船籍不明の民間輸送船が何者かに襲撃を受ける。コードネーム「エス」こと「S.A.C」の仕業と睨んだネクスト同盟軍の回収作戦責任者アカネ・アオイ大佐は、上層部の懸念をよそに「S.A.C」開発に関わったことが原因でサイボーグとなったアーノルドを作戦に編入させる。その一方で…。
「S.A.C」をおびきだそうと無人船を飛ばすアオイとアーノルドだが「S.A.C」は気配すら感じさせなかった。一方、政府軍への抵抗を続ける地球革命組織テラは、度重なる鎮圧に疲弊していく。「S.A.C」を“大いなる力”と崇めるテラの長ハルは宇宙にテレパシーを送り始める。その頃、ネクスト7では…。
爆発を遂げた輸送船を調査し、「S.A.C」のエネルギー残留物を発見したアオイは襲来を確信する。さらに政府軍が「S.A.C」獲得に乗り出したことを知るに及んでアオイは宙域に警戒体制を敷く。一方、アンがネクスト病に感染、薬の調達に行こうとする者たちには、その得体の知れない厳戒体制があだとなり…。
「S.A.C」に対する意見がアオイと対立したアーノルドは単独行動をとるようになった。一方、月に拠点を移したテラではハルの言葉のまま“大いなる力”捜索を開始。その中、ケンと喧嘩になったアンがMVで行方を絶っていた。焦るケンたちだが、アンは正体不明機として同盟軍「S.A.C」包囲網の真っ直中に…。
探索は進まず、アーノルドにも手こずるアオイは電磁フィールドに「S.A.C」を追い込み、根幹の電子回路を破壊する新たな作戦を考えた。一方「S.A.C」にテレパシーを送り続けるハルの精神は疲弊し、肉体にも変調を来し始めていた。その頃、調達に出かけたジェイたちはテラのシャトルを襲撃しようとして…。
成果を上げられぬまま「S.A.C」捕獲作戦指揮者の任を解かれたアオイ。軍人生活最初の挫折を味わうアオイの失望は大きく、部下カールの励ましも耳に入らない。カールは自らが抱くアオイへの思いそのままに単独行を開始、運び屋を騙ってネクスト7に。一方、バルザックの参加を諦めきれないハルは…。
部下からネクスト7に潜伏中の男たちのファイルを見せられ愕然とするアオイ。そこにはネクスト同盟軍に今も語り継がれる歴戦の勇士の名前がある！ 併せて名を連ねている者たちいずれもMVの腕が確かで戦闘に長けている。捨て駒に使うには絶好の連中であるともくろむアオイは、単身ネクスト7へと向かい…。
航行不能になったテラのシャトルをネクスト7へ曳航してくるのはバルザックだった。シャトル自体のダメージもさることながら「S.A.C」を“大いなる力”と思いこんで交信を続けているハルの疲労はピークに達していた。その頃、テラを追うネクスト同盟軍治安局はハルたちがネクスト７にいることを突き止めて…。
「S.A.C」の記録映像が物語る破壊力を「進化」と捉えるアーノルド。それをもとに参謀への提言におよぶアオイは、起死回生の機会を見逃さない。一方、ハルは“大いなる力”が組織を救済したものと、部下の動揺を余所に憑かれていく。ネクスト7では重傷のケンを想い、新たな「調達」に乗り出すが…。
ケンの病状が好転しないまま底をついていく薬。ジェイとアンは新たな「調達」をもくろむが思うようにはいかない。華麗なチームプレイもメンバーが揃っての話だ。アオイの勧めのままにネクスト同盟軍を訪ねた者、ハルの率いる革命組織テラへの協力に出向いた者…。ネクスト7の仲間たちを襲う現実は…。
アオイの前線指揮によるネクスト同盟軍の新たな捕獲作戦は翌日に迫っていた。その鍵を握るのはネクスト7から合流した二人だが、特別待遇もただの「捨て駒」と分かれば話は別だ。一方テラにあってはハルの乱心が組織を消沈させていくのを、これまたネクスト7から合流した二人は堪らない気持ちで受けとめるが…。
遂に「S.A.C.」捕獲作戦が幕を開けた。「S.A.C.」が出現するが、罠に落ちていくのはネクスト同盟軍の方だった。進化した「S.A.C.」の力は周辺MVを遠隔操作して作戦は絶望的な事態を迎えていく。「S.A.C.」の意のまま出現する革命組織テラ。…とケンの仇討ちを誓うジェイの姿が…！