最後の人間として伝説の地センターをめざすヤクモ。カマキリ人に襲われた彼女を救ったのは赤い仮面の戦士だった！
狩猟バチ人の女王と戦うマシュラは怒りのパワーでハイパーマシュラに大変身！だが、倒した女王のカードをカトラスに奪われた！
旅の仲間にサーゴとクータルが加わった。ヤクモはクモ人が支配する街にたどりつくがきびしい旅のつかれから倒れてしまう…。
ハイパーマシュラの冷酷さに怒ったヤクモはマシュラと別行動をとることに…ホタル人の村で大歓迎をうけるヤクモたちだが…。
マシュラの前に突然現れた少女キリ。昆虫人に襲われる彼女はヤクモに仲間の人間を助けてくれと頼むが…。
マトリクサー・ギターイはヤクモに化けてマシュラを襲う！二人のヤクモ、はたしてどっちが本物なのか…。
昆虫王を倒し、封印を解いたマシュラたちは、爬虫族の支配する大陸にたどり着く！
人質にとられたヤクモを助け出せ！廃墟になった学校を舞台に蛇眼戦士ベイゲルとハイパーマシュラが激闘！
石化したヤクモを酸の沼から助け出せ！だが、ハイパークータル、ハイパーサーゴはギャザに倒された！！
自らをカードにかえ、マシュラにたくしたクータル、サーゴ。そしてついに伝説のマシュランボーが誕生した！！
ギャザもハイパーフォームしてハイパーギャザとなりマシュランボーと相対す。果たしてどちらが勝者に？！
さすらいの仙人ダバにすっかりだまされたマシュラはあやしげな修行を熱心に続ける…。
爬虫王リョウマは3人がマシュランボーに合体する瞬間にブラックカードを放った！それは悪夢への第一歩だった…。
怒りを暴走させ、世界を滅ぼす力を得たマシュランボーをとめられるのはたった一人の人間、ヤクモ以外にいない！！
ロボットの王国メカノシティに辿り着いた一行は、警察に追われている少年ロボット・ボルトたちと出会った。
国王ニッパーは鳥族マトリクサーに支配されエッグカードをつくっていた…そんなニッパーが人間の秘密を知っているというが…。
鳥族の戦士デスクロウはエッグカードの力でつぎつぎと変身しながらマシュラに襲いかかる！
センターへの道はマトリクサーの７大将軍のカードがふさいでいる！国王ニッパーはヤクモに告げて命を終えた…。
マシュラたちはメカノシティを滅ぼした鳥獣王ルシフェーヌを追いつめるが謎の技で過去にとばされてしまう！
300年前の過去の世界で起きた出来事をのりこえて、マシュラとヤクモの絆は再び結ばれた。だが…！？
二人のマシュランボーの闘いは大地をひきさき、世界を破壊する!!心の力を武器に奇跡を起こせ！
最後の戦いから数年…謎の少女ビンカが、再び少年マシュラを新たなる旅に誘う…。
マシュラたちをヤクモのもとにつれていく使命をうけたビンカ。だが、宇宙からの侵略者、カードリアンの魔の手が…。
カードリアンの王、ラナンキュラスの復活を待つアイリスたちは、マシュラ抹殺のためドリームセンターに罠をしかける。
金属に変化するカードリアンアイリスはマシュラたちをひとりずつ倒し、ついにビンカにも魔の手が…。
もうすぐヤクモに会える！喜ぶビンカたちだが、あと一歩のところでカードリアンの魔法陣にとりこまれた。
やっとめぐり会えたヤクモだが、その命は燃え尽きようとしていた･･･。そして暗黒王ラナンキュラスが復活を遂げる！！
「みんなに会えて本当によかった…」そう言い残してヤクモは亡くなった。その“気”を感じとったマシュラたちは…。
必殺の剣、ゴーバクブレードでラナンキュラスを追いつめるマシュラ。ついに勝負はついたかにみえたが…。
ヤクモのカプセルを吸収しパワーアップしたラナンキュラス対覚醒した宇宙の戦士ゴッドマシュラの闘いが始まる！！
ヤクモから本当の優しさと強さを教えられたビンカが「希望」を武器にラナンキュラスの前にたちふさがった！
ラナンキュラス敗れる！…だがそれは地球の消滅も意味していた。刻々と近づく太陽のかけらにマシュラは向かった！
マトリクサーが支配する地球で目覚めた人間の少女ヤクモの苦難の旅がはじまる!六大将軍の力を取り込み、悪魔と化したサタンマシュランボーとの死闘までを描く第1部!人類とマトリクサーの最終戦争が勃発。 さらに宇宙から巨大隕石が衝突する。最終的には人類が滅びるが、神童博士は娘の ヤクモをハクバー内に300年後に目覚める様、コールドスリープ(冷凍睡眠)させ、望みを託す。マトリクサーのみの世界で荒れ果てている。目覚めたヤクモは人類唯一の生き残りとなる。 マトリクサーにとって人間は300年前に滅亡したはずの伝説の悪魔として言い伝えられているため、ヤクモは普通のマトリクサーからも迫害される。
歴史が塗り替えられ、人類とマトリクサーが共存する地球を舞台にカードリアンとの戦いの火蓋は切られた! 最強のラナンキュラスを倒せるか!?感動のエンディングを迎える第2部!ラナンキュラスとカードリアンは宇宙の戦士たちによって隕石に封印され、地球に衝突した。その衝撃で強大なエネルギーが「幼いヤクモ」と「マシュランボー」に融合する。カードリアン達はラナンキュラスを復活させる為、地球に侵略し、復活を妨げる「ヤクモ」を抹殺しようとしている。ヤクモは祈りの力によってラナンキュラスの復活を阻止しているが、かなり消耗してしまう。ヤクモの生命力が絶える時、ラナンキュラスは完全復活する。
