神村賢作（大泉洋）は、歴史を覆す大発見をした勤勉な考古学者。神村のこの功績は、教科書編集者・佐久間里奈（松雪泰子）の尽力により、調査段階にもかかわらず歴史教科書にも掲載が決まる。里奈は、熱っぽく古代のロマンを語る真面目な神村の人柄に惹かれる。 そんな中、神村が新たに着手した発掘現場から、行方不明となっていた女学生の人骨が見つかり、当時事件を追っていた刑事・行永太一（田辺誠一）は捜査を再開する。
神村（大泉洋）の説に異を唱える学者・国松（きたろう）より、彼の発掘は捏造だとの話が持ち込まれ、動揺する里奈（松雪泰子）。発掘の事実を掲載した教科書は好評を博し、出版社には大量の発注が既に来ていた。とても捏造の疑惑を口に出せない里奈は一人葛藤する。一方、神村は殺害された女学生の身元を割り出すことにも貢献するなど、ますます周囲からの人望を厚くしていた。だが、事件の犯人特定には至らず…。
国松（きたろう）が殺され、対立していた神村（大泉洋）が殺したのではないかと勘ぐる行永（田辺誠一）。事情聴取をされる中、神村は逆に犯人特定の手がかりとなる推察をする。そのころ、神村の助手・馬場（田中圭）も、3年前のある出来事を思い出し、神村の捏造への疑いを深めていた。恩師である桧山（津嘉山正種）に胸中を打ち明けると、プレッシャーをかけた自分のせいだと桧山は自責する。
ついに神村（大泉洋）に真相を問いただした里奈（松雪泰子）。神村は、考古学発展のためには、必要な捏造だったと主張する。おかげで町も隆盛し、皆笑顔で幸せに暮らしてもいると。神村の思いを聞き、里奈は捏造の事実を告発すべきか悩む。そんな折、神村は捏造を施した塩名遺跡で再び発掘を進めていると、なんと本物の遺物を発見する。今度こそ日本の歴史の定説を覆す大発見をしたかに思えたが……。
