倒れた香鈴は、天体危機管理機構の人間によって運ばれていった。だが、香鈴が残した携帯電話に記されていた「助けて」というメッセージを見て不安を感じた美風、静羽、彩雲の3人は、香鈴が収容された東京の病院に行くため休暇を申請。だが沙也華は、彗星群が地球に接近している現在の情勢下では、パイロットを手放すことはできないという。 そこで彼女は、機体を飛ばすのに必要な2人のパイロットを残すため、1人にのみ休暇を出すことを許可。だがその時基地司令のロバート・レイノルズ司令が現れて休暇を2人に与えることを決め、「パイロットはもうひとりいる」と言う。そのパイロットとは、沙也華本人だった。 こうして美風と静羽は東京の病院へと向かうが、そこにいるはずの香鈴の姿はなかった。代わりに美風たちは、天体危機管理機構つくば研究所に香鈴がいるという情報を何者からか受け取る。 そのころオービタルステーションでは、隊員たちが二つの勢力に別れて対立。基地司令の宙美春たちが基地を制圧し、久保千鶴やアネット・ケイリーたちは軟禁されていた。