Knuckles erzählt, dass diese seltsame Gestalt von Eggman wohl den Master Emerald zerstört hatte. Big erzählt, dass Froggy verschwunden ist. Sonic und Tails begeben sich wieder auf Emeraldsuche. Doch Eggman stellt sie mit seiner Chaos-Kreatur. Beim Gefecht fällt ein kleiner Vogel mit einem Amulett um den Hals Amy auf den Kopf. Sie tauft ihn Lilly. Als sie auf dem Heimweg sind, werden sie von einem der Eggmanroboter gestellt. Der vermißt nämlich seinen kleinen Vogel. Kurzerhand entführt er Roboter Amy.
After a brief discussion with Chuck,Sonic & Tails search for the Chaos Emeralds, Knuckles searches for the pieces of the Master Emerald, and Big & Chris search for Froggy. Knuckles gets an image from the past. Sonic & Tails encounters Eggman & Chaos, who goes under another transformation, while finding a Chaos Emerald. Sonic beats Chaos and Eggman escapes in his Egg Carrier. Sonic & Tails goes into the X Tornado and chases Eggman, but Eggman shoots down the X Tornado. Meanwhile, Amy runs into a small bird and they both get kidnapped by one of Eggman's robots. Can Sonic rescue Amy?
Dopo aver confrontato gli appunti sul Caos, Sonic e Tails partono in missione per recuperare uno Smeraldo del Caos. Knuckles ha visioni di un'echidna di 4.000 anni prima.
Sonic y los demás analizan la situación en casa de Chris, donde Big cuenta su parte de la historia y Knuckles cuenta que estaba en Angel Island cuando Chaos destruyó la esmeralda madre causando que la isla cayera al mar y se uniera con la selva.
