郭夫人和杨夫人同时怀有身孕，受郭、杨二人委托，丘处机给两个未出世的孩子分别取名为郭靖、杨康，寓意两个孩子将来长大能不忘靖康之耻，并分别赠送他们一把刻有孩子名字的短剑，作为见证，今后两家孩子若都为女，便结为姐妹，若都为男，则结为兄弟，若一男一女，就结为夫妻。郭夫人李萍和杨夫人包惜弱听完甚是欣喜，分别交换了短剑作为信物。临安武官段天德忽然带领众兵以反贼的名义来抓捕郭啸天和杨铁心夫妇。郭杨蒙冤，拒捕反抗，郭啸天为给铁心夫妻和李萍争取逃脱的时间，被官兵乱刀杀死。几名兵丁追踪抓住了惜弱和李萍。杨铁心救下惜弱，又想追赶营救李萍，唯有嘱咐惜弱在附近小心藏好，若天可怜见，他夫妻二人终会有再见的一天。包惜弱绝望至极，哭倒在尘埃里。一队官兵寻声而至，将她擒住。杨铁心找到李萍，却不敌段天德众人，被踢下悬崖。段天德从手下口中得知大金六王爷要的女人丢了一个，火冒三丈。虽不知六王爷要的反贼的妻子到底是哪一个，但还好，自己手上还有一个李萍，希望他要的就是这一个。
丘处机和江南七怪在法华寺继续缠斗，打得难解难分，双方各有损伤。段天德知道后，带着李萍前往大殿，见江南七怪、焦木以及丘处机皆身负重伤，各自端坐一方调息，想趁机解决了丘处机，被李萍制止。混乱中，李萍头发散落，焦木这才发现自己上了段天德的当，扑向段天德，却被他毫不留情地杀死。段天德拉着李萍往外逃，七怪中的韩宝驹拼命追赶。段天德押着李萍四处躲藏，终于成功避开了韩宝驹。江南七怪和丘处机知道这一切都是误会，握手言和。七怪不甘，想再与丘处机比试武功，分出高下，丘处机趁机提议，他们分别去救包若惜和李萍，然后丘处机教姓杨的孩子武功，江南七怪则教姓郭的孩子武功。十八年后，等孩子们都十八岁了，再在嘉兴府醉仙楼相会，让他们代自己比武论输赢。七怪欣然同意。段天德带着李萍去找完颜洪烈，却被金兵当成骗子发配到极北苦寒之地做了苦力。在金兵和蒙古兵的一次混战中，李萍脱离了段天德和金兵的奴役，在一大雪天生下孩子，取名郭靖，索性又被路过的蒙古商队救下。
册封宴席上，铁木真得知此次被册封的只有自己一人没有义弟札木合，便向完颜洪熙等人请求多给几个官职，完颜洪熙言语中透露着不屑，令铁木真几欲拍案而起。最后还是王罕打了圆场，但铁木真的野心和魄力亦让完颜洪烈感到担心。郭靖与拖雷每日一起练习射箭，情谊渐浓，两人遂结为安答，即草原上的兄弟，并分别交换了黄金项圈和母亲绣的锦囊作为结拜信物。两人一起在草地上捉兔子，不料，桑昆的儿子都史强抢兔子，双方争论起来，遇寻找到蒙古的江南七怪。七怪听闻其中一个孩子名叫郭靖，大吃一惊，随即询问他父母何人。郭靖如实说出，七怪喜极而泣，确定了他就是自己要找的人。郭靖随后拜了江南七怪为师，开始认真学习武功。但他与拖雷，一个天资聪颖，一个却资质愚钝，七怪不禁大失所望。为了进一步测试郭靖学武的决心和胆量，七怪让郭靖晚上去荒山找他们。夜晚，郭靖迟迟不来，七怪在荒山上等得无聊，却偶然间遇见了准备练九阴白骨爪的黑风双煞——梅超风和陈玄风。
道长开解郭靖，他之所以十年来进益不多，不是不够用心，而是教而不明其法，学而不得其道，遂每日教他一些呼吸、打坐、走路、睡觉的法门。郭靖起初不明所以，但按道长的法子练习，日复一日，竟终有一天仿佛似开了窍，武功招式都有了很大的进步。一日练功，更是驯服了一匹桀骜不驯的小红马。其余五怪纷纷替他高兴，唯有柯镇恶从他的呼吸声中辨出，他是跟别人习了内功。郭靖这才知道原来这些呼吸、打坐、睡觉的法门都是内功，并如实交代自己其实并不知道那位师父的名字。六怪于是决定暗中跟踪郭靖，想要打探出这位高人是谁。郭靖和道长再次会面，不料遇见了来同一个地方修炼武功的梅超风，六怪乍见梅超风，误以为郭靖的内功就是她教的，倍感心痛。郭靖、道长跟踪梅超风，来到了桑昆的军营，忽然听到桑昆和札木合在完颜洪烈的唆使下，准备密谋联手拿下铁木真，忙去通知华筝。华筝禀告铁木真，铁木真却笑称这只是华筝为了不想嫁给和她从小订亲的桑昆之子都史，才编出来的谎话，令华筝跺脚着急。
为完颜洪烈效力的中原高手黄河四鬼挑战郭靖，却被打得落荒而逃，令众人对郭靖刮目相看。但桑昆人多势众，依旧将铁木真困于山坡，双方对峙。夜晚，完颜洪烈和札木合、桑昆商量偷袭铁木真，札木合念在义兄弟情义，主张劝降。但铁木真面对札木合的劝说，明确表示只有战死，没有投降。天亮后，铁木真带领部众等待战斗。桑昆的军队声势浩大，层层逼近，一支利箭飞来，射中铁木真。铁木真寡不敌众，一时间尸横遍野，惨不忍睹。命悬一线之际，远处尘土大起，似有数万人马杀奔前来。烟尘中，拖雷带着察合台、窝阔台及众援军汹涌而至。郭靖朝桑昆射箭，桑昆闪避失衡摔下马来。众兵将见主帅落马，乱作一团。完颜洪烈、札木合含恨离开。铁木真等人越战越勇，迅速杀出一条血路，扭转战局。桑昆因没能抓住铁木真而愤然捶案，更因自己的儿子在铁木真手里担心。这时一士兵却报告都史回来了，铁木真还派哲别、郭靖等人送来了华筝公主和丰厚嫁妆。桑昆怀疑有诈，但检查嫁妆后，都是真金白银，再看华筝一脸的不情愿，相信一切都是真的，慢慢放松了警惕。
郭靖劝黄蓉以后别再偷东西，黄蓉认为那个包子铺老板狗眼看人低，自己只是教训他，两人不欢而散。黄蓉暗中跟随郭靖，发现他竟代自己去给包子铺老板送钱、道歉，不禁对郭靖的质朴、善良更多了一分好感。郭靖途经一条僻静小巷，被黄河四鬼偷袭抓到了郊区驿站。黄蓉来到驿站与四鬼套近乎，悄悄在他们酒里放了蒙汗药。随后潜入郭靖被绑的地方，想要郭靖为教训他的事道歉。郭靖自认没错不愿道歉，还真心地劝黄蓉如果不愿救自己，就赶紧逃走，免得被抓。黄蓉又气又恼，但临走还是扔了一把匕首在地上。郭靖看到，心中温暖，用匕首割断绳索，逃了出去。四西域白衣女子欲偷珍贵的小红马献给少主，被江南六怪抓个正着，白衣女子不敌六怪逃走，六怪对她们的出现以及口中的少主感到疑惑。郭靖回到客栈，向江南六怪讲述了遭遇黄河四鬼的过程，并告诉六怪，从四鬼处得知大金六王爷似乎在召集武林高手去赵王府相聚。六怪怀疑六王爷对大宋图谋不轨，准备去进一步打探，便安排郭靖先去嘉兴。
王处一与郭靖在客栈聊天，猜出他就是要和完颜康比武之人，两人打算共同南下。完颜康登门拜访，主动为比武招亲之事道歉，王处一态度温和了许多，完颜康趁势邀请他和郭靖到赵王府做客。郭靖这才知赵王就是完颜康的父亲完颜洪烈。完颜康邀请众多武林高手齐聚赵王府，其中包括黄河帮的沙通天、侯海通，千手人屠彭连虎，参仙老怪梁子翁、白驼山少主欧阳克还有西域密宗灵智上人。因不满郭靖在蒙古打败了黄河四鬼，侯海通欲找郭靖理论。王处一为保护郭靖，眼看又要和众人起冲突，完颜康忙圆场。王处一得知完颜康把大家聚在一起的目的是为金人效力，立刻翻脸要走。在场的其他人也早看他和郭靖不顺眼，终于按捺不住出招，一番打斗之后，王处一中了灵智上人的毒撤离赵王府。郭靖去街市为王处一买药疗伤，但狡猾的赵王府提前将那几味药都买走了。正在苦恼的郭靖路遇小红马，被带到一条小河边，见到了换回女装的黄蓉，颇感惊讶。原来自己的“黄兄弟”竟一直是个女子。两人互吐心意，爱慕之情油然而生。
管家在屋里大喊“有贼”，差点引来金兵，着急的郭靖只好破门而入打晕了他。郭靖继续找药，不想屋里蹿出一条大蛇，将他死死缠住。管药小童醒来跌跌撞撞地奔向香雪厅报告。梁子翁闻言大惊，匆忙赶来。见有人夜闯王府，不放心的完颜洪烈带灵智上人前去查看有关寻找《武穆遗书》资料的安全。香雪亭的其余武林高手也想去协助梁子翁，黄蓉怕对郭靖不利，于是现身阻拦，将众武林高手耍得团团转。郭靖与大蛇纠缠，几欲窒息，使出最后力气，往蛇颈咬下，尽力吮吸。蛇渐渐衰弱，几下痉挛，终于死了，郭靖浑身热得像火烤一样离开药舍。梁子翁带小童随后赶到，看到大蛇的蛇血已被吸空。忍不住嚎啕大哭。原来这是他用珍贵药材喂养了二十年的大药蛇，马上就可以圆满吸血了，如今倒便宜了郭靖。完颜康赶来，见馆舍内惨状，大为惊骇，用力拍醒管家，才知是郭靖和黄蓉闯进了赵王府。郭靖赶去救杨铁心，自报了名字。杨铁心惊讶不已又询问了他的父母，不禁老泪纵横，讲出十八年前的过往。包惜弱不安完颜康将穆氏父女关在府中一事，偷偷前去放人。
杨铁心在包惜弱房外听到了她和完颜洪烈的对话，才知这十八年来惜弱一直惦念着自己，从未忘记，就连屋内摆设都保留牛家村时的样子，只是她不知道杨铁心还活着。待完颜洪烈离开后，杨铁心来到门口，请求进屋说话。包惜弱看着眼前人，觉得似曾相识，心中一紧。只见杨铁心走到墙边，轻轻抚摸墙上一柄已经生满了锈的铁枪，又拾起墙角一张破犁，说出了和十八年前一模一样的话。包惜弱一惊，终于认出了眼前人正是自己已“死去”多年的丈夫杨铁心，两人紧紧相拥。完颜康担心母亲安危，前来查看。不等包惜弱回应，便径自推门。杨铁心躲在橱柜里，听见完颜康的声音，知道这是自己的儿子，心里有些激动。完颜康听见屋内动静，明白有他人，假装展示武艺将铁枪刺向杨铁心藏身之地，杨铁心躲过铁枪，包惜弱拦下完颜康，告诉他杨铁心才是他的亲生父亲，完颜康根本不信，继续用铁枪刺向杨铁心。杨铁心受伤，穆念慈赶来，打晕了完颜康，带二人离开。完颜洪烈听说包惜弱被人掳走，立即派人追赶。
躲在林中荒屋的杨铁心、穆念慈和包惜弱遇见了丘处机、马钰，正当众人感慨万千之时，闻屋外有金兵搜捕声。丘处机、马钰故意走出与完颜康寒暄，为杨铁心三人赢得逃走的时间。只可惜三人刚逃出不久，就被欧阳克带兵逼至树林。完颜洪烈、完颜康带着一众亲兵赶到，恳求包惜弱跟他们回去，但包惜弱态度坚决。完颜康一个箭步逼向杨铁心，穆念慈持刀去挡。彭连虎一众五人亦与马钰、丘处机展开一番激斗。完颜洪烈威胁杨铁心如果他不投降，所有保护他的人都得死，杨铁心不愿连累众人，用铁枪自杀，并嘱咐丘处机让郭靖与穆念慈结为夫妻。包惜弱见杨铁心自杀，自己也不愿独活，握住杨铁心胸口的铁枪，用尽全力再刺向自己。众人来不及反应，夫妻二人已身中枪伤，回天无力。气若游丝的包惜弱，将刻有“郭靖”字样的短剑交到了穆念慈手里，又恳求儿子能否在最后一刻叫杨铁心一声爹，完颜康无法接受自己叫“杨康”的事实，没有回应。惜弱、铁心含恨闭目。见惜弱宁死也不愿跟自己走，完颜洪烈潸然泪下，拂袖而去。完颜康跪倒在地，向母亲磕了三个头，转身向丘处机拜了几拜离开。
郭靖坦言不愿娶穆念慈，六怪以为是因蒙古的婚约，岂料郭靖又说自己当华筝是妹妹，他喜欢的是黄蓉。六怪震惊，大师父柯镇恶尤其反对得厉害，不由分说将郭靖锁在了屋里，不许他再见黄蓉。郭靖迟迟不出现，黄蓉便蹑手蹑脚地寻回客栈，听闻柯镇恶坚决反对她和郭靖在一起，还将他关了起来，气愤不已。黄蓉假扮测字先生，直言柯镇恶近日定干了拆人姻缘的坏事，小心有雷劈之厄。六怪不已为然。当晚，黄蓉在客栈附近装神弄鬼，六怪骇然，真以为是上天的惩罚，便放了郭靖。黄蓉遂带着郭靖跃出墙头，骑上小红马，在夜色中扬长而去。柯镇恶识破黄蓉伎俩，更加生气。念慈遇到意志消沉的杨康，将他带回客栈休息。杨康茫然不知今后何去何从，念慈向他表明心意，愿意和杨康回牛家村耕田织布，过最幸福快乐的生活。杨康似乎又看到了未来的一丝希望，答应和念慈一起回牛家村，并承诺此生绝不负她。郭靖虽背着师父们与蓉儿成功逃走，但内心依旧感到歉疚。在蓉儿的劝说下，郭靖同意等到八月十五嘉兴比武之约再亲自向他们请罪。
穆念慈和杨康背着行囊，准备出城。杨康仰望城楼上“燕京”二字，心中百感交集。这时身后传来完颜洪烈的喊声。完颜洪烈劝说杨康留下，会一直将他当成亲生儿子，杨康动摇，但又不敢辜负穆念慈的期望，于是骗她先回牛家村，自己则要留下挽救岳飞的《武穆遗书》。穆念慈虽是犹豫担心，但对杨康的话还是深信不疑，两人暂时告别。七公从不轻易教人武功，但经不住黄蓉的软磨硬泡、甜言蜜语，以及她能做出各种美食的诱惑，将生平绝学逍遥拳和降龙十八掌分别传授给了她和郭靖。郭靖在松林里练习降龙十八掌中的“亢龙有悔”，梁子翁忽从林子里跃身而出，追着郭靖让他归还蛇血。郭靖使出刚学的“亢龙有悔”，将梁子翁打得连退数步。梁子翁扑上去再战，发现郭靖只会一招凶猛，正得意之际，黄蓉从驿站里飞身而出，使出“逍遥拳”攻击。但黄蓉的拳法还未成熟，与梁子翁相差甚远。这时传来七公的声音，黄蓉在七公的指点下，将梁子翁打得落荒而逃。黄蓉一面用美食讨好七公，一方面又装得楚楚可怜，想让洪七公继续传授她和郭靖武功。七公无奈，只好又将降龙十八掌的几招教给了郭靖。
黄蓉在树林里独自练习“满天花雨掷金针”，被欧阳克的人偷袭掳至郊外。为了躲避欧阳克的非礼，黄蓉假装愿意和欧阳克成亲，不过要等他去跟黄药师提亲之后。欧阳克识破黄蓉的拖延之计，但又碍于黄蓉身上有软猬甲，准备先带黄蓉回西域。郭靖和七公分头寻找黄蓉。七公更派丐帮弟子四处打探，却均无消息。郭靖急得团团转，七公看着他垂头丧气的样子，也是爱莫能助。郭靖呜呜大哭起来，猛地想到黄蓉这么聪明，一定会给他们留下记号的。果然在附近找到了黄蓉留下的绣花针，于是顺着线索找了下去。欧阳克将黄蓉推上马车，正欲离开，郭靖和洪七公飞身而至，一番打斗，成功救走了黄蓉。郭靖再见黄蓉，舒了口气，喜极而泣。三人返回郊外驿站，七公称这次是要真的和他们话别了。黄蓉想给七公最后再做一顿好菜，在街市偶遇穆念慈。因丘处机曾想撮合郭靖和穆念慈成婚，黄蓉对穆念慈怀有敌意，不禁想捉弄她，直到得知穆念慈说自己的心上人是杨康后，这才对她消除了误会。念慈将惜弱临终前留给她的刻有“郭靖”字样的短剑还给了蓉儿。黄蓉把穆念慈带回郊外驿站。
穆念慈在街市遇见杨康随从，心生疑惑，跟踪而去发现杨康竟住在大金钦史府。是夜，穆念慈从郊外驿站再次来钦史府打探，却在杨康房间外驻足犹豫，调皮的黄蓉跟踪念慈，误以为她不好意思进去，遂将她一把推进了屋，自己则消失于夜色之中。杨康向穆念慈解释自己现在做的一切都是为了找到《武穆遗书》，事关大宋安危，穆念慈选择了再次信任。青峰苍翠，太湖浩渺，黄蓉、郭靖泛舟湖面。兴致高处，黄蓉唱起《水龙吟》。此时不远处亦传来一阵苍凉的歌声，曲调和黄蓉唱的一模一样。黄蓉循声看去，一渔夫戴着斗笠，身穿蓑衣，在一艘乌篷船上垂钓。两人于是划桨拜见渔夫，渔夫姓陆，大方邀请二人去自己的庄上——归云庄做客。黄蓉从小受父亲熏陶教育，对字画颇有研究，深得同样喜欢字画的陆庄主之心。夜晚，郭靖、黄蓉在归云庄卧房休息，忽听阵阵海螺声，出门打探，见陆庄主的儿子陆冠英正召集太湖各寨兄弟准备劫下路过的金人使臣，而其中一个人就是曾经的段天德。只是过了十八年，他的左眼已瞎，蒙上了一块眼罩，遮住了他那标志性的青记，郭靖没有当下认出。
欧阳克让梅超风交出《九阴真经》，梅超风根本不予理会。几条青蛇吐着舌头嘶嘶地爬上梅超风的脚背。突然之间，半空中飘来一阵清亮柔和的洞箫声。一带着人皮面具的青袍怪人在庙外吹曲。听到萧声，欧阳克的蛇纷纷退去。欧阳克意识到自己根本无法抵御萧声，和四名白衣女子逃走。梅超风对空跪拜，多谢吹曲高人相救。听说梅超风即将来归云庄，陆庄主如临大敌，未免连累其他无辜人等，匆匆要将郭靖、黄蓉送走。临走赠给了黄蓉一瓶自己炼制的九花玉露丸作为礼物。沙通天报告完颜洪烈，杨康被人抓住关在归云庄，完颜洪烈请出铁掌帮帮主——铁掌水上飘裘千仞去救杨康。因裘千仞的到来，归云庄不用再害怕黑风双煞，郭靖、黄蓉于是恳求陆庄主让自己留下。江南六怪路过归云庄，前去讨水喝，误被当成黑风双煞的人，与庄内人发生冲突，幸亏郭靖、黄蓉及时赶到解围。柯镇恶见到郭靖与黄蓉同行，依旧一脸怒容。陆庄主请众人集聚一桌用餐。席间，裘千仞让陆庄主放了杨康，言语中透露出他为金人卖命。众人听了皆颇为恼怒。郭靖与裘千仞交手，哪知他名满江湖实则不堪一击，心生疑惑。
裘千仞被揭穿后面露尴尬，只好跳进湖里逃走。郭靖和黄蓉看着裘千仞狼狈离开，乐不可支。一场闹剧过后，众人总算松了口气。梅超风知江南六怪也在场，要为陈玄风报仇，郭靖使出降龙十八掌中的十五掌与之抗衡。渐渐地，梅超风已经摸清了他的路数。郭靖手背被梅超风划出三条血痕，中毒发黑。柯镇恶虽恼怒郭靖不听话，但危急时刻却帮他挡下一掌，当即连吐鲜血。郭靖强打精神，悟出梅超风失明，凭声音出招。梅超风乘势跃起，不提防尚未站稳，背上中了郭靖的无声掌，扑倒在地。朱聪箭步上前，走到梅超风身旁，施展“妙手空空”探手入怀，掏出一瓶解药和一柄裹着皮卷子的短剑，梅超风却全然不知。忽然，青袍怪人从湖面飞来带走梅超风，众人疑惑他是何人。梅超风身负重伤，对着高人隔空拜谢。怪人却对她说，待会重回归云庄，助她破郭靖的无声掌。段天德偷偷去到地牢想放了杨康，不想被陆冠英逮个正着，关了起来。柯镇恶服下朱聪偷来的解药，五怪告诉郭靖，别看大师父平时对他很严厉，实则早已将他当成了自己的儿子，郭靖更是感动。
听闻“段天德”三个字，郭靖和江南六怪大惊，随即撕开他的眼罩，终于看清杀父仇人的面目。郭靖愤怒至极，段天德求饶，说出自己当年乃是受了完颜洪烈的指使，才来捉拿郭啸天和杨铁心。原来这都是完颜洪烈为得到包惜弱布下的阴谋诡计。杨康惊愕，激怒中掌毙了段天德。得知真相的杨康悔惭愧万分，郭靖起誓要杀了完颜洪烈，杨康愿意一同前去。两人于小树林中结拜，郭靖将刻着自己名字的短剑交给了杨康作为信物。两人一路北上寻找完颜洪烈，杨康见有洪七公教郭靖武功，又有黄药师的女儿青睐于他，内心也是羡慕。中途每到一处驿站歇脚，都有人事先为两人安排上好的住宿和喜欢吃的酒菜。两人一开始以为是陆庄主的款待，但渐渐地，郭靖猜出这是黄蓉在为他打点一切，于是和杨康商量，自己先行一步寻找黄蓉，之后在宝应与他会合，杨康应允。穆念慈被欧阳克关在宝应刘氏祠堂内，宁死不从。强扭的瓜不甜，欧阳克只好先将她的穴道封住放入一口棺材中，并留了条缝给她，等待她回心转意，自己则继续四处搜寻美丽女子。
郭靖、黄蓉误以为两名丐帮弟子是采花大盗，双方大打出手，直到其中一名弟子和郭靖一同使出了“神龙摆尾”，这才发现是一场误会。两名丐帮弟子分别名叫黎生和余兆兴，原来，宝应最近出现了采花贼，有多名女子先后失踪，他们曾见欧阳克来骚扰瑶迦，担心采花贼就是那欧阳克，而瑶迦单纯善良，平日里对丐帮又多有照顾，这才赶来相助。瑶迦得知黄蓉竟是自己的小师姑后，也是惊喜万分。欧阳克武功深厚，瑶迦恐不是他的对手，黄蓉于是急思一计。是夜，黄蓉假装瑶迦在卧室休息，欧阳克的女弟子没有察觉，顺势套走了蓉儿。郭靖、黎生等人依计暗中跟踪保护。白衣女子奔进刘氏祠堂，欧阳克吩咐将麻袋吊起来，等候梅超风来救程瑶迦，然后他就能趁机抢夺《九阴真经》了。黄蓉这才明白欧阳克不只是想劫色，暗悔失算。郭靖和丐帮众人在祠堂外观察情况，心中也是暗暗焦急。
杨康瞒不下去，只好向郭靖坦言是自己放走了完颜洪烈，因其毕竟养育了自己十八年，实在不忍心下手，并把报仇的事情委托给郭靖。憨厚的郭靖原谅了杨康。穆念慈得知杨康对郭靖坦白，有些意外。两难选择且内心愧疚的杨康干脆决定要和穆念慈回牛家村过平静的生活，穆念慈心里一软，终选择原谅了杨康。杨康无意间闻黄蓉始终对他不信任，内心怨愤，与郭靖、黄蓉不辞而别，带着穆念慈上路了。拖雷、哲别找回华筝，因华筝伤势不轻，而蒙宋联盟之事迫在眉睫，于是拜托郭靖帮忙照顾。华筝昏迷一直喃喃郭靖名字，黄蓉猜出华筝喜欢郭靖，却无醋意，直到华筝醒来抱着郭靖，才知两人已有婚约，犹如晴天霹雳。伤心的蓉儿于是决定独自回桃花岛。而华筝看着郭靖对黄蓉浓浓的爱意，亦心灰意冷地离开。一个月桃花岛之约即将到期，郭靖决定先去桃花岛跟黄蓉解释清楚顺便赴约。听闻是去桃花岛，船家再三拒绝，告诉郭靖那岛阴森恐怖，有去无回。在郭靖的一再要求下，这才勉强将他送至岛上。
黄蓉伏在母亲棺上轻轻抽泣，诉说郭靖被封为“金刀驸马”一事，被身后的黄药师听在耳里，黄药师大怒，要去宰了刚上岛的郭靖，黄蓉始知郭靖来了桃花岛，拼命阻拦。黄药师吹奏“碧海潮生曲”，旋律变化莫测，犹如水妖海怪，群魔弄潮，凶险无比。郭靖双眼紧闭，维持端坐不变。周伯通看见郭靖竟可强自定身，深感意外。周伯通一边受箫声困扰，一边又好奇郭靖的定力，心思飘忽，意乱情迷。只听得箫声轻轻细细地耍了两个花腔，周伯通再也无法忍耐，一跃而起，狂呼乱叫。情急之下，郭靖不顾自身安危，伸掌拍住周伯通后颈，注入内力。周伯通身体一颤，喊声转为梦呓，重新端坐运功。箫声渐渐变轻，黄药师意外郭靖无恙，只好先将黄蓉软禁，不准她出门。周伯通想教郭靖武功，无奈郭靖一心想见黄蓉，无心学武。周伯通心生一计，对郭靖说只有学了武功成了一流高手，才有可能成为黄老邪的女婿，郭靖果然答应。周伯通教郭靖自己独创的“左右互搏”，郭靖却怎么都学不会，周伯通很是泄气。
黄药师不让黄蓉去见郭靖，黄蓉见反抗父亲无效，于是假装乖巧听话哄黄药师高兴。夜晚，穆念慈安然入睡，杨康偷偷跑去河边，见到了完颜洪烈。原来沙通天劝杨康回到完颜洪烈身边的时候还替他传了一句话，即约杨康在河边见面。完颜洪烈告诉杨康，如今已找到《武穆遗书》的重要线索，他不应该甘心永远过背朝黄土面朝天的日子，只要他成为李渊，杨康就是李世民。杨康心中再次燃起熊熊的欲望。周伯通陪郭靖练习“空明拳”，郭靖却毫无心思，一心只想着黄蓉纸条“七日后，月圆日”的下半句是什么，周伯通于是继续“威逼利诱”郭靖，告诉他武功差到时候连解释的机会都没有，憨厚的郭靖只得乖乖跟着他继续练功。杨康和穆念慈回到牛家村，杨康面对破败脏乱的屋子，心情复杂，再次欺骗念慈，说觉得对不起爹娘，希望能通过找回《武穆遗书》来弥补自己所犯之错，对杨康一往情深的念慈丝毫不知杨康的心又回到了完颜洪烈的身边。杨康知道将岳飞遗物带出宫的狱卒隗顺投靠了丐帮，利用念慈与丐帮的交情，获得了《武穆遗书》就藏在大内禁宫翠寒堂的消息。
郭靖诚恳向黄蓉解释被封为金刀驸马并非自己所愿，自己爱的人是她，要向黄药师提亲。黄蓉感动，原谅了郭靖，两人忽闻周伯通大喊救命，飞身前去。周伯通中毒严重，郭靖不顾自己性命，为周伯通吸出毒血疗伤。黄药师现身，要杀了郭靖，周伯通用《九阴真经》和黄药师做交易，换他放郭靖一马。黄药师让周伯通先交经书，周伯通却让黄药师先放人，两人僵持。哑仆禀告黄药师，欧阳叔侄登岛，黄药师疑惑，强行带走黄蓉。黄蓉在码头见到欧阳叔侄，一脸不悦。黄药师询问欧阳锋为何事前来，欧阳克令两个白衣女子提着一个宝箱上前，里面皆是各种珍奇古玩字画。黄药师不知欧阳锋葫芦里卖的什么药，委婉拒绝。郭靖救了周伯通，周伯通自觉亏欠郭靖人情，于是逼着他和自己结拜成了兄弟。欧阳锋取出一颗价值连城的“通犀地龙丸”送给黄药师，向他替自己的侄子提亲，黄药师讶异。黄药师不喜欢郭靖，有意撮合黄蓉和欧阳克，黄蓉听闻欧阳叔侄来意，坚决不同意婚事。杨康诱捕梅超风，想从她身上找到《九阴真经》，不料梅超风直言《九阴真经》已被人偷走，杨康不信，悄悄命人严刑拷打。
欧阳锋察觉周伯通偷听，与周伯通大打出手。洪七公和黄药师随后赶到。周伯通无意中使出了《九阴真经》上的一招，大吃一惊逃走。黄蓉拆穿欧阳锋想得到《九阴真经》的阴谋，不想黄药师根本不信疯疯癫癫的周伯通说的话。洪七公以郭靖师父名义，请求黄药师答应将黄蓉嫁给郭靖。黄药师思虑一番后决定出三道试题，分别考考两位候选的女婿，谁赢了就把黄蓉嫁给谁。第一题是比试武功，为公平，分别由欧阳锋对郭靖，七公对欧阳克比武。欧阳克偷袭郭靖，蓉儿看不过去，便替他出手教训，哪知欧阳锋护侄心切，单发一掌直袭黄蓉，危急中，郭靖竟不顾性命飞奔替蓉儿挡下，令黄药师对郭靖有所改观。因欧阳锋违规使用内力，郭靖胜出第一题。第二题比试音律，品题黄药师吹奏的乐曲。欧阳克在黄药师的乐声中丑态毕露，而郭靖虽不懂节拍韵律，但表现出的品性和内力却更胜一筹，令黄药师刮目相看。但郭靖的憨憨傻傻亦令黄药师不十分满意，于是判定了在音律上为欧阳克胜出。第三道题谁都没想到黄药师拿出了自己妻子冯衡临终前默写的《九阴真经》，让郭靖和欧阳克比赛背诵。
黄药师质问郭靖是不是捡到了梅超风丢失的《九阴真经》。郭靖否认。众人质疑郭靖为何能如此熟悉《九阴真经》的内容，郭靖答说自己背的是周伯通自创的《不通神经》。但顽皮的周伯通却偏偏戏弄郭靖，告诉众人他早就知道学的是《九阴真经》，令郭靖百口难辩。黄药师火冒三丈，和欧阳锋等人追着周伯通到了清音洞口，周伯通误学会了《九阴真经》，将自己双手捆绑，并在众人面前，将《九阴真经》彻底撕毁。黄药师既惊又怒，欧阳锋也心痛至极。周伯通绑着双手和黄药师过招，被打伤。黄药师知道周伯通如今的武功已不在自己之下，遂答应不再限制他的自由。欧阳锋再次询问黄蓉的婚事，被黄药师婉拒，称日后再考虑女儿婚事。欧阳锋眼看人书两空，决定离开桃花岛。黄药师曾答应，比试输的那一方可得他亲自教授一门功夫，欧阳克想学习桃花岛上的奇门五行之术，黄药师于是将桃花岛总图交给他研习。黄药师不愿再见到郭靖，将他赶出岛，周伯通、洪七公随他一同离去。郭靖不舍黄蓉，但无奈周伯通无论如何也不愿再解释清楚。
沙通天、侯通海带着一众王府亲兵在牛家村附近搜寻梅超风，寻至杨宅，却遭开门的念慈否认。两人认出她正是与杨康比武招亲的姑娘，不便用强，正要离去，却发现院子里有用于治伤的中药，于是更加笃定了猜测。念慈逃跑，遭两人夹击，不幸被抓回昼景堂。侯通海正拷问念慈，杨康赶来，将她带走。念慈担忧杨康孤身一人深入虎穴，身边又皆是心术不正且武功高强之人，随时会有危险，杨康却“坚定”地表示一定要拿到《武穆遗书》交给大宋，令念慈欣慰，杨康同时从其口中得知梅超风果真是被她所救，遂跑去向完颜洪烈请罪。沙、侯二人已先一步向完颜洪烈告状，杨康向完颜洪烈表明自己绝无二心，念慈一心爱慕自己，也不会与他为难，这才安抚了完颜洪烈。七公使激将法，向欧阳克坦言自己即使不学《九阴真经》，武功也不会差过欧阳锋，令欧阳锋彻底打消疑虑，相信郭靖默写给他的乃是一本真经。如今真经到手，就是时候除去老叫花和郭靖了。不想叔侄二人火烧大船的阴谋被半夜出来偷酒喝的七公听到，七公将计就计，带着郭靖先一步跃上小艇准备逃走。
黄蓉、七公和欧阳克流落至一座小岛，七公气息微弱，面如白纸，中毒之处更是已发黑凸起。黄蓉忙问欧阳克要解药，欧阳克却说解药都在欧阳锋身上，言语所露之轻薄，令形单影只的黄蓉只好放软语气，让他帮忙先将七公抬进了一座山洞。欧阳克发现此处乃荒岛一座，又见七公伤势不轻，以为从此可以得到黄蓉，不禁心花怒放。不料黄蓉虽武功不敌欧阳克，但凭借软猬甲护身，亦令欧阳克暂时无法靠近自己。七公安慰黄蓉，如今他虽身中蛇毒，武功尽废，但一时半会不死已是大幸，唯一遗憾的是将无法参加七月十五丐帮在岳阳城召开的指任新帮主的君山大会。而他原本也有意将帮主之位传给品性一等的郭靖，如今他也下落不明。七公哀叹丐帮即将要毁在自己之手时，忽见跟前通透聪慧的黄蓉，亦不失为一个好选择，于是将代表帮主之位的打狗棒和打狗棒法都尽数传给了她。欧阳克故意挑衅黄蓉，将她引致洞外落单，随即使出阴招点住了她的周身穴道，正欲对其无礼，七公忽然气色如常而至，展现的功力之深厚令欧阳克望风而逃。
欧阳克因地处低洼，此刻潮水已快没向耳际。欧阳克在绝望中问了欧阳锋一个埋藏心中已久的秘密，即自己到底是否是他的亲生儿子，欧阳锋痛苦承认。潮水越涨越高，已快没过欧阳克的鼻子，欧阳克挣扎无奈，六神无主的欧阳锋再次劈向巨石，依旧毫无动静，欧阳锋几欲放弃。这时，黄蓉赶到，将芦苇杆插在欧阳克的嘴里，助他呼吸，终于保住了他的性命。黄蓉要欧阳锋再等待一天，届时会有“人”来帮忙。翌日午后，黄蓉、郭靖按诺出现在巨岩附近，欧阳锋却因为没有看到所谓的“帮手”，气得咬牙切齿，正欲出手，黄蓉却不紧不慢地告诉他，可以利用涨潮的时候，借助绞盘推动巨岩。三人依法果然救出了欧阳克。不想欧阳锋却恩将仇报，霸占了山洞，赶走七公，还命令郭靖、黄蓉去找食物。黄蓉忿忿不平，七公于是想办法利用欧阳锋多疑的个性在找来的食物上做了手脚，反整蛊了欧阳锋，师徒三人乐得哈哈大笑。
郭靖、黄蓉、七公重新做好了木筏，在离岛的那一刻，却感慨万千。黄蓉看着天边一片彩霞，璀璨华艳，遂将荒岛取名为明霞岛。欧阳锋按照《九阴真经》为欧阳克疗伤，收效却甚寥。欧阳克怀疑此书盛名在外，欧阳锋却认为当年王重阳为了保护此书不惜装死破他蛤蟆功，又有老叫花子中了蛇毒恢复功力的例子摆在那里，不会有问题，直到他看到真经最后，乃是一段怪文，怀疑怪文可能另有深意，说不定对治疗欧阳克的腿伤有关键作用，于是要求完颜洪烈立即调转船头去荒岛救郭靖等人。郭靖三人在海上漂浮数日，早已吐得苦水连连，忽见有船驶来，兴奋不已。上船后才发现这是完颜洪烈的大船。郭靖欲杀了完颜洪烈继续替父报仇，却被灵智上人等一众王府高手阻拦。郭黄见到杨康质问他为何又与赵王府同流合污，杨康无言以对。灵智上人偷袭郭靖，为欧阳锋及时阻止。完颜洪烈为讨好欧阳锋，同意将三人先行关押在船舱，但对郭靖提及与杨康结拜之事却心生不满
七公、蓉儿、郭靖、周伯通四人一路行走，来到了牛家村。周伯通害怕黄蓉不再理他，答应若再见到黄药师，一定向他将桃花岛和郭靖的误会解开，黄蓉这才笑了。郭靖第一次回到梦里的故乡，内心不禁感慨万千。黄药师寻女到完颜洪烈大船，侯通海不满其傲慢，故意骗他说黄蓉已遭遇海难身亡，黄药师闻言痛到极处，万念俱灰，并迁怒于郭靖，于是修书一封至归云庄，让陆氏父子四处打听郭靖的下落。郭靖四人行至牛家村曲三酒馆，遇见一十七八岁的痴傻少女，名唤“傻姑”。周伯通玩性又起，抢了傻姑的大西瓜，不料傻姑竟使出了桃花岛的“碧波掌法”，但经黄蓉确认，只是上盘的粗浅功夫，众人不禁疑惑。黄蓉差遣周伯通去厨房拿碗，无意中发现了酒馆的密室。四人进室探寻，发现了两具骸骨，其中一具的腿骨是折断的。黄蓉从酒馆和密室的蛛丝马迹推断，这腿骨折断之人应该就是自己的师兄曲灵风，也是傻姑和程瑶迦的父亲。而另一具骸骨则是一大内侍卫，应该是追踪皇宫盗宝的曲灵风至此，两人相斗而死的。
蓉儿、郭靖见到了正欲送念慈回牛家村的杨康。为了替杨康解释误会，念慈告诉郭黄二人，其实杨康潜伏在完颜洪烈身边都是为了夺取《武穆遗书》献给大宋。郭靖立即就相信了，但当黄蓉问起藏书地点和夺书时间时，杨康却说还没有确定，穆念慈不禁心下生疑。大宋皇宫，华筝还在为郭靖的事闷闷不乐，拖雷和哲别安慰她，郭靖不是背信弃义之人，其中必定有误会。等再见到他，一定会让他把事情解释清楚，华筝这才微微有了笑颜。黄蓉做了各种美味给七公，七公却似乎都提不起兴致。原来他最想吃的是当年在皇宫尝过的一道“鸳鸯五珍脍”，不仅做法讲究，连吃法也很讲究，黄蓉于是决定陪七公进宫品尝“鸳鸯五珍脍”，顺便也可以把《武穆遗书》的情况打探一下。郭靖等四人跃入宫墙，直奔御厨房而去。七公一见山珍海味，便躲起兴奋地吃了起来。黄蓉带着郭靖出门打探《武穆遗书》的消息，老顽童无聊，也要跟着去，被黄蓉留下保护七公，但是不甘寂寞的老顽童还是趁黄蓉走后偷偷跑出去了。
郭靖内劲一泄，被欧阳锋的内力震飞，杨康趁机抢回石盒，与完颜洪烈等人撤出皇宫。郭靖不敢相信杨康已变得如此之恶，而不放心杨康偷偷跟来禁宫的穆念慈目睹一切后，更觉五雷轰顶。黄蓉将郭靖送回曲三酒馆，见郭靖伤势严重，不禁泪涕涟涟。气若游丝的郭靖反而安慰黄蓉，那一刀没刺中要害，问题不大，但是中了欧阳锋的蛤蟆功，需依《九阴真经》上的法门，两人同时运气用功七天七夜，期间绝不能分开或移动，否则会走火入魔，前功尽弃。黄蓉于是扶郭靖进入密室，并嘱咐傻姑万不能对人言二人在此的事。一切一切皆是谎言，穆念慈心灰意冷，回到牛家村杨宅，换上她与杨康初识那天的红衣，斩断青丝，投水自尽。而因惊动了大内侍卫，完颜洪烈则不得不带着众人躲避追踪，来到了地处偏僻的牛家村曲三酒馆落脚。完颜洪烈等人涌入曲三酒馆，正在密室合掌运功的黄蓉和郭靖听到声音猛地睁开眼睛，发现密室墙上有一个小孔，正好可以看到外面的一切。欧阳锋催动内功打开石盒，却发现里面空无一物，众人不禁脸色大变，郭靖和黄蓉松了口气。
侯通海正欲再次确认密室情况，黄蓉急中生智，找到密室内的一根玉萧，吹出黄药师常吹的曲子，再次吓走四人。四人刚跑出酒馆，又觉得情况可疑，于是再次返回。黄蓉预感这次怕是躲不过去了，这时傻姑反挡在密室门口不让四人进去，被梁子翁揍了一拳。哪知真的黄药师带着面具出现，侯通海等四怪误以为又是谁的把戏，嘲弄了一番，被黄药师狠狠教训了一番。得知瑶迦也是自己的徒孙，性格孤傲的黄药师将孙不二赶走，瑶迦也终与傻姑相认。黄药师见冠英瑶迦互相有意，想起黄蓉也是瑶迦这般年纪，要不是自己阻拦，可能已与郭靖成亲，于是，择日不如撞日，当即为这对璧人主持了婚礼，让他们洞房成亲。周伯通和欧阳锋跑至曲三酒馆附近，比得难解难分。黄药师看到周伯通，想继续打听郭靖的位置，于是也加入了二人的比赛。另一边，瑶迦和冠英也离开曲三酒馆，开始在别处寻找郭靖的影子。
八人打得天昏地暗，密室内的郭靖第一次见识全真七子的天罡北斗阵，不禁感叹阵法之妙，无意中对《九阴真经》中的北斗大法的领悟也加深了一层。马上就到终点曲三酒馆的周伯通，忽然想起老叫花还一个人被扔在皇宫，着急地放弃比赛逃走。梅超风不敌七子，落入下风，黄药师接过徒儿与七子套招，双方全力周旋，一时难分胜负。欧阳锋见天罡北斗阵阵法了得，恐华山二次论剑遭遇劲敌，于是趁七子正全力对抗黄药师，出手打死了谭处端，又想趁乱袭击黄药师，为梅超风所识，梅超风替黄药师挡下一掌，顿时口吐鲜血。欧阳锋见事情败露，故意放话，称自己是助黄药师破了天罡北斗阵，又替他铲除了桃花岛叛徒，令七子对黄药师又加深了一层怨恨。天罡北斗阵已破，七子愤然离去。梅超风向黄药师忏悔，并感念自己可能再也无法完成师父在归云庄交代的前两件事情了，于是自断双手经脉，废去武功，算是完成了第三件事情。黄药师在梅超风临终前同意再收她为弟子。梅超风满足地闭上双眼，气尽而亡。
随即而来的杨康见到被调戏的念慈，假装并不在意，令欧阳克更加胆大，放松了警惕。杨康趁欧阳克不备用匕首杀死了他，众人皆骇。杨康告诉欧阳克，念慈是自己未过门的妻子，而且已经怀了自己的孩子，他先后两次强加欺辱，自己定不会饶他。密室里的黄蓉闻言，却感觉杨康杀死欧阳克的目的并非如此简单。冠英带着惊魂未定的瑶迦离开，杨康本想将欧阳克的尸体掩埋，却无意中看到匕首上刻着“郭靖”的名字，因从醒来的念慈处得知郭靖并未死，于是便想出了一招“借刀杀人”的毒计，带着念慈就此离开。傻姑误以为打狗棒是杨康所失，跑着拦下了他。杨康始知傻姑目睹了一切，欲杀人灭口，被念慈以她什么都不懂为由拦下，杨康遂先拿着打狗棒与念慈匆匆离去。欧阳锋追至曲三酒馆，却见欧阳克的尸体，悲痛欲绝。欧阳锋见插在欧阳克腹上的短剑上赫然刻着“郭靖”二字，知其还活着，发誓要向郭靖报仇。杨康与念慈行至集市，路上不停有乞丐向其行礼，这才得知这莹碧如玉的竹杖乃是丐帮的法杖。
裘千仞面不改色地继续对众人吹牛自己的本事，但见郭靖一方人多势众，武功高强，便使了一计金蝉脱壳，假借肚子痛逃遁，临走前却被朱聪顺走了身上的铁掌帮令牌。拖雷询问起郭靖婚约一事，郭靖尴尬不知所措。黄药师要郭靖当着所有人的面明白地告诉华筝，自己不会娶她。一面是与黄蓉的出生入死，真挚爱情，一面是与华筝的父母之命，金口玉言，郭靖犹豫不决，心下两难，六怪感同身受，亦无法替郭靖抉择。拖雷见郭靖踟蹰沉思的样子，不禁怒从中来，抓起一支狼牙雕翎，一折为二，视为与郭靖兄弟义断。郭靖瞬间呆立，意识到“大丈夫言出如山”，信义不可负，答应一个月后帮七公办完最后一件事便与华筝一起回蒙古成亲。黄药师欲杀华筝，快刀斩乱麻，深深懂得郭靖心中只有自己的黄蓉及时阻止了他，两人决定好好度过这最后快乐的日子，一同西行前往岳州。雨后初晴，郭靖发现沾湿的《翠微亭记》上竟然显示了几个字，黄蓉推断与《武穆遗书》有关。原来《武穆遗书》并不在禁宫，禁宫里有的只是这一幅指引，却在无意中被去皇宫盗宝的曲灵风带至曲三酒馆。
杨康从郭靖身上搜到《翠微亭记》，内含《武穆遗书》的下落，大喜过望，随即通知完颜洪烈，并同步招来了欧阳锋，欲将郭黄二人献给他。完颜父子猜测《翠微亭记》一画上的信息可能与铁掌帮有关。为了给杨康助阵，完颜洪烈请来了裘千仞，在君山大会上，协助杨康说服丐帮南迁。杨康将郭靖、黄蓉作为大礼献给欧阳锋，并以此想拜欧阳锋为师。欧阳锋这一次没有拒绝，将白驼山最上乘的轻功“瞬息千里”传授与他。穆念慈则从沙通天口中得知郭靖、黄蓉被抓，焦急万分，不顾有孕在身，一路追至杨康与净衣派三位长老议事的地方，向杨康建议，留下郭黄二人性命，亲自在君山大会上除去以便立威。欧阳锋见到郭黄二人，分外眼红，一面逼迫黄蓉翻译怪文，一面欲杀郭靖除去心头之恨，千钧一发之际，杨康赶到，说服了欧阳锋先留下二人。念慈趁机通知余兆兴、黎生想方设法搭救郭靖、黄蓉。
鲁有脚悲愤交集，宁死不从，裘千仞出手教训，武功之高，令黄蓉惊讶。此时，郭靖通过夜观天象，从北斗七星联想到天罡北斗阵，悟出了《九阴真经》的内功心法，冲破了穴道和绳索，救出黄蓉。杨康命令众丐对付郭黄二人，众丐利用人多优势，布下坚壁阵，郭黄寡不敌众，被逼到悬崖边。郭靖为了让黄蓉活着，使出全身力气，将她向轩辕台掷去。杨康正在高台得意督战，黄蓉忽然出现在身边，以打狗棒法的绝招夺回法杖。黄蓉向众丐揭露杨康的真实身份乃大金六王爷完颜洪烈之子，让丐帮南迁是场阴谋，而七公已死根本就是子虚乌有。众丐一时之间不知信谁为好。黄蓉巧计以之前从“裘千仞”身上偷来的铁掌帮令牌为据，力证杨康和裘千仞勾结，杨康恼羞成怒，用暗器伤害黄蓉，被黄蓉身上的软猬甲挡下。杨康自作聪明，质问黄蓉为何要称法杖为打狗棒来贬低它，却恰恰暴露了他撒谎骗人的阴谋。为了更证明杨康说的全是谎言，黄蓉将打狗棒大方相赠，此后又几次三番用打狗棒法从杨康手中抢回，令杨康颜面全失。
黄蓉质问念慈为何投靠了完颜洪烈，念慈有苦难言，嘱咐他们明日是夺书的最佳时机，务必把握。杨康看望念慈，念慈小心藏起二人，二人始知念慈已怀了杨康骨肉。念慈间接向杨康倾诉有名无分的苦楚，杨康答应立即给念慈一个婚礼。完颜洪烈将计就计，利用在铁掌帮办喜事的档口，分散铁掌帮的注意力，趁机上山夺书，杨康内心虽不愿如此，但在完颜洪烈的劝说下，勉强答应了。裘千仞爽快地答应了完颜洪烈欲在铁掌帮办喜事的请求，还请来了凤娘为穆念慈缝制嫁衣。既然马上要成为一家人，完颜洪烈便“好心”地将包惜弱曾经戴过的珠钗送给了念慈。铁掌帮张灯结彩，人来人往。沙通天等人采办酒席，布置场地，忙得不亦乐乎。黄蓉忽然意识到热闹的婚礼当天也是他们上山找书的好时机。婚礼在即，完颜洪烈连夜召集王府高手，布置偷书任务，命梁子翁、灵智上人下山调遣兵马，彭连虎寻找撤退路线，沙通天与侯通海则负责在酒水中下蒙汗药，牵制裘千仞和其余帮众。
郭靖、蓉儿在中指锋第二指节的洞穴中竟再一次见到“裘千仞”。黄蓉终于知道有两个“裘千仞”存在的事实，他们是双生兄弟，打伤她的是真的武功高强的裘千仞，而眼前这个嬉皮笑脸只会吹牛的是裘千仞的哥哥裘千丈。一番机巧，郭靖终于在山洞中找到了《武穆遗书》，恰逢此时杨康也进洞抢夺，双方僵持不下。为了将山洞里的人逼下来，完颜洪烈不惜放火烧山，并用穆念慈威胁郭靖。念慈为了挣脱完颜洪烈的束缚，纵身跳崖。杨康不敢相信，随身跃下山洞。黄蓉伤势越来越重，山下的火势又越来越大，郭靖只好背着黄蓉往山顶跑。黄蓉提醒郭靖叫来了白雕，白雕带着两人成功飞离铁掌山。杨康在念慈坠落的溪流中发疯地寻找她的身影，然佳人已逝，除了留下劝诫他莫一错再错的绝笔书信一封和小玉鞋一只，一切已成空。黄蓉和郭靖逃入一片阴森恐怖的迷雾森林，身后铁掌帮的人依旧紧追不舍。树林中有一片黑沼泽地，沼泽中有一间奇怪的茅屋。黄蓉在一块墓碑上发现了九宫之法，帮郭靖顺利渡过了沼泽，来到茅屋门口。
黄蓉、郭靖正要拜谢瑛姑离去，黄蓉疼痛难忍，拿出九花玉露丸服用。瑛姑这才知道黄蓉还是桃花岛主的女儿，不禁哀叹自己研习术数为的就是要进入桃花岛救人，但黄药师的女儿已经如此厉害，自己再研习一百年怕也是无用。黄蓉不明就里，瑛姑嘱咐黄蓉别再服用对自己伤势有害无益的九花玉露丸。黄蓉、郭靖依照锦囊来到桃源县境内，得知自己的伤当世唯有段皇爷能救，但要见段皇爷，需先过渔樵耕读四关。两人先在一座窄桥遇到了正在垂钓的渔夫，因声音吓走了渔夫的“金娃娃”鱼，令渔夫大为恼火。渔夫猜到两人是上山求医，不愿放行。郭靖重新捉到了金娃娃鱼放在黄蓉手中，黄蓉假意捉不住，引来渔夫注意，迅速过河，并打塌了小桥，渔夫气得双脚跳却又无可奈何。两人很快遇到了樵夫，樵夫只管自己砍柴，并不理会他们。黄蓉猜测樵夫是以为渔夫同意了放行，才会对他们并不在意，又从樵夫的歌词中，推测出他可能是陪段皇爷隐世的大将军，于是用歌声赞美了樵夫，樵夫爽快地为他们指点了一条上山之路。但上山之路艰险万分，一面是万丈悬崖，一面是凌厉峭壁。
黄蓉给一灯大师服下补气健体的九花玉露丸，没想到一灯服用完却更现中毒症状，无法运功疗伤。得知瑛姑曾碰过这九花玉露丸，众人更相信这是瑛姑的一条毒计，即利用黄蓉的伤势，逼一灯大师为其疗伤，待一灯大师元气大伤，再上山取其性命。在黄蓉的追问下，一灯大师缓缓道来他与瑛姑之间的过节。原来，瑛姑曾是段皇爷宫中的贵妃，华山论剑后王重阳预感自己将不久于人世，之后再无人可以克制住西毒欧阳锋，因此带着他的师弟周伯通来大理见访，传段皇爷先天功，并在宫中住了半月。段皇爷与王重阳言谈甚是投合，日日切磋武功，不见外人。但周伯通生性天真烂漫，在宫中东游西逛，期间与瑛姑产生了感情。段皇爷知道后，虽然生气，却有意成全二人，岂料周伯通得知瑛姑的真实身份后，不愿再与她一起。此后又过了大半年，瑛姑竟为周伯通诞下一个婴儿。可怜这婴儿没出生多久，就惨遭一个黑衣人的袭击，瑛姑跪求段皇爷设法医治，段皇爷知道治愈婴儿，自己便会折损功力，华山二次论剑也再无指望夺魁，又不忍小婴儿一条活生生的性命，终于答应了瑛姑。
原来撰写《九阴真经》的高人黄裳不但读遍道藏，精通内典，还识得梵文。他担心经书落入心术不正之人手中，练成绝世武功，必将祸害苍生，故将此段怪文，也就是经书的总纲改写为梵文，以中文音译，以防万一。而一灯玄功有损，原需修习五年方能复原，但依着真经练习，不用三月，就能有五年之功。黄蓉、郭靖大喜，打算尽快找到七公，也相应传授《九阴真经》总纲。黄蓉、郭靖告别一灯，前往嘉兴寻找七公，因为八月十五醉仙楼比武之约即将来临，七公一定会先行前往嘉兴，将那边的美食都先尝个遍。自念慈死后，杨康便将自己关在房中，终日以酒度日，醉生梦死，令完颜洪烈气不打一处来。杨康思念念慈，于是命令画师给自己画了一幅念慈的画像，却在归途偶遇华筝、拖雷，听到二人正在商量与郭靖不日回蒙古成亲的消息。瑛姑神情委顿地回到自己的黑沼小屋，裘千仞提前布下天罗地网，捉住了瑛姑，并给她喂下了毒药，要她说出郭靖、黄蓉的位置。
郭靖在醉仙楼重遇归乡的江南六怪，师徒七人畅谈，回想起十八年前在醉仙楼与丘处机大战的事以及小时候常在大哥柯镇恶的带领下，在此打闹玩耍的日子，无不痛快高兴。六怪谈到他们即将赶赴桃花岛。原来他们听说全真派谭处端死于黄药师之手，全真六子近日要去桃花岛复仇，就想从中调和，看能否化解这桩恩怨。郭靖道出谭处端之死的真相，佩服师父们的侠义心肠，七人依依话别。桃花岛上，黄药师正教傻姑写字，可是傻姑却无论如何都写不好自己的姓氏“曲”字，惹得黄药师一脸不快，听闻六怪登岛，也无意接见。哑仆向黄药师报告一事，黄药师脸色突变，匆匆离岛，留傻姑招待六怪。周伯通好不容易在皇宫找到七公，两人一路游到嘉兴，周伯通每每想溜出去自己玩耍时，七公便拿黄蓉压他，将他治得服服帖帖。周伯通带七公去吃八宝鸭，忽见山间前去醉仙楼踩熟地形的沙通天等人，灵光一闪，喂他们吃下了身上的老泥丸，却骗他们说，是自制的毒药，命五人找来了轿子，让他们一路伺候自己和七公到了饭馆。
黄蓉为郭靖轻轻吟唱梁祝的唱词，原来她支走郭靖去买印花糕，就是为了向皮影艺人学唱这段唱词。郭靖哀伤不已，两人泪涕涟涟，难分难舍。但不管如何不愿，第二天总是如期到来。待郭靖骑上小红马准备奔赴临安同华筝相聚时，却忽然收到了一个随从送来的一封蒙古书信，信中拖雷称，华筝已想通了，决定与他解除婚约，并附上了与郭靖结拜的锦袋。郭靖喜不自胜，与黄蓉紧紧拥抱在一起。而另一边，焦急等待郭靖的华筝和拖雷却直到临安城门关闭也没有等来郭靖的身影，失望离去。杨康听取沙通天的报告，暗暗高兴。原来这一切都是他的计谋，因为如果留不住郭靖，夺取《武穆遗书》就成了一句空话。而蒙在鼓里的郭靖和黄蓉此刻还停留在甜蜜中，两人商量着回桃花岛，请黄药师和正在岛上作客的六怪为自己的婚事做主，却在去桃花岛的路上遇到了七公。七公得知两人又可以重新在一起，也为他们高兴，但七公行色匆匆，似乎在找人。在黄蓉的追问下，七公坦言刚在码头遇见了柯镇恶，却见他须发散乱，面目狰狞，骂骂咧咧，不知是否在桃花岛上与黄药师结下了什么梁子。
丘处机飞奔下楼，郭靖却被七公拦个正着，一把拖住。郭靖向七公讲述了桃花岛遭遇，七公始终不肯相信。六子欲为谭处端和周伯通报仇，团团围住黄药师。丘处机之徒尹志平和柯镇恶接充了谭处端的“天罡北斗阵”之位，与黄药师打得不可开交。可是黄药师早已看破“天罡北斗阵”，正想来抢要位，被郭靖捷足先登。黄药师见到郭靖，质问他黄蓉去了哪里，是否被蒙古公主气走了，郭靖不言不语，黄药师又不明其中误会，眼看双方又要成架，马钰制止了各方，想要先向黄药师问个清楚。听闻六子误会黄药师杀了谭处端和周伯通，郭靖在一番纠结矛盾之后，还是站了出来将欧阳锋、裘千丈在其中耍的各种阴谋诡计明明白白地交代了一番。七公欣慰郭靖为人，也力证老顽童还活着，六子与黄药师的仇怨就此勾销。郭靖向黄药师讨要杀死他五位恩师的说法，黄药师虽不明白其中缘由，但生性孤傲，不愿多解释，反而承认他的师父都是自己所杀。这时，黄蓉憔悴地从人群中飞奔而至，扑向黄药师，要他千万别揽在自己身上。正说着，柯镇恶突然不支倒地，原是已中了毒。郭靖只好先扶柯镇恶驱毒疗伤。
七公声称抬头望月，今天乃是八月十四，武林中人岂可不守约定，说好了是八月十五才比武，众人这才罢手，各作休息，暗中观势。天色渐亮，湖面上忽来一艘大船，渐渐靠岸，下来完颜洪烈、杨康和沙通天等人。众人惊愕，丘处机见杨康又投靠了金人，更是义愤填膺。欧阳锋这边刚提醒八月十五已到，那边蛇杖已跃到了丘处机面前；六子摆开阵法迎战；彭连虎、灵智上人、杨康等人也抢上，与郭靖正面相抗。众人开始比武混战。不一会儿，周伯通也飞来加入战局。黄蓉见柯镇恶，目不能视，身后护他的尹志平又受了伤，灵机一动，让周伯通帮忙牵制欧阳锋的力量，以护柯镇恶。欧阳锋叫来毒烟马车，闻者头晕目眩，四肢酸软，将众人逼进了醉仙楼躲避。杨康和欧阳锋见正中下怀，相视一笑。众人意识到可能是中毒了，黄蓉却提醒大家，杨康这次好像是有备而来。果然，紧接着，醉仙楼外布满了金兵的弓箭手，郭靖想到杨康可能是为了自己身上的《武穆遗书》而来，于是想将书交给在场一位德才兼备、武功又高的人来保管。
黄蓉和柯镇恶立时躲入神像背后。杨康发现地上凌乱的蒲团周围似乎有脚印，疑心顿生，慢慢走到神像背后，眼看就要发现黄蓉和柯镇恶，傻姑忽然出现，成功吸引走了众人的目光，帮黄蓉和柯镇恶惊险躲过了一劫。黄蓉疑惑傻姑为何会和杨康出现在一起，其中必有蹊跷，于是在柯镇恶手心中写下“告知我父何人杀我”几个字之后便跳了出去。黄蓉故意说其父黄药师已参透了《九阴真经》怪文，并当着欧阳锋的面背诵了几句，引来欧阳锋的兴趣，放任自己盘问傻姑。黄蓉猜测是欧阳锋和杨康杀了五怪，欧阳锋并不否认，黄蓉进一步询问真相，欧阳锋答应只要她将怪文都翻译给他听，便如她所愿。于是黄蓉就将自己观察、思考所得的猜测一一吐露，将桃花岛六怪所遇惨案的真相一点一点揭露出来。听完黄蓉的叙述，柯镇恶惊悔万分，不禁发出了轻微的叹息声。欧阳锋意识到神像背后还有人，黄蓉立即暗示柯镇恶万不可轻举妄动。欧阳锋直夸黄蓉聪明，难怪欧阳克对她情有独钟。黄蓉却话锋一转，声称欧阳克死不瞑目，杨康听完冷汗直流。
郭靖在铁枪庙附近没有找到黄蓉，却发现了杨康的尸首，唯有将其好好埋葬，丘处机亦自责自己没有教导好他，为他立了罪己碑 。杨康一心追逐名利富贵，到头来万事皆空，草草结束了自己的一生，众人皆感唏嘘。周伯通忽然出现在附近，原来他抓住了沙通天、侯通海等五人，逼问得知他们已与完颜洪烈分道扬镳了。于是周伯通在郭靖的提议下，将这五人交给了丘处机押回重阳宫面壁思过。郭靖动员丐帮，一路寻找黄蓉，可惜数月之后，依旧没有她的消息。一日在一茶棚重遇正在杀敌的拖雷、哲别等人。郭靖向拖雷解释，自己是中了金人的奸计才没有和华筝会合，拖雷得知真相后，原谅了他。郭靖思母心切，于是跟着拖雷回到了蒙古。阔别一年，铁木真的队伍又壮大了不少，势力如日中天。蒙古使者在花剌子模受辱，一些人主战，一些人主和，铁木真思虑再三，还是决定西征，见到郭靖回来，更是异常开心。郭靖探望李萍，将一年来的事都告诉了她。华筝与黄蓉，一边是承诺，一边是爱情，李萍也不知道该如何帮郭靖选择。
铁木真心爱的将领博尔术在攻城时中箭而亡，铁木真和郭靖从箭上刻着的“大金赵王”四字得知，原来完颜洪烈已投奔了花剌子模。铁木真痛心疾首，宣布无论谁鼓勇先登，破城擒贼，为博尔术报仇，此城的子女玉帛，就尽数赏他。翌日，鲁有脚带着郭靖来到了秃木峰下，郭靖登着鲁有脚事先准备的冻羊腿，终于在秃木峰顶见到了黄蓉，两人喜极相拥。原来黄蓉被欧阳锋抓住之后，曾跑到归云庄，利用庄内的奇门五行之术，成功逃了出来，北赴蒙古，又听闻了郭靖和华筝的约定，害怕自己没事，郭靖就会娶了华筝，于是一直躲着不肯相见。两人正说着话，黄蓉忽然瞥见欧阳锋躲藏的身影，于是故意和郭靖约定，明晚要继续在峰顶为他翻译怪文。第二天，黄蓉如约在峰顶为郭靖翻译怪文，两人巧施小计，借口下山，用石油烧了上山的羊腿梯，将欧阳锋困在了寒冷的峰顶，并打算冻他三天三夜再放他下来。郭靖答应黄蓉，等破了撒马尔罕城，就向大汗辞婚。
黄蓉兴奋地等待郭靖辞婚与他携手同归桃花岛，忽见郁郁寡欢的郭靖，闻他没有辞婚，又见来到军营的华筝，误以为郭靖重见华筝就不想再辞婚了，伤心跑走。郭靖慌忙追了出去，发现欧阳锋也在追索黄蓉，并陷在一片流沙区。郭靖救出欧阳锋，却得知黄蓉已经死在了其中，流沙附近的黑貂裘和金环便是最好的证据。郭靖心中大恸，泪水狂奔，不顾一切飞身冲进流沙中试图想要救出黄蓉，被欧阳锋带走。欧阳锋逼问郭靖说出怪文翻译而不得，于是改为日日与他套招，想通过这种方式学习《九阴真经》的诀窍。郭靖打不过欧阳锋，只好被他软禁，如此过了一个月。一日，郭靖趁欧阳锋不注意，将瑛姑曾经替换的九花玉露丸悄悄放在欧阳锋碗里，令其暂失内力，终于跑回了蒙古草原。回来的郭靖心灰意冷，口中不停喃喃“蓉儿”，整日买醉，就似变了一个人。忍无可忍的华筝只好将其痛骂一顿，终于令郭靖清醒，不再消沉。
郭靖正欲离开，这时，远处尘土扬起，拖雷和华筝由远及近，竟也是来为郭靖送别的。拖雷、华筝将小红马和雕儿都交给了郭靖，郭靖心中感动。华筝却难掩难过之色，慢慢托出，其实那日是自己在帐外听到了母子二人对话，怕从此失去郭靖，于是向父汗告了密，不想害得郭大娘惨死，现在已无面目再见他，二人婚礼就此取消。郭靖呆立半晌，骑着小红马踽踽独行，想起这一年之间，五位恩师、黄蓉和母亲相继辞世，自己苦练一身武功，可是到头来却保护不了他们。六位师父重情重义，却没一人能获善果，而欧阳锋与裘千仞多行不义，却依然逍遥自在，这武功，学了到底有什么用？
郭靖武功进步迅速，竟真的挡住了两位武林前辈的三百招，令黄药师和七公都为之赞不绝口。这时，欧阳锋倒立而来，只见他行走自如，已是将全身经脉都逆行了。他半疯半傻，出招阴毒古怪，誓要夺取天下第一。郭靖、七公、黄药师合三人之力，都对付不了他。欧阳锋疯狂笑称，自己已是天下第一了，就要杀了三人。黄蓉灵机一动，大叫有一名叫欧阳锋的人，他一定打不过。欧阳锋听完苦苦思索，脑子乱成一团，不停攻击自己的影子，终于将自己逼疯。众人唏嘘，武功天下第一又如何，这种虚名只会让人疯狂。一切误会解开，黄药师欲带郭靖、黄蓉回桃花岛成亲，忽然白雕送来信件，原是华筝知道郭靖精忠为国，特来通知，铁木真欲发兵南攻襄阳。郭靖、黄蓉拜别师父、爹爹，随即赶赴襄阳，助那里的将士守城。两人在路上竟再遇穆念慈，原来当年她跳崖自尽，侥幸为一婆婆所救，如今更是诞下了一子，过起清贫而简单的生活。得知杨康已死，念慈落下了两行清泪。郭靖替孩子取名为杨过，希望他从此有过必改，力行仁义。
