Som ungdomspræst forbrød Roald Bergmann sig mod en af Pinsekirkens grundlæggende regler. Han endte som udstødt, og søger nu tilbage til sin barndomsø for at forstå, hvordan han kunne blive så radikal og skabe en fanatisk ungdomssekt. Men Roalds skæbne har på forunderlig vis allerede udspillet sig en gang før i hans familie. Sektlederens hemmeligheder er en historie om ensomhed og fælleskabets store styrke og om religionens fantastiske kræfter. Over tre afsnit følger Roald Bergmann fodsporet gennem sin families hemmeligheder og opdager hvordan, de er tæt forbundne til hans egen ungdom. Hvad er sandheden om den tro, der har givet så meget håb og kostet så meget ulykke?