Donatello hat ein U-Boot für die Turtles gebaut: Das ShellSub. Gemeinsam mit Michelangelo entdeckt er in den Gewässern vor New York eine Unterwasser-Stadt, die aus Schrott und Abfall besteht. Schnell wird klar, dass der Müllmann dahinter steckt. Donatello und Michelangelo müssen um jeden Preis verhindern, dass der Fiesling weiterhin Schiffe zum Kentern bringt.
Whilst testing out their new Shell Sub, the Turtles are forced to sink or swim when they discover their old enemy Garbageman is creating his own underwater city.