西暦1600年の関が原。天下分け目の合戦の最中、人目につかない一角で剣豪同士の死闘が繰り広げられていた。壬生京四郎と鬼眼の狂による息もつかせぬ激闘のなか、京四郎の刀が折れ、狂が刀を振り上げる。
まるで別人のように変貌した京四郎に、関が原の戦いの恨みを晴らすため、爾門が手に入れた剣妖の力を使って襲いかかる。鋼鉄化した尻尾に遮られて爾門の間合いに入れないまま、狂の刀がぼろぼろになっていく。
ゆやと京四郎は道に迷い、莫大な軍用金が隠されているという噂がある落人の村にたどりつく。何か悪いことが起きる気がすることを感じたゆやは、早くこの村を出ようと京四郎に告げるが、すでに危機は迫っていた。
三彩衆の1人、白鴉との戦いを終えても京四郎は戻ってこなかった。狂が完全に目覚め、今までとは逆に京四郎が深い眠りについていた。自分がこの体の支配者になったという狂に、ゆやは京四郎を返すよう迫る。
クモ使いの真尋は、狂を姉の敵として狙っていた。しかし、ゆやを切ったと見せて実は助けていた狂の姿を見て、真尋は初めて狂と出会った時のことを思い出す。それは、狂が名刀匠・村正を訪ねた時のことだった。
家康の御前試合に出場するため、狂たちは江戸に向かうことになった。その道中、役人たちと少年がもめている現場に遭遇する。その時、狂の村正が何かに共鳴するように鳴り始め、少年のそばで大爆発が起こる。
御前試合が始まり、狂たち3人は第1次予選を勝ち残った。3人のほかにも、勝ち残ったメンバーには謎の獣仮面・東郷重位ら強豪揃い。その中には、江戸への道すがらで出会ったミゲイラの姿もあった。
信之と幸村の兄弟による戦いが始まった。秀忠の天下のために戦う信之と、真田家再興のために戦う幸村。幸村の「生き残るためだけの剣」では勝てないという信之の言葉どおり、幸村に一撃が振り下ろされる。
江戸城の地下が水没し始めていた。その混乱の後、狂と幸村は命のやり取りを楽しむかのように戦い始める。そんな2人の戦いに、ミゲイラが割って入り、真之村正を持つ3人で力を合わせようと語る。
「狂の躯」を求めて、狂たちは樹海への道を急いでいた。そんななか、ゆやはアキラが言った背中に十字傷のある男を知っているということと、そのことを狂も知っているという言葉が気にかかっていた。
神影流の奥義は徳川を超越した力を発動させるといわれていた。そのことを知った紅虎は、奥義を得るために徳川とは袂を分かった神影流の門を叩いた。しかし、紅虎が奥義を得る前に師匠が殺されてしまう。
樹海への道を急ぐ狂一行の前に、猿飛サスケという少年が現れる。真田十勇士最強の忍びといわれていたサスケも、狂と同じく村正を持っていた。そして、サスケはどちらが本当の天狼か確かめようと狂を挑発する。
十二神将の1人であるマコラ相手に防戦一方のサスケ。一方、サスケを残して樹海の入口へ向かう狂とゆやの前に、十二神将のビカラが立ちはだかる。狂とビカラが互角の戦いを見せているなか、アンテラも戦いに加わる。
ゆやが狂たちの目の前で、十二神将のアジラたちに人質として連れ去られた。ゆやを助けにいこうとしない一行にしびれを切らし、紅虎は1人でゆやを追う。だが、狂をはじめとしたそれぞれには追えない理由があった。
狂と「あのお方」こと第六天魔王・織田上総介信長の戦いが始まった。しかし、信長の強さの前にただただ狂は圧倒される。一方、マコラが狂の躯を見つけ、アキラ、シンダラ、そして十二神将たちは躯のもとへ急ぐ。
最後の力を振り絞った裏八寸で、紅虎は信長を馬上から引きずり下ろす。力尽きた紅虎を信長から逃がしたのは、十二神将の1人・因陀羅であった出雲阿国だった。周囲の想いを受け、狂は信長のもとへ決着をつけにいく。
狂と信長の戦いが終わった。一方、アキラたち十二神将とさらわれたゆやが、隠された鬼眼の狂の躯を見つけていた。しかし、見つけたと同時にアキラは十二神将たちを裏切り、ゆやたちが凍らされてしまう。
信長との戦いを追えた京四郎の前にアキラが現れた。鬼眼の狂の躯は自分の手の内にあり、しかもゆやを殺したと告げる。そのアキラの言葉を聞いた京四郎に異変が発生し、再び狂が覚醒してしまう。
朔夜が壬生一族に連れ去られた後、村正は今の狂では壬生一族には勝てないと断言する。その村正と狂の前に、壬生一族からの刺客が送られる。刺客・辰伶が村正を抹殺すると告げ、狂と辰伶の戦いが始まる。
村正が真の無明神風流・みずちを辰伶に放つ。そんななか、京の都で阿国と再会したミゲイラは、アキラが隠した狂の躯のもとへと案内される。そこには炎を自在に操る壬生一族のほたるが待ち受けていた。
幸村は阿国に、壬生へ連れていってほしいと話す。一方、狂は真の無明神風流修得のため、激しい修行を続けていた。そんななか、村正が静かに息を引き取る。そして、狂一行は壬生の城へと向かう。
紅虎たちの前に立ちはだかるのは、壬生一族の歳子と歳世。切っても元の体に戻ってしまう歳世に苦戦するなか、狂の誕生に関わる驚がくの事実が語られる。一方、阿国と幸村は壬生の城へと入っていく。
狂と戦うほたるは、壬生京四郎が持っていた腑抜けた心を捨て去って、最強を超える存在になった狂がうらやましいと話す。狂と京四郎の隠された秘密についてほたるが語り始める。そして、紅の王について語られる。
狂は村正から伝授された無明神風流・朱雀をほたるに放つ。そんななか、狂一行の前に幸村が現れる。幸村は最後の真之村正「天狗光」を携えて狂の前に立ちはだかる。そして、壬生一族につくと話す。
戦いの魔界を作り上げるため、信長が蘇った。狂たちは信長の復活に立ち向かう。幸村たちが攻撃を仕掛けるが、信長の強さの前に歯が立たない。そして、ついに狂と信長の戦いが始まるが、苦戦の中で京四郎が現れる。
狂と京四郎が一つになった。そして、真の村正も一つになり、もう一つの時間を引き寄せる。彼らが飲み込まれた場所で、狂と信長の最終決戦が始まる。いよいよ長きにわたる2人の戦いが決着を迎える。
