Allelujah findet heraus, dass das Superhuman Institute immer noch besteht. Um seine eigene Vergangenheit zu löschen, beginnt er an einem Plan zu arbeiten um das Institut zu zerstören.
Allelujah Haptism decides to face his past and proposes a mission to destroy the facility where he was 'created'. Sumeragi accepts his proposal and launches Exia and Dynames to attack South Africa as a diversion while Kyrios and Virtue assault the HRL colony where the illegal experiments on children have been conducted. Flashbacks of Allelujah's turbulent past is shown as he grapples with the decision to open fire on the experimental lab. Celestial Being then leaks information on the experiments to the media, turning it into an international incident and a public relations disaster for the HRL. Sergei becomes aware of the experiments and detains one of the scientists responsible and who also tried to cover it up. Kinue also continues her investigation into Aeolia Schenberg, delving deeper into the mysteries surrounding Celestial Being's founder.
Suite au combat face à la LRH, Allelujah confirme ses doutes : la pilote du Tieren Taozi provient du même institut que lui et a été génétiquement modifiée jeune à l'aide d'ondes cérébrales quantiques. Après longue réflexion avec son alter ego Hallelujah, il propose une nouvelle mission à la tacticienne Sumeragi ciblant cet Institut de Recherches Surhumaines de la LRH.
辛くも人革連によるガンダム鹵獲作戦を退けた、刹那たちソレスタルビーイング。作戦のミスをとがめるよう、スメラギに食って掛かるティエリアだったが、それは自らガンダムナドレの姿を晒してしまった苛立ちからでもあった。
その戦闘中、敵パイロットである超兵、ソーマ・ピーリスと共鳴する何かを感じ取ったアレルヤは、ひとり自分の過去を顧みる。人革連の施設にいた頃の自分と、それを発端として現れたもう一人の自分「ハレルヤ」。未だ超兵の実験が行われていることを、戦場でのピーリスとの接触から確信したアレルヤは、忌まわしい過去と現在を払拭するため、スメラギにあるプランを提出する。それは、人革連の超兵機関施設への強襲だった。
Allelujah Haptism decide enfrentarse a su pasado y se ofrece voluntario para una mision que supone la destrucción de la instalación donde él mismo fué creado, Sumeragi acepta la proposicion y ordena al Exia y el Dynames atacar Sudáfrica como parte de una estratégia de distraccion, mientras el Kyrios y el Virtue asaltan la Colonia de la HRL donde se realizan experimentos ilegales con niños. Las sombras del pasado vuelven a Alelujah durante la operacion, lo que no impide la total destruccion de las instalaciones. Mientras, Celestial Being filtra información a los medios acerca de los experimentos secretos de la HRL con el fin de dañar su imagen pública. Por su parte Kinue continúa la investigación sobre Aeolia Schenberg en su intencion de descubrir los misterios que rodean al fundador de Celestial Being.
刹那与天人成员历经千辛万苦，终於化解了人革连的高达捕获作战。提耶利亚对於皇的战术疏失公开表示强烈不满，但这其实是源於他犯下暴露双灵高达存在的过失，因自责焦躁而生的迁怒。在先前的战斗中，阿里路亚与敌方的超兵索玛．皮利斯产生了某些共鸣，令他开始独自回想自己的过去。
