Michelangelo entdeckt ein seltsames Krokodil, das im alten Turtle-Nest ein Labor eingerichtet hat. Die Turtles finden heraus, dass Leather Head, so sein Name, ebenfalls mit dem Mutagen der Utroms in Berührung gekommen ist und nun ein Transmat baut, um den Utroms in die Heimatwelt zu folgen. Stockman, der nun in einer Exo-Rüstung der Utroms steckt, hilft ihm dabei. Es gelingt Stockman, Leather Head gegen die Turtles aufzuhetzen, doch dann rutscht ihm heraus, dass er für Shredder gearbeitet hat. Nun hat er Leather Head zum Feind.
The Turtles are about to discover that the Mutagen that transformed them, has had an effect on other creatures as well. They must now defend their territory from the rampage of the insidious alligator Leatherhead...
