Después de la resolución del caso de Patricia Marcos, Sierra es encargado de una nueva misión: la Operación Rayo, que persigue la detención de unos atracadores que han estado perpetrando una serie de robos a bancos y comercios de lujo en diversas provincias del país.
El sonido de un disparo en el interior del banco hace saltar las alarmas del Teniente Sierra, que no logra comunicar con los dos atracadores que permanecen atrincherados en la sucursal. Ante la falta de noticias, la tensión se apodera de los familiares de los rehenes.
En el interior de una casa acomodada, el capitán Sierra consuela a unos viejos amigos. Sara, su hija de 20 años, ha vuelto a desaparecer. Hace dos años la adolescente desapareció y Sierra, responsable del caso, la encontró sana y salva viviendo con su novio. Como su huida fue por voluntad propia y la chica era mayor de edad, Sierra no pudo devolverla a su familia. Sin embargo, esta vez la situación parece diferente. Sara llama a sus padres, quiere que la perdonen. Les envía sus cosas en cajas de embalaje y queda con ellos en la estación de tren donde supuestamente se encontrarían. Pero Sara no aparece. ¿Se arrepintió en el último momento? O eso o esta vez Sara sí quería volver a casa pero contra todo pronóstico alguien se lo ha impedido. Al abrir una de las cajas Sierra descubre ropa de bebé: Sara tiene una niña y hasta el momento no parece haber rastro de ninguna de las dos.
Las noticias anuncian el suicidio de Antonio Castellar, un importante empresario arruinado por la crisis, en el despacho de su casa de la Sierra madrileña. Se da además la circunstancia de que el muerto era amigo personal de un ministro. Por esto, y para evitar que la noticia tenga una trascendencia mediática mayor, el coronel Garrido manda al capitán Sierra de la Unidad Central Operativa al lugar del atestado para acabar con las diligencias pertinentes lo antes posible.
Lucas, uno de los confidentes de la UCO, ha quedado en verse con Luis, capitán de confidentes de la unidad, para darle información sobre los próximos movimientos de la banda de los Tonys, una de las más importantes organizaciones de tráfico de droga. De camino a su cita, algo llama la atención de Lucas desde el interior de un túnel y se desvía de su ruta. Se oyen dos disparos. Para cuando los agentes de vigilancia y seguimiento que estaban tras Lucas le alcanzan, ya es demasiado tarde, ha sido asesinado. Paralelamente a la investigación del asesinato, la unidad central operativa lleva a cabo el seguimiento de una operación a gran escala, 'la operación ancla', que involucra al capo que ha ordenado la ejecución del confidente. El éxito de esta operación depende de la información que Lucas iba a proporcionar. Para evitar levantar sospechas entre la banda de los Tonys, Garrido, el coronel de la UCO, da prioridad a esta operación de narcotráfico, liderada por Julia, frente al asesinato, del que Sierra ha de hacerse cargo.
La Unidad Central Operativa entra en escena cuando desaparece Ana, una niña de 7 años, poco antes del comienzo del cole. Durante el reconocimiento de los alrededores del colegio, Sierra descubre un hueco reservado para camiones de mudanza, en el que, camuflados como transportistas, los supuestos secuestradores esperaron para llevarse a la niña.Horas después, los secuestradores llaman. Al otro lado del hilo telefónico se escucha la voz de Ana. Los informáticos de Unidad Central Operativa dan con la furgoneta gracias a una criba de las cámaras de tráfico de las últimas horas. La matrícula del vehículo es falsa, lo que podría significar que están frente a unos profesionales del secuestro.En el interrogatorio a la familia, Sierra descubre que tanto la madre como el padre de la pequeña no han contado toda la verdad desde el principio. Pero no hay mucho tiempo para lamentaciones. Los secuestradores amenazan con asesinar a la niña si no se paga un rescate.
Loli, una niña de 13 años, ha desaparecido de su casa y cinco días después sus padres parecen no estar inquietos por el hecho. Pero la noticia ha saltado a los medios de comunicación, y el equipo de Sierra entra en acción, ante lo que parece un caso de manual de violencia doméstica: la madre, una mujer castigada por el alcohol y el padre, un tipo muy vulgar, cuentan que la última vez que vieron a su hija fue el viernes por la noche, y le piden a Sierra que no siga investigando el caso, porque la niña todavía debe estar de marcha. Cerca del campo de fútbol aparece un pañuelo con sangre, y el móvil roto de Loli. Durante el registro de la casa de Loli, Segura descubre algunas manchas que parecen recientes y posiblemente de la misma procedencia que la del pañuelo. La sargento Laura Andrún comienza a sospechar del padre de Loli, un tipo de trato difícil pero al que nadie quiere acusar de violencia.
Una joven actriz aparece muerta y con evidentes signos de agresión sexual. Los medios enseguida relacionan la violación con las que se produjeron hace dos años en la mediática Operación Cuneta que resolvió la UCO y con Julia al mando.
Un matrimonio de clase alta aparece brutalmente asesinado en el interior de su lujosa casa. Lo cierto es que algunas de las joyas y bienes de la familia han desaparecido con el mismo modus operandi utilizado en los últimos robos perpetrados a algunos chales de la zona. A Sierra y su equipo lo que no les cuadra es que asesinaran a la pareja con tanta saña una vez se hicieron con todo el botín.
A pocos metros del edificio de la UCO, Sierra y su equipo encuentran el cuerpo de Ricardo, un empleado de limpieza, viudo y con un hijo. Parece que la muerte se produjo tras un fuerte golpe en la cabeza, probablemente con la barra de un coche. Concha, la prometida de la víctima, relata que Ricardo estaba muy nervioso en las últimas semanas.
En un apartado pinar aparece muerto dentro del coche un catedrático de arte de unos 50 años. La víctima tiene varias puñaladas de arma blanca por todo el cuerpo. Aparte del ensañamiento, lo que más les llama la atención es que la ropa desprende olor a linimento. Sierra conoce al tipo, o más bien, sus libros: colecciona dos de una trilogía que ahora jamás podrá terminar de leer.
En el almacén de un prostíbulo yace asesinado el portero del local. Los departamentos de Crimen organizado y Delito Contra las Personas investigan la posibilidad de que la causa del delito sea una implicación de mafias, un ajuste de cuentas o la culpabilidad de una persona más cercana a la víctima. Hasta el momento, la sospechosa principal es una de las chicas del prostíbulo que no se encuentra en el club y que tenía una relación bastante estrecha con la víctima.
Alfredo, inspector de hacienda, lleva conduciendo varias horas por la noche y para su coche cerca de un auto lavado para descansar. De repente, alguien dispara a su vehículo. Asustado, mira a su alrededor pero no ve a nadie. Por suerte, su francotirador no le alcanza y todo queda en un desagradable susto, pero ¿quién ha intentado matarle?Los UCOs acceden a sus datos personales, cuentas bancarias e información de su ordenador personal. En él encuentran unos mails amenazantes. Alfredo cuenta que tuvo una aventura que actualmente ya ha finalizado. Relata que su amante le confesó a su marido su historia con Alfredo y fue entonces cuando empezó a recibir amenazas por ese hombre.