ユニオン号を下関に運んだ龍馬（福山雅治）たちだったが、船の運航は亀山社中が行い、社中や薩摩藩が自由に使えるという約束を近藤長次郎（大泉洋）と井上聞多（加藤虎ノ介）がしていたことが問題になる。龍馬は薩長を結びつけることを優先しようと、船の管理は長州がすることで話をまとめる。長次郎は社中の生活費用を現実にやりくりしてきたので、社中が動かせる船を持ちたいと思ってしたことだった。失意の長次郎は長崎に戻るが、社中のメンバーに私欲に走ったと責められる。 長次郎はグラバー（ティム）からイギリスへの密航、留学を勧められ、社中での居場所がないと思った長次郎は密航を決心。しかしその晩、海が荒れ船は出港できなかった。密航の情報が奉行所に入り、社中に調べが入る。 龍馬は再び薩摩と向かい合う気になった桂（谷原章介）とともに西郷の待つ京へ向かおうとする。そんな龍馬に高杉晋作（伊勢谷友介）はピストルを贈る。長次郎が密航を企て奉行所に追われているという手紙を受け取った龍馬は桂を先に京へ向かわせ、長崎へ。しかし追い詰められた長次郎は・・・。