大宇宙を巡る銀河鉄道。その列車の運行と乗客の安全を守る治安部隊が通称SDF、空間鉄道警備隊である。精鋭シリウス小隊所属の隊員有紀学は、謹慎処分を受け、実家のラーメン屋を手伝っていた。出前から戻った学は、テレビから流れる特急列車暴走のニュースを耳にする。列車の進む先は学が住む惑星。このままでは地表に激突、地上は壊滅的大惨事に!!救援に向かう銀河鉄道最強の列車「ビッグワン」を駆るシリウス小隊は間に合うのか?為す術のない学は故郷の星を救う事が出来るのか?