泉田は涼子に連れられて銀座に向かった。そんな2人の目の前で、瞬時に人間がミイラ化するという事件が発生。そして現場で不審な動きを見せた人影を追跡する。だが銀座プライムタウン内で見失ってしまい…。
ミイラ化事件の原因は、毒物の混入された輸入食材によることが判明。さらに曽我がその検疫を行った「検研」の会長であること、月読会の幹部であることも分かった。そんな矢先に司法解剖を担当した研究所が燃え…。
警視庁では記者会見が行われ、JACESのヘリが現場で目撃されたことが質問されていた。それをきっかけにして、涼子の傍若無人振りを知った毎朝新聞の記者が、その存在を知らしめようと奮闘するが…。
涼子は、国会議員でありDK製薬会長の桂川平蔵にアポなしの面会を申し込み、一度は断られたが「54121」と呟くと許可される。その数字は、DK製薬が進めてきた違法の細胞実験のプロジェクトナンバーだった。
表参道で涼子と泉田は小学6年生の従妹である真奈の相談に乗っていた。すると、不意に涼子の耳が銃声を捉え、2人は現場の青山ブロードウェイへと駆け付けた。だが、そこには多数の遺体が転がっていて…。
泉田は休暇中の涼子に同行して、沖縄県のZ島に上陸。彼女が向かったのは、日本施設警察の会長である田戸村の別荘だった。田戸村はマングローブ樹林に別荘を建てたことから、自然活動家に抗議を受けているという。
「自殺団地」に関するメールが、刑事部参事官付室に寄せられた。そこには音波虫なるものが事件を引き起こしているとある。そこで、自殺団地から飛び降りた緑川の勤務先の多摩音響研究所で事件の情報収集を行うと…。
涼子が海外へ向かった。同僚たちは涼子の不在を喜んでいるが、泉田は単独で行動した涼子に対して違和感を覚える。そんな中、泉田は室町由紀子から、警視庁芝庁舎を牛耳る「芝の女王」を捜査している話を聞く。
泉田は帰国した涼子に有無を言わさず連れられ、DK製薬豊洲支部に突入する。一企業が敷くには異常に厳重な警備体制をくぐり抜けた涼子たちは、施設の中枢で涼子に激似な少女を発見。その少女を施設から連れ去り…。
もなみが泉田の目の前で、NPPの工作員に連れ去られてしまう。ところが、そんなもなみが泉田の元に全身ずぶ濡れで駆け込んできた。その上、彼女の身体は短期間のうちに明らかな成長を見せていた。
涼子と泉田はもなみを追って廃工場に踏み込んだ。そこで生亡者と名付けられた動く腐乱死体を見て、それが石動瑠璃子の研究で生み出された失敗作であることを知る。そして唯一の成功例がもなみだったのだ。
涼子と、瑠璃子率いるNPPとの戦闘は激化。頼もしいメイドたちも加わり、泉田は瑠璃子の拠点・芝庁舎を目指す。だが、涼子たちは瑠璃子による毒電波で操られた自衛隊に取り囲まれる。涼子はある奇策を繰り出し…。
