Bei der Erkundung eines vor Jahrhunderten bruchgelandeten Autobotschiffes, dessen Insassen alle an der Cybonischen Pest gestorben sind, infiziert sich Optimus Prime. Er erkrankt an dieser Seuche, die immer tödlich verläuft und für die den Autobots kein Heilmittel bekannt ist.
Da die Cybonische Pest aber eine biologische Waffe ist, die von Megatron im Krieg entwickelt wurde, gehen die Autobots davon aus, dass die Decepticons ein Gegenmittel besitzen. Der elektromagnetische Schild des Decepticonschiffes ist defekt, so dass die Autobots es orten können und in der Lage sind über die Erdbrücke auf das Schiff zu gelangen.
Also begeben sich Arcee und Bumblebee dorthin, um nach der Formel für ein Mittel gegen die Cybonische Pest zu suchen.
Optimus Prime becomes infected with a Decepticon plague and Arcee and Bumblebee must sneak aboard the Nemesis to find the formula for the cure.
Alors qu'il était en mission avec Ratchet, Optimus se fait contaminer par la peste. Ratchet n'a pas le bon remède pour guérir Optimus. Mais il connaît les coordonnées du vaisseau des Decepticons. Arcee et Bumblebee s'y rendent pour chercher le remède mais ne trouvent rien. Ils tombent sur un Megatron inconscient. S'ils veulent sauver Optimus, ils n'ont pas le choix, ils doivent pénétrer dans la tête de Megatron...
Ratchet annuncia a Optimus Prime di avere casualmente localizzato la Nemesis sul suo radar: sembra infatti che ci sia una falla elettromagnetica nel sistema di schermatura della nave nemica. Per gli Autobot è un'occasione d'oro per colpire i nemici, già indeboliti dalla mancanza di Megatron.
Dalla stessa frequenza, però, Ratchet riceve un segnale SOS da un radiofaro Autobot e Optimus Prime ordina di dare priorità alla salvezza dei compagni in pericolo, posponendo l'attacco ai Decepticon.
Attraverso il Ponte Terrestre, Optimus Prime e Ratchet raggiungono così il relitto di una navicella Autobot schiantatasi sul pianeta diversi secoli prima. La speranza è trovare all'interno dei sopravvissuti, ma una rapida esplorazione rivela uno scenario inquietante: la nave è in stato di completa decadenza e tutti gli occupanti sono morti, decimati da un virus.
Ratchet ordina a Optimus Prime di non toccare nulla perché il virus potrebbe essere ancora attivo. Un brusco movimento della nave, però, smuove uno dei corpi, facendo cadere delle gocce di Energon infetto sul viso del Comandante Autobot.
A colpire Optimus Prime è stata la Peste Cybonica, un virus che su Cybertron ha causato milioni di vittime durante la Grande Guerra: si tratta di un flagello sintetizzato direttamente da Megatron, come parte del programma di guerra biologica dei Decepticon. Purtroppo la sua cura è sconosciuta agli Autobot: il fatto che Megatron sia scomparso rende inoltre impossibile rintracciarla. Ratchet però suggerisce di provare una sortita sulla Nemesis per verificare se nella banca dati dei Decepticon sia eventualmente custodita la formula.
Arcee e Bumblebee arrivano sulla nave Decepticon attraverso il Ponte Terrestre e si dirigono subito al laboratorio, dal quale esce Knock Out senza accorgersi di loro.
Arcee verifica velocemente la banca dati, ma senza trovare la formula della cura. Intanto Optimus Prime, sofferente per il virus, chiede a Ratchet se anche lui è stato co
Ratchet detecta a una nave autobot que se ha estrellado en la Tierra hace siglos, junto con Optimus van a investigar con la esperanza de encontrar a un autobot con vida, al llegar se dan cuenta de que una peste que al parecer no tenía cura, ha acabado con todos los que estaban dentro, Optimus se contagia al tocar energon infectado y la única esperanza para su recuperación es entrar en la mente de Megatron para encontrar la cura antes de que Optimus muera.
Optimus Prime zaraża się chorobą Decepticonów. Arcree i Bumblebee muszą się wkraść na pokład pojazdu Decepticonów, żeby znaleźć lekarstwo.