In the midst of the war, nuclear warheads have been abandoned in Johnson base and could detonate at any time. The CBF sets out to disarm them.
Granbider è un soldato Muge rimasto ucciso in battaglia ma il cui cervello è stato impiantato in una gigantesca bestia meccanica che sta minacciando una città nei pressi di una base militare che custodisce testate nucleari. Risentito per la codardia mostrata dagli adulti nei confronti del mostro, il giovane John e suoi amici cercano un modo per sistemare loro stessi il nemico alieno che minaccia la terra.
Nel frattempo il generale Igor invia sul posto la Pattuglia Biodroide con l'obiettivo di disinnescare le testate nucleari. Il team scopre che ad una testata è stato rimosso il detonatore e le indagini conducono direttamente a John e compagni. Si scopre che il giovane ha realizzato un veicolo-bomba (chiamato "Triceratops") utilizzando il detonatore assieme ad una testata nucleare rubata alla base. Masato comprende lo stato d'animo del giovane, perchè gli ricorda i tempi in cui si ribellava al padre e lascia John con una frase: "Non risvegliare il tuo dinosauro!".
Combattendo con Granbider, John cerca di far detonare il Triceratops e sconfiggere il mostro ma il tentativo fallisce. Masato, a bordo del Land Liger, salva la vita di John e il misterioso Cavaliere Nero fa la sua apparizione per salvare Masato. Le scosse della battaglia attivano i missili rimanenti e la squadra si prodiga per salvare la città. Ryo deve abbandonare i compagni per affrontare con il Big Moth il temibile Granbider. Shinobu e Sara devono cercare di allontanare le testate ma è una missione quasi impossibile...
敵の攻撃に遭った農村基地は、地下に核ミサイルを装備していた。獣戦機隊が起爆装置解除に駆けつけたところに、敵の襲撃が…。