歴史が塗り替えられ、人類とマトリクサーが共存する地球を舞台にカードリアンとの戦いの火蓋は切られた! 最強のラナンキュラスを倒せるか!?感動のエンディングを迎える第2部!ラナンキュラスとカードリアンは宇宙の戦士たちによって隕石に封印され、地球に衝突した。その衝撃で強大なエネルギーが「幼いヤクモ」と「マシュランボー」に融合する。カードリアン達はラナンキュラスを復活させる為、地球に侵略し、復活を妨げる「ヤクモ」を抹殺しようとしている。ヤクモは祈りの力によってラナンキュラスの復活を阻止しているが、かなり消耗してしまう。ヤクモの生命力が絶える時、ラナンキュラスは完全復活する。