Mari and Waka plan on making a cake for their friend, but plans fall apart when Mari opens a mysterious book that sends her flying back in time where she ends up crossing paths with William Gilbert.
中学2年生の早瀬真理は、3年前に失踪した科学者の父・永司の事を気にかけていた。真理の首からは、永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスがぶら下がっている。
ある日、真理は、友人・水城和花の兄・旬の部屋で永司の研究所で見かけた『Magnets & Electricity』と題された本を見つける。その本を開くとアーミラリーコンパスが激しく回転し、真理はあふれた出たゆらぎに包まれ、和花の眼前から消えてしまう。
Mari Hayase è una studentessa delle scuole medie senza particolari doti per l'apprendimento o lo studio, che spende le sue giornate divisa tra la scuola e gli amici, in particolare la coetanea Waka. Di contro suo padre, il professor Hayase, è un illustre scienziato di fama internazionale, che tuttavia manca da casa da tre anni e di cui Mari sente molto la mancanza.