“宇宙怪獣ベムラー登場” 科学特捜隊のハヤタは、竜ヶ森上空をパトロール中、突然飛来した赤い光と激突し、生命を失ってしまう。赤い光の中から、M78星雲の宇宙人を名のる人物=ウルトラマンが現われ、これからはハヤタと一心同体となって地球の平和のために戦うことを誓う。
“宇宙忍者バルタン星人登場” 故郷の星を失った宿敵・バルタン星人が地球を狙って襲来する。
“透明怪獣ネロンガ登場” 電気を吸収する怪獣ネロンガが、電気を狙って発電所で暴れ始めた!!
“海底原人ラゴン登場” 事故で爆発した原爆の影響でラゴンが巨大化。さらにラゴンの足には、もう一つ残った原爆が付いていた・・・
“どくろ怪獣レッドキング、友好珍獣ピグモン、有翼怪獣チャンドラー登場” 多々良島に住む怪獣たちをおびえさせ、ウルトラマンと互角のパワーで敵を圧倒するレッドキング!! 人間の味方ピグモンをはじめ、チャンドラーなどの多くの怪獣が登場する。
“ウラン怪獣ガボラ登場” 大好物のウラン235を狙って、安部町にあるウラン貯蔵庫にガボラが地中より出現した!
“脳波怪獣ギャンゴ登場” 人間の思った物に変化する不思議な石が、怪獣ギャンゴになってしまい・・・
“ミイラ人間、ミイラ怪獣ドドンゴ登場” 洞窟から発見されたミイラ人間の7千年の眠りから目覚めた・・・
“油獣ペスター登場” 石油を求めて東京湾に現れるペスターとウルトラマンの戦い。
“汐吹き怪獣ガマクジラ登場” 真珠が好物のガマクジラがウルトラマンを苦しめる。
“宇宙忍者バルタン星人登場” 宿命のライバル、バルタン星人がパワーアップしてウルトラマンに挑む！
“毒ガス怪獣ケムラー登場” スペシウム光線が通じない！ 毒ガスを吐く強敵ケムラーにどうするウルトラマン!?
“地底怪獣テレスドン登場” 地上征服を狙った地底人たちが送り込んだテレスドンが夜の町で大暴れする。
“深海怪獣グビラ登場” 海底センターに閉じ込められたムラマツキャップたち４人。彼らは海底から脱出することができるのか!?
“冷凍怪獣ギガス、彗星怪獣ドラコ、どくろ怪獣レッドキング登場” レッドキング、ギガス、ドコラが白銀を舞台に大激闘!!
“古代怪獣ゴモラ登場” ジョンスン島に棲息する古代怪獣ゴモラを生け捕りにされた。しかし、日本に空輸されるが麻酔が切れて逃げられてしまう･･･
“古代怪獣ゴモラ登場” ゴモラの巨大なしっぽがウルトラマンを苦しめる！ 果たして科特隊とウルトラマンはゴモラの大阪市内侵入を食い止めることができるのか!?
“黄金怪獣ゴルドン登場 日本一の金山・大田山にゴルドンが出現！ 科特隊は出動し、ゴルドンを倒すが･･･
“伝説怪獣ウー登場” 雪ん子の悲しみを知り、復讐のためにウーがスキー場を襲撃する。
“吸血植物ケロニア登場” 人間の生き血を吸って繁殖する吸血植物ケロニア。彼らの計画を阻止できるか!?
“悪質宇宙人メフィラス星人登場” ウルトラマンと同等の力を持った強敵・メフィラス星人が、バルタン星人たちを引き連れて地球侵略を企てる
“メガトン怪獣スカイドン登場” スカイドンが20万トンの巨体でウルトラマンを苦しめる。
“怪獣酋長ジェロニモン登場” 怪獣酋長ジェロニモンが、復讐戦のためにドラゴやテレスドンをはじめ、60体の怪獣を復活させた。
“砂地獄怪獣サイゴ、光熱怪獣キーラ登場” 長いこと謎とされていたQ星にある宇宙ステーションＶ２が故障した。科特隊はＱ星へ出発するが･･･
