中村博士の発明したミクロ化光線を浴びた敷島博士が行方不明になってしまう。博士を探すため、鉄人と正太郎もミクロ化して下水道の中へ。だが、これはブランチに娘を誘拐された中村博士の罠だった。下水道の中は、巨大なネズミなど、今まで体験したことのない危険が待ち受ける未知の世界。しかも、24時間以内に元の大きさに戻らなければ、ミクロ化された物体はすべて爆発してしまうことも判明した！
