村井 (小関裕太) が三女の制服を着て登校していることが、東高の理事長でもある 父親 (津田寛治) にバレてしまい、合併も青春祭も中止だと告げられてしまう。 村井は 「体は男だけど、心は女」 という性的な違和感に悩む性同一性障害だったのだ。 今まで一緒に学生生活を送ってきたクラスメイトたちはまったく動じることなく、そのままの村井を受け入れているが、父親はどうしてもその事実を受け入れられない。理事長の一言で合併も青春祭も中止になるのかと、生徒たちは納得できないでいた。平助 (錦戸亮) は、なんとか青春祭の開催だけでも認めてもらおうと、理事長の家に通いつめるが会ってももらえない。 いよいよタイムリミットが近づき、最後のお願いでりさ りさ (満島ひかり) とともに理事長の家に出かけた平助たちの目に飛び込んできたのは意外な光景だった。 そんな中、地元を離れ、村井に心おきなく女子になってもらいたいと考えた 神保 (川栄李奈)・阿部 (森川葵)・ビル (トリンドル玲奈) は、完璧に女子の村井と共に 中井 (黒島結菜) に会うため東京に来ていた。久しぶりに再会した神保たちは、合併や中井が一生懸命準備した青春祭が中止になってしまいそうなことを伝える。しかし、久々に会った中井は今までとはどこか違う様子だった。 一方、自分にキレた平助を忘れられないりさは平助への思いに確信し、ついに思い切った行動に！ 村井の父を説得すべく、走り回っている平助の耳に、ラジオ 『ごめんね青春！』 から 「高校時代の友人に謝りたい」 という “ゆうこ” という女性の声が聞こえてきて… !?