船籍不明の民間輸送船が何者かに襲撃を受ける。コードネーム「エス」こと「S.A.C」の仕業と睨んだネクスト同盟軍の回収作戦責任者アカネ・アオイ大佐は、上層部の懸念をよそに「S.A.C」開発に関わったことが原因でサイボーグとなったアーノルドを作戦に編入させる。その一方で…。
