御上(松坂桃李)に対して文科省への帰還命令が下される。3年2組の成績が落ちてきたことで、保護者たちが問題視していると言うのだ。生徒たちは反発し、御上を救う方法を考え始める。 そんな中、悠子(常盤貴子)の事件を調べていた神崎(奥平大兼)と次元(窪塚愛流)は、ある人物にたどりつく――。 そして、神崎の記事など学校の機密をリークしていた人物が明るみになり、御上と是枝は、攻撃を仕掛ける。御上と生徒たちによる、権力をぶち壊すための最終決戦が幕をあける。