Während Juubei und Muneakira aus ihrer Gefangenschaft befreit werden, bereitet Gisen ihren Angriff auf das Shogunat vor. Muneakira schlägt Yoshihiko vor, die Waffen niederzulegen und fortan gemeinsam gegen Amakusa zu kämpfen. Doch Yoshihiko will davon nichts wissen. Sein Stolz verbietet ihm, jedwede Hilfe anzunehmen. Juubei sieht sich durch diesen Affront genötigt, Yoshihiko anzugreifen und Muneakira muss versuchen, sie aufzuhalten. Erst dadurch schafft er es, zum wahren General aufzusteigen. Doch plötzlich beginnt Gisen mit ihrem Angriff...
While the larger picture becomes clearer, Yoshihiko and and his army of genetic freaks go from looming shadow to possible savior of Japan. Meanwhile, Muneakira finds a new power within himself, and along with his trusted Samurai, they steel themselves for the fight ahead.
La relation entre Yoshihiko et Nia devient plus claire. Mais Gisen fait revenir Amakusa à la vie et plonge le laboratoire souterrain dans le chaos. Muneakira parvient à briser ses chaînes et se prépare pour le combat final, alors que Yoshihiko libère son armée de Master Samurai artificiels...
千姫と幸村の心からの声が、宗朗にかかる義仙の精神呪縛を解き放った。目覚めた宗朗は徳川慶彦に、天草に対抗するため、自分たちが協力すべきだと訴える。しかし提案を一蹴する慶彦。かねてより進めていたマスターサムライを人工的に作る計画“イザナミ計画”が成功した慶彦は、宗朗たちを不要と排除しようとするのであった。宗朗を守るため、慶彦の前に立ちはだかる十兵衛。そしてダルタニアンもまた慶彦を守るため剣をとる。激しい戦いを繰り広げる二人のマスターサムライ。だが、そのとき、義仙の天草復活の宣言とともに、学園塾は霊的エネルギーによって包み込まれようとしていた…。
Yoshihiko intenta escapar del laboratorio, excepto está retrasado por Jubei. Charles interfiere para proteger Yoshihiko se muestra y retrocesos a la relación anterior entre Yoshihiko y Charles. Charles se enamoró de Yoshihiko embargo, Yoshihiko utilizar esto para hacer su prototipo del Proyecto Inzanami.
센과 유키무라의 도움으로 의식을 되찾은 무네아키라와 쥬베, 무네아키라는 요시히코에게 함께 협력하여 기센을 물리치자고 제안하지만 요시히코는 이미 쥬베로부터 유전자를 추출하여 마스터 사무라이 양산 계획이 완성되었다며 니아에게 모두 없앨 것을 명령하는데…
