방원의 즉위식을 축하하는 연회가 열리고, 원경과 방원 두 사람은 이 자리에 이르기까지 서로에 대한 단단한 사랑과 신뢰가 있었음을 확인하며 기뻐한다. 그러나 잠저 시절, 방원의 아이를 낳아 은밀히 키워온 영실이 등장하면서 부부 간의 신뢰는 금이 가고, 이 일은 왕의 권위에 대항하는 신하의 문제로 비화 되고 만다.
왕의 총애를 믿은 영실은 원경에게 무례하고, 원경은 큰 모욕감을 느낀다. 게다가 방원이 또다시 취한 여인이, 원경이 신뢰해온 본방나인 채령이 되자 원경의 감정은 마침내 폭발하고, 결국 왕과의 합방을 거부하는 사태에 이른 가운데... 이성계가 철퇴로 방원을 죽이려 하자, 원경은 서운한 감정은 접어두고, 본능적으로 방원을 구하기 위해 나선다.
자신을 구하는 과정에서 대신 철퇴에 맞는 아내 원경에게 뜨거운 감정을 느끼는 방원. 하지만 이 사실을 미리 알고 있던 민씨들의 정보력에 위기감을 느끼고, 그들의 움직임을 주시하는 가운데. 상왕 복위 움직임을 감지한 원경. 이 사실을 방원에게 알리면, 원경과 민씨들이 왕명을 어긴 사실이 드러나는 딜레마에 처하게 되는데…
원경의 활약으로 상왕 복위의 움직임은 일망타진이 되지만, 뜻하지 않게 영실이 엮여들게 된다. 역모에 연루된 후궁 영실을, 방원은 원칙을 어겨가면서까지 보호하려 하고. 방원의 그 같은 태도에 원경은 큰 충격과 배신감, 질투심을 느낀다. 영실을 살릴 수 있는 권한을 가진 궁첩의 수장 원경. 방원은 원경에게 아쉬운 부탁을 하는 대신, 영실을 버리는 것으로, 상황을 돌파하려 하는데…
중전의 공을 믿고 득의만만한 민씨들을 경계하기 위해, 방원은 가례색까지 설치해 후궁을 들이려 하고. 이 문제를 놓고 원경은 방원과 극한의 갈등을 이어나간다. 한편 국왕의 외로움을 간파한 채령은 좀 더 적극적으로 방원에게 다가서고, 결국 회임을 하게 된다.
마침내 조사의가 난을 일으키고, 방원이 출정하게 되자, 원경은 방원에 대한 서운한 감정을 접어두고, 뜨거운 사랑을 자각하며, 자신의 정보력과 모든 것을 동원해 방원을 돕고. 이성계와의 담판에서 방원은 한 가지를 약속한다. 개경을 바탕으로 한 기득권 세력을 잘라내고 한양으로 돌아가기로. 그런데 그 기득권 세력의 핵심에는 원경의 친정인 민씨 일가가 포함되어 있는데.
성균관 대사성 민제의 촉망받던 제자 방원. 이미 고려 왕실에 정혼자가 있던 원경의 눈에, 방원은 이전부터 남다르게 느껴지고. 공녀 문제로 기꺼이 관리들과 대척점에 서 는 원경을 보면서, 방원은 원경의 이상을 이해하고, 유일하게 지지해준다. 한편 대의를 위해 특권을 포기할 줄 아는 방원을 보고, 원경은 그라면 함께 세상을 바꿀 수 있겠다는 확신을 갖고, 사랑을 키우게 된다.
아버지 이성계를 왕으로 만드는 일에 모든 것을 바쳤음에도, 권력에서 소외된 것은 물론이고 목숨까지 위태로워진 방원을, 원경은 자신의 집안뿐 아니라 모든 것을 동원해 지키려 하고... 그 과정에서 예기치 않은 일로 신덕왕후와 맞서면서 목숨이 위태로워진다. 방원은 원경을 구하기 위해 감당하기 힘든 치욕을 감당하고. 원경은 그런 방원에게 은밀히 준비해온 병장기를 보여주며 혁명을 준비하는데…
한양 환도 후. 왕권 안정과 백성들을 돌보는 일에 매진하는 방원. 어느 날 명나라로부터 공녀를 요청받게 된다. 이에 원경은 공녀를 보낼 수 없다며 신료들을 부추겨 방원을 압박하고, 자신의 책임 하에 보란 듯이 이 문제를 해결해버린다. 그런 중궁을 믿고 민씨들이 권력을 확장해 나가려 하자, 방원은 세자 양녕에게 위를 물리겠다는 선언으로 돌파하려 하는데…
준비되지 않은 대리청정은 자칫 세자의 목숨을 위태롭게 할 수 있다는 생각 하에, 원경은 방원에 맞서 양위 의사를 거두게 한다. 한편 한양 환도 이후, 권문세족들의 은밀한 부동산 투기가 국정의 발목을 잡자, 방원은 특단의 조치를 강구한다. 그런데 투기 세력 가운데 원경의 동생들이 포함되어 있고. 이는 원경을 위기에 빠뜨리는데…
방원은 정치적인 이유로 세자빈을 간택하려 하지만, 원경은 자질을 최우선으로 간택하는 게 옳다고 맞선다. 결국 원경은 세자빈 간택의 절차를 공개적으로 만들어, 왕의 뜻을 꺾어버리는 가운데. 채령은 오랫동안 원경의 정보원 역할을 해왔던 판수의 소재를 파악해 방원에게 알리고. 방원은 이를 원경의 힘을 빼는 수단으로 활용하기로 하는데…
왕명을 어기고, 판수의 시신을 거두어주기 위해 궐을 나선 원경은, 왕의 종친 가운데 일부가, 왕이 백성에게 베푼 곡식과 재물을 착복해왔음을 알게 되고. 이 사실을 방원에게 알리려 하지만, 예기치 않은 음모에 걸려 폐비는 물론 목숨의 위협까지 받게 되는데... 원경은 백성들의 도움을 받아, 한양으로 돌아온 뒤, 그 모든 사실을 방원에게 알리고... 이 일을 기화로 방원은 원경이 자신과 같은 꿈을 꾸어왔음을 상기한다.
원경에 대한 사랑과는 별개로, 이미 정치적 걸림돌로 자리한 중전의 동생들에게 방원은 죽음을 내리고. 원경은 피를 토하는 심정이지만, 개인적 감정보다는 조선의 왕 인 방원을 이해하고 받아들이려 노력한다. 그러나 결코 예전과 같은 감정으로 방원을 대할 수가 없는 가운데. 성녕대군이 죽음을 함께 겪으며, 두 사람은 왕이 되기 이전, 부부의 신뢰를 되찾아가고... 그런 이들에게 세자의 교체라는 마지막 과제가 놓인다.
세자 양녕의 자질이 모자라지만 채워 나가면 된다는 방원은 결국, 자질이 모자란 왕은 백성을 위태롭게 하니 바꿔야 한다는 원경의 충언을 받아들여, 양녕을 폐하기로 결심한다. 원경은 충녕에게, 그가 가진 비전을 아버지에게 직접 밝히도록 해서, 방원이 충녕을 세자로 결정하는 근거를 마련해주고... 왕위에 오른 충녕은 어머니 원경왕후가 그토록 꿈꾸어 온 위대한 조선의 기틀을 잡고 꽃을 피운다.
