ホウエン地方を訪れたアランとマノンはダイゴやフラダリと合流し、古代の遺跡で謎の巨石を発見する。しかし、メガシンカしたレックウザの襲撃で巨石が姿を消してしまう。
消えた巨石の行方を探るアランとダイゴだったが、その最中にグラードンとカイオーガが復活。ゲンシカイキで絶大なパワーを手にした両者は海上に現れた巨石を巡って激突する。事態の収束に動くアラン達だが…。
Alain, Steven y Mairin llegan a Ciudad Rustboro y se dirigen a Devon S. A. para monitorizar las recientes actividades de Groudon primigenio y Kyogre primigenio. Al parecer ambos se dirigen hacia un mismo lugar en busca de la fuerza de una piedra gigante legendaria. Decididos a detenerlos, Alain y Steven se disponen a prepararlo todo para dirigirse al lugar.
