암행어사 박철규의 갑작스러운 실종에 조정에서는 새로운 어사를 찾기 시작한다. 한편, 홍문관 서고에서 투전을 벌이다 발각되어 의금부에 갇히게 된 이겸. 태승은 그런 이겸에게 암행어사가 되어 죗값을 치르라 명하는데...
악연으로 만났던 이겸과 다인은 어사와 어사단으로 재회하게 되고.. 이겸, 다인, 춘삼 세 사람은 함께 암행 길에 오른다. 우여곡절 끝에 황해도에 도착하고, 어사 실종에 대해 아는 유일한 증인 기생 사월을 만나지만, 괴한의 공격을 받게 되는데..
한밤중에 습격을 받은 사월은 그 충격으로 이른 출산을 하고, 이겸과 다인은 사월의 아이를 받게 된다. 어사 실종은 미궁으로 빠지게 되고, 이겸과 다인은 조사를 이어 가던 중 현감의 아들 강종길에게 붙잡혀 인간 사냥감이 되는 위기에 처하는데...
박철규 실종 사건의 진상을 모두 알게 된 어사단은 인충과 종길에게 속수무책으로 당하고 결국 옥에 갇혀버리고 만다. 한편, 이겸은 죄수들이 갇혀 있어야 할 옥이 텅텅 비어있자 이상하게 여기고, 사병들은 이겸과 춘삼을 어디론가 끌고 가는데...
위기 속에서 가까스로 살아나는 어사단. 인충과 종길의 모든 악행을 밝히는 데 성공하지만, 그들의 배후는 알아내지 못한다. 한편, 이복동생 이범이 도적이 된 것을 알게 된 이겸은 다시 암행어사 직분을 받고, 다인은 또한 다른 목적으로 암행길에 동행하겠다고 결심하는데..
또 다시 암행을 떠나게 된 세 사람. 이겸은 태승에게 받은 부임무가 다인과 관련이 있다는 것을 알고 그녀의 정체에 대해 의문을 품는다. 한편, 어사단이 찾아간 고을에서는 일가족 살인사건이 일어나고, 그 살인사건의 용의자로 비적단이 지목되어 수배되는데...
투전방에서 고을의 수령 장근에게 붙잡힐 위기에 처한 어사단, 그런 그들을 비적단이 나타나 구해준다. 비적단의 수괴가 된 이범을 마주한 이겸은 혼란스럽기만 하다. 한편, 어사단은 고을에서 일어난 일가족 살인사건에 장근이 얽혀있다는 것을 알게 되는데...
이겸은 기지를 발휘해 일가족 살인사건의 진범을 밝혀내고, 어사단은 다시 길을 떠난다. 우연히 들른 약초꾼 귀선의 집에서 하룻밤 신세를 지기로 한다. 다음 날, 귀선의 부탁으로 찾아간 집에서 싸늘해진 여인의 시신을 발견하는데..
어사단은 고을에서 일어난 여인들의 연쇄적인 사건을 탐문하기 시작한다. 한편, 고을의 부잣집 선비 대광이 죽은 귀선과 알고 지내던 사이라는 것을 알게 되고, 뒤를 쫓던 춘삼은 비밀연회에 대한 정보를 얻는다. 하지만 그때, 누군가로부터 습격을 받은 춘삼이 어디론가 끌려가는데...
이겸은 대광이 귀선의 집에서 찾고 있던 것이 앵속이라는 것을 알게 된다. 기방에서 열리는 비밀연회에 잠입하기로 한 어사단은 그곳에서 양반들에게 끌려온 순애를 보고 놀란다. 한편, 다인은 인질로 잡힌 이겸을 구하기 위해 망설임 없이 활시위를 당기는데...
어사단은 관찰사 김명세를 탐문하기 위해 전라감영으로 들어간다. 이겸은 관찰사와 아전들의 횡포와 악행에 분개하고, 책비로 위장했던 다인이 나졸들에게 끌려가자 서둘러 어사출두를 한다. 그러나 한양에서 어명을 전하러 온 만희가 이겸과 다인을 역적으로 몰아세우는데...
춘삼과 도관의 도움으로 이겸은 만희의 계략에서 가까스로 목숨을 건지고, 감영으로 돌아가 참형에 처해질 뻔 한 다인을 구한다. 한편, 명세는 휘영군이 남긴 증좌를 자신만이 아는 유일한 곳에 숨긴다. 이겸은 뒤늦게 증좌의 행방을 쫓지만, 결국 증좌는 이범과 전계수의 손에 들어가고 마는데...
이겸은 휘영군이 남긴 증좌를 다인에게 전해주고, 다인은 아버지가 역적이 아니라는 사실에 눈물을 흘린다. 이겸과 어사단은 증인인 서용과 함께 한양으로 올라간다. 한편, 태승은 참형에 처할 위기에 놓이고, 그때 ‘암행어사 출두요’ 소리와 함께 추국장 안으로 이겸이 들어오는데...
서로의 마음을 확인한 이겸과 다인은 지난 암행 때를 추억하며 평온한 한 때를 보낸다. 한편, 전주에 새로 부임한 관찰사 변학수를 마주하게 된 이범과 순애는 다시 쫓기는 신세가 되고... 그 무렵, 한양에 상반된 내용의 두 상소가 올라오는데, 이겸은 상소의 진위를 따지기 위해 다시 암행 길에 오르게 되는데...
결국 전계수의 관찰사 암살 계획은 실패로 돌아간다. 분노한 이범과 일행은 봉기를 암시하는 격문을 돌리기 시작하고.. 한편, 어사단은 변학수가 사람을 잡아간 이유가 단순히 도적을 잡기 위해서가 아닌 다른 특별한 이유가 있음을 알게 되고, 사람들을 구하기 위해 잠입을 시도하는데..
변학수로부터 이범, 순애의 과거 진실을 듣게 된 이겸은 충격에 휩싸인다. 한편, 격문을 본 사람들은 이범의 일행에 합류해 대거 감영 습격을 준비한다. 다인, 도관은 이겸, 춘삼을 만나 함께 노비장에 끌려간 사람들을 구하는 데 성공하고 마침내 어사출두를 위해 감영으로 향하는데..
