L'avvocato Barbara Foscarini si presenta alla Cuccia, il locale dove l'Alligatore ha trovato rifugio dopo essere uscito di prigione. Alberto Magagnin, il suo assistito, sembra essere sparito nel nulla. Magagnin è un gigolò di provincia, un povero cristo che l'Alligatore ha conosciuto in carcere, dove è nata un'amicizia che ha continuato a legarli nonostante la distanza. L'Alligatore ha una motivazione forte per accettare il caso, non esita, si mette subito all'opera, scopre che Magagnin ha ricominciato con l'eroina e che, soprattutto, aveva una relazione con una donna più matura di lui, Piera Belli.
L'Alligatore, insieme a Beniamino Rossini, continua le indagini su Alberto Magagnin con l'aiuto degli amici storici Max e Marielita. Dal caso Magagnin riemergono tracce del passato di Buratti, quando era un cantante blues innamorato di Greta e, soprattutto, indagando sugli intrighi di potere, sulla sua strada ricompare Tristano Castelli.
Un giovane colombiano, fermato dalla polizia all'aeroporto di Venezia, viene trovato in possesso di cocaina e confessa che doveva consegnarla alla pensione "Zodiaco". I poliziotti si recano all'appuntamento e, quando Nazzareno Corradi bussa alla porta della stanza, lo arrestano accusandolo di traffico internazionale di stupefacenti. L'avvocato Bonotto, che difende Corradi, contatta l'Alligatore. Ritiene che il suo cliente sia vittima di una macchinazione, una vendetta della polizia per una rapina avvenuta anni prima in cui sono morti due agenti. L'Alligatore decide ancora una volta di accettare il caso.
Alligatore, Rossini e Max portano avanti le loro ricerche sul caso del corriere colombiano. I tre amici scoprono che nella faccenda è coinvolta Rosa Gonzales, detta la Tía, narcos temibile e zia del colombiano arrestato all'aeroporto. La donna è venuta a sapere che suo nipote ha tentato di fregarla cercando di mettersi in proprio e vola in Italia con il suo sicario Alacrán, decisa a scoprire chi sta cercando di avviare un nuovo canale di spaccio.
L'Alligatore è costretto suo malgrado a navigare nell'inquietante mondo del sadomaso, un universo di violenza e solitudine che a lui e a Rossini mette i brividi. Mariano Giraldi, il marito di una donna scomparsa, nasconde alla polizia la sua appartenenza al mondo del sadomaso e si rivolge all'Alligatore, l'unico investigatore che viaggia nei territori oscuri dell'illegalità insieme ai suoi inseparabili compagni d'avventura Beniamino Rossini e Max la Memoria
Le indagini sul Maestro di Nodi portano l'Alligatore alla scoperta di questo ambiente, fatto di gente sola e ricattata, dove predatori feroci si aggirano e colpiscono in modi efferati. Questo mondo oscuro segnerà profondamente i nostri tre amici, facendo riemergere i fantasmi del carcere, i ricordi dolorosi e sconvolgenti di violenze viste o subite.
Come è nato "L'Alligatore"? Quali differenze ci sono tra i romanzi di Carlotto e l'adattamento per la televisione? Ne parlano i protagonisti della serie.
Chi è l'Alligatore? Matteo Martari, protagonista della serie, ci racconta il suo personaggio.
Dietro le quinte della serie "L'Alligatore", scopriamo il lavoro degli attori e del cast tecnico.