星野新太（岡田将生）、古崎由乃（剛力彩芽）、森口類（本郷奏多）、沖江春奈（福田麻由子）は新太と由乃の「未来日記」の画面に現れたゲームの主催者・デウスからのメッセージをみる。デウスは「未来日記」を所持するのが７名で、残り１名になるまでお互いを殺し合え、と指示。最後まで生き残ったものには、素晴らしい未来を与えると約束した。
そんな新太たちを物陰から見つめる制服姿の少女がいた。その少女・不破めぐみ（二階堂ふみ)も「未来日記」の所有者だった。その後、類は自分を訪ねてきた刑事で未来日記所有者の萩戸（岡田義徳）に、デウスから聞いたことを話す。そもそも、誘拐された類の妹・春奈を返還するため、類が犯人から指定された新太・由乃・萩戸・めぐみの４人に「未来日記」を渡したことで、“ゲーム”は始まったのだ。
同じ頃、新太と由乃は、一縷の望みを持って新太の父・九郎（光石研）が勤めるクロノスシード社を訪ねたが、九郎は在籍していなかった。自分が父を殺してしまったかもしれない、と落ち込む新太に由乃は、ゲームに勝って最後のひとりに残れば九郎を取り戻せるはずだと話す。新太は信じられないが、由乃はそれがルールだから、と笑顔を見せた。
その後、類とめぐみが話しているところに新太がやってきた。類は新太に、めぐみが自分が家庭教師として面倒をみていた生徒だと話す。「未来日記」所有者同士協力を誓う新太とめぐみ。しかし、新太の「未来日記」に、そのめぐみが倉庫に監禁されている、とのメッセージが届き・・・。
