Homura steht Walpurgisnacht im Kampf gegenüber. Trotz ihrer guten Angriffs-Taktik merkt Homura schnell, dass sie nicht gewinnen kann. Kann Madoka sie retten?
Kyubey appears in front of Madoka, who is consumed by grief. Not understanding her emotions, he tells the history of the human race and of his kind.
Kyubey révèle à Homura que plus elle remonte le temps, plus Madoka est puissante, donc plus l'est la sorcière qu'elle engendre. Homura se promet de ne pas avoir à remonter le temps cette fois. Elle affronte Walpurgis Night mais perd le combat. Elle n'a plus d'énergie pour remonter le temps. Homura perd espoir. Sa soul gem deviens noire mais Madoka arrive avec Kyubey, et sourit à Homura, lui disant qu'elle ne doit pas désespérer. Homura comprend que Madoka va conclure son pacte.
Homura rivela a Kyubey la natura della sua missione e Kyubey osserva che questo spiega l’enorme potenziale magico di Madoka: i poteri di una maga dipendono infatti dal peso del destino che è costretta a sopportare, e Madoka è chiaramente diventata sempre più potente man mano che il tempo veniva riavvolto per lei.
まどかが最強の魔法少女にして最悪の魔女と成り得る素質を備えた原因が、実はほむらの時間遡行の繰り返しにあったことが明らかにされ、ほむらの退路は次第に断たれていく。さやかの告別式から帰宅したまどかは、インキュベーターと魔法少女の関わりの歴史をキュゥべえから聞かされるが、まどかはその過酷さを知り混乱に陥る。のち、ほむらの家を訪ねたまどかは助力を申し出るが、ほむらからは自らが辿ってきたこれまでの真相を打ち明けられると共に涙ながら諭され断られる。やがて見滝原には「ワルプルギスの夜」が来襲し（ただし一般人には、暴風雨の発生としか認知できない）、ほむらはありったけの武装で応戦を始める。同じ頃、まどかは避難所にてほむらの劣勢を感じて何事かを決意し、母親に自分の覚悟を告げ戸外へと飛び出していく。死力を尽くして戦うもこれまでの時間軸と同様に敗北し、深手を負ってしまうほむら。どうしてもまどかを救えない絶望から彼女のソウルジェムが濁りきろうとしたその時、まどかが現れてほむらの手を取る。「ほむらちゃん、ごめんね」と笑顔を見せながら…。
비가 오는 날 고요하게 치러진 사야카의 장례식. 공허한 눈으로 집으로 돌아온 마도카는 방에 틀어박힌다. 혼자서 슬픔에 젖은 마도카의 앞에 나타난 것은 큐베. 사야카와 친구들의 죽음에 대해 냉정한 말투로 이야기하는 모습을 보고 결국 마도카도 분노하게 된다. 그런 마도카의 태도를 이해할 수 없었던 큐베는 자신들과 인류가 지금까지 함께 걸어온 역사를 이야기하기 시작했는데.
Кюбэй выдвигает теорию, что сила Мадоки вызвана именно путешествиями Хомуры, создавшей множество альтернативных миров с Мадокой в роли центрального персонажа. Мадока и Кюбэй спорят о этичности контрактов и в ходе спора Кюбэй демонстрирует историю человечества, показывая, что если бы не сила желаний волшебниц, человечество все еще жило бы в пещерах. Хомура пытается в одиночку победить Вальпургиеву ночь. Видя тщетность ее попыток, Мадока решает ей помочь.
Kyubey revela a Homura que la razón Madoka tiene el potencial para convertirse en una bruja tan poderosa es porque la constante de Homura viajes a través del tiempo para intentar salvar a Madoka ha dado lugar a que se convirtiera en el punto central de un sinnúmero de líneas de tiempo, ya que el potencial de una chica mágica está determinada por el efecto relativo de su papel en el destino.
沙耶香的葬禮在雨中肅穆進行。丘比出現在獨自悲傷的圓面前，以平淡的語氣述說沙耶香她們的死，圓對此感到憤怒。無法理解圓這種情緒的丘比，說出孵化者與人類共度至今的歷史。
Kyubey pokazuje się pogrążonej w żałobie Madoce. Nie rozumie emocji, jakie nią kierują, opowiada więc historię dwóch ras — ludzkiej i swojej.
