文科省官僚の御上孝（松坂桃李）は私立隣徳学院3年2組の教壇に立っている。 29人の生徒を前に、御上の授業が始まる。その場にいる29人の生徒は、それぞれの想いをもって、向き合っていくのだが、御上が投げかけるある問いが、波紋となり、生徒たちをつき動かすことになるーー。
試験会場で起きた殺人事件と自分がリークした不倫記事は関係がある。御上（松坂桃李）の言葉が気になった報道部の神崎（奥平大兼）は、隣徳学院を辞めた教師・冴島（常盤貴子）に会いに行く。 事実が明らかになる中で、神崎の記事について生徒たちに討論させる御上。同じ頃、文科省の塚田（及川光博）と槙野（岡田将生）が、動き出す――。 殺人事件、不倫記事、隣徳、文科省、これらには一体どんな関係があるのか、そして殺人犯の目的とは――。
殺人犯・真山弓弦（堀田真由）に面会した御上（松坂桃李）は、事件がこの世に及ぼした影響について語る。御上はなぜ真山のもとを訪れたのか。 一方で、神崎（奥平大兼）は自分が書いた記事の真実を知るために冴島（常盤貴子）に食い下がるのだが･･･。 御上の存在が３年２組を徐々に突き動かしていくのだが、反発も当然生まれていく。対して御上はどのように生徒を導いていくのだろうか。 そして、ついに御上の過去が明かされる――、御上の前に度々現れる謎の青年の正体とは。
冴島（常盤貴子）と国家公務員採用総合職試験会場で起こった殺人事件の関係が公になり、神崎（奥平大兼）は責任を感じ冴島のパート先を訪れるが、すでに辞めた後だった。 そんな中、教室では御上の提案で、生徒たちは議論を始める。 また、隣徳学院に届いたヤマトタケルを名乗る人物からの一枚のFAX、是枝（吉岡里帆）は自分なりの答えに辿り着き――。
