The Decepticons, Megatron, Starscream, and Scorponok attacks Cybertron. Optimus Prime and the other Autobots, aboard the Miranda II, travelled to Cybertron to save the planet.
ユニクロンは消滅した。サイバトロンたちに、戦闘終結の安堵感がひろがる中、突如、セイバートロン星にデストロン反応がキャッチされた。あらわれたのは、ユニクロンとともに消え去ったはずのガルバトロン。コンボイたちがアルファQの宇宙に留まっている隙に、セイバートロン星が奇襲をうけてしまったのだ。急いで救出に向かうキッカーたちだったが、手薄のセイバートロン星はデストロンにみるみる占領され……。