Alla base si stanno effettuando le riparazioni delle parti danneggiate, e si prepara una squadra che si introduca nella vecchia Build Base al fine di recuperare dei dati preziosi. Il team della base penetra nell'installazione, nelle condizioni in cui era stata lasciata 50 anni prima tranne per le tracce di un recentissimo attacco. Durante l'esplorazione, alla Build Base scatta un allarme: sono state individuate delle truppe nemiche nei pressi di Nagasaki, in particolare vicino alla base Sasebo. Le Build Angels e il Big Shooter rientrano per raggiungere Kenji sul campo di battaglia, dove il nemico è un terribile mostro marino. Il combattimento in acqua è penalizzante per Jeeg ma grazie alla riscoperta del cannone ferroviario Giga Shooter, vengono lanciati i Componenti Marini che consentono a Kenji di combattere ad armi pari. E' una battaglia disperata ma alla fine l'eroe ha la meglio.
ゾーン内の現状の把握と、設備の復旧を急ぐビルドベース。見守るしかない剣児は雷鋼馬で偵察に出かける。一方、珠城司令と司馬遷次郎はデータ収集のため、ゾーン内にあった旧ビルドベースの調査を敢行する。旧ビルドベースを訪れた珠城司令と遷次郎は、ゾーンの中が50年前と全く変わっていないことを知り…。
