Im Innern von "Red Noah" bedroht Gurgoile Kapitän Nemo, Electra und Jean. Als Kapitän Nemo Jean bittet, die willenlose Nadja und auch Neo zu erschießen, ist dieser unfähig, der Bitte nachzukommen. Nadja und Neo eröffnen ihrerseits das Feuer und verletzen Kapitän Nemo dabei schwer. Doch plötzlich geschieht ein Wunder: Neo erkennt seinen Vater und es gelingt ihm, Nadja zu befreien, was aber seinen Tod zur Folge hat. Nadja ist aus ihrer Willenlosigkeit erwacht und sie befindet sich wieder in Besitz des "Blue Water". Als Gurgoile ihr den Stein abnehmen will, sie aber die Herausgabe standhaft verweigert, wird Jean von Gurgoile getötet. Die Rettung naht in Form der "Nautilus" und Kapitän Nemo händigt Nadja seinen "Blue Water" aus. Mit Hilfe dieses 2. Steines kann Nadja Jean wieder zum Leben erwecken. Die beiden Steine verlieren dadurch nicht nur für alle Ewigkeit ihre Wirkung, auch der schwer verletzte Kapitän Nemo ist jetzt schutzlos. Gurgoile indes setzt alles daran, die Rettung Jeans zu verhindern, er kann nicht glauben, dass Nadja somit auf ihre Macht verzichtet. Aber die Steine erstrahlen bereits, Nadja ist erfüllt von ihrem Licht, und Gurgoile, der in die Lichtquelle eintreten will, löst sich in Salz auf, sein Körper zerbricht. Gurgoile war ein Mensch; er konnte in diesem Licht nicht überleben, dieses Privileg hatten nur die Wesen von Atlantis. Jean ist gerettet. Die "Red Noah" stürzt in die Erdatmosphäre und droht, dort zu verglühen. Als Kapitän Nemo die "Nautilus" starten will, merkt er, dass sie keine Energie mehr hat. Er stellt eine Verbindung zu "Red Noah" her und bleibt zurück. Dann gibt es eine riesige Explosion, in deren Folge die "Red Noah" zerstört wird. 12 Jahre nach diesen Vorfällen erzählt Mari, was aus den Freunden geworden ist.
All the pieces fall into place for the final stage of Jean and Nadia's journey around the world, Nemo and Gargoyle's long-standing feud, and the secret behind Nadia's Blue Water pendant.
I won't tell you how it ends....
Argon est sur le point de conclure son plan et de faire renaître le puissant peuble des Atlantes. Il propose une dernière fois à Némo de le rejoindre à ses côtés...
Jean viene ucciso da Gargoyle, ma Nadia utilizza il potere della sua Pietra Azzurra e di quella del padre per riportare in vita il ragazzo che ama. Gargoyle rimane ucciso dalla luce della pietra: solo un Atlantideo può resistere a tale luce, ma lui è umano anche se non ne era al corrente. La nave di Gargoyle sta precipitando e Nemo si sacrifica per permettere all'equipaggio del Nautilus di salvarsi. Nadia è ora una terrestre come Jean e assieme a lui può iniziare una nuova vita.
ナディアの兄・ネオはガーゴイルにより機械化され操られていた。ネオとナディアがネモを撃とうとしたまさにその時、N−ノーチラス号が反撃しネモは間一髪危機を免れる。一方奇跡的に自らの意識を取り戻したネオは、命をかけてナディアを洗脳から解放する。意識を取り戻したナディアはガーゴイルに反発。ガーゴイルは見せしめに、エレクトラ、ジャンを次々手にかける。悲しみに沈むナディアは、ここで最後の決断を迫られる･･･
나디아의 오빠 네오는 가고일에 의해 기계화 되어 조종당하고 있었다. 네오와 나디아가 네모 선장을 쏘려고 하는 순간 노틸러스호의 반격이 시작되고 네모 선장은 아슬아슬하게 위기를 모면한다. 한편 기적적으로 자신의 의식을 되찾은 네오는 목숨 걸고 나디아를 세뇌로부터 해방시킨다. 의식을 되찾은 나디아는 가고일에게 반발하고 가고일은 본보기로 에레크트라와 쟝을 죽이려고 한다. 슬픔에 잠긴 나디아는 최후의 결단을 내려야 하게 되는데...
