出る。
The kaiju, Irugo, breaks through the ground and surfaces. The gases exhaled from its mouth are poisoning the human body. SKaRD is ordered by CP to halt all investigation on Irugo and to standby until further orders. Emi thinks this could be the Third Wave, so she proceeds with her investigation involving the Test Facility 66. Meanwhile, the GGF sets out on a mission to cut off Irugo with a self-propelled laser cannon.