国民的人気タレント『ねむ』が犯罪組織に攫われた！ 誰もが絶望しかけたその時、現れたのは最強のエージェント！ 「コードナンバー：セブン、ミッションを遂行する」 颯爽と戦うセブン！ねむを助け出し、２人はいい雰囲気に― ……という夢を見ていた、普通の好青年・万津莫。 誰かを助けようとすると、なぜか自分だけ悪夢のような不幸に見舞われてしまう不運体質の彼が理想の自分になれる唯一の場所。 それが夢の世界なのである。 しかし、そんな夢の世界へ悪夢の怪人・ナイトメアが襲い来る！ 夢を侵略し、現実までも侵食しようとする奴らを止めるため、莫は立ち上がった。 現実では普通でも、夢なら最強！！ 莫が夢を信じるとき、『仮面ライダーゼッツ』は目覚める。
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夢の中でなぜか逃亡犯となっていた莫（今井竜太郎）。爆弾魔のナイトメアに遭遇するとゼッツに変身するが逃げられてしまう。ある夜、突如ゼロ（声・川平慈英）に呼び出された莫は「他人の夢に潜入しナイトメアの悪夢を未然に防げ」という指令を受ける。ということは、あの爆弾魔を止めなければ…。莫の“夢主”を守るためのミッションがスタートする！
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夢主は富士見刑事。 だが、富士見は本当に連続爆破事件を望んでいたのか？ 深層心理の底に眠る心の扉。 その最後の１つが開かれれば、悪夢は現実へと溢れ出してしまう！ 夢なら最強！！ ……でも現実は普通の好青年だった莫。 ゼッツとして。 エージェントとして。 本当の戦いがいま始まる。
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夢の仮面ライダー、目覚める。 夢に潜入して人々を救うミッションスタート!
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なぜ花嫁の美雪が夢見る者なのか？現実世界で情報収集を続けるバクは、公園の大木の前に立つ美雪と接触する。美雪には、人生を変えるほどの記憶があることを知る。 夢の世界で、バクは美雪の「心の扉」を見つけ、その扉の向こうに広がる思いがけない光景を目にする。そして、再び現れたカラスの悪夢が、美雪たちを襲う！
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今宵のミッションは巨大監獄からの脱出。 そして捕らわれたターゲットは……ねむちゃんのご両親！？ 世界観、登場人物、ナイトメア。 全てが謎に包まれた夢の中で、莫は夢主の深層心理にたどり着くことができるのか？ 切り札は「ゼッツカメラ」と「マシーナリー」カプセム。 そして遂に、夢を彷徨う謎の男『ノクス』が動き出す！
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脱出不可能な巨大監獄は、プリズンナイトメアそのものだった！ ナイトメアは夢主の深層心理の現れ。 そこには、美女木社長が『ねむ』を監獄に閉じ込める真の理由があった。 それは国民的人気タレントに隠された、とある秘密―― 現実の苦しみから逃れるために作り出された悪夢を壊すことは、夢主を救うことなのだろうか。 「プロジェクション」カプセムは、全ての真実を映し出す。
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創業100年の老舗レストラン『ロワイヤル城金』。 伝統の味を守り続け、国際会議でも料理が提供されるほどの有名店だ。 しかし今、この店は生物兵器の脅威に晒されている。 次々と倒れるシェフたち。 犯人は誰なのか、そして姿の見えない敵への対抗手段とは？ ここは「リカバリー」カプセムの出番だ、セブン。
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シェフ・サンノウが望む悪夢とは？ 現実世界でのシオミたちの言葉にヒントを得たバクは、夢の中でサンノウの3つ目の「心の扉」を発見。その中を覗き込む…！ フジミたちが首脳会談を阻止しようと奔走する中、バクはゼッツに変身し、ポイズンナイトメアと激突する。しかし、その時、ノックスが再び姿を現し…！？
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「国家機密奪還」の任務を負ったバクは、夢の中で美術品収集家・アツミの邸宅に潜入する。アツミのコレクションにあった名画が盗難に遭い、バクはその絵画に国家機密が隠されているのではないかと疑う。 しかし、犯人を追うバクの前にノックスが現れ、「知りすぎると破滅する」と警告する。次の瞬間、ノックスの武器の一撃がバクに襲いかかり…!?
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夢の中で盗まれた傑作は、ナイトメアに侵食されてしまった。このままでは、絵画に秘められた国家機密は、いまだに解き放たれずに終わる……。落胆するバクだったが、ゼロはいつになく厳しい口調で彼を叱責する。 バクは再び夢の中でゼッツに変身する。モールドナイトメアからアツミを守るため、ワンダーカプセムを手にしたその時…!?
夢の中で、バクは宇宙センターの職員となる。新たな任務は、迫り来る巨大隕石から地球を守ること。衝突までの時間は48時間。目を覚ましたバクは、人類の破滅が迫っていることを藤見と南雲に伝え、行動を開始する。 夢の世界に戻ったバクは、ネムと共に小惑星の衝突を回避しようとする。しかし、そこにノックスが立ちはだかる。ノックスはベルトを締め、カプセムを装填し…！
ノクスナイトとの戦闘で自身の無力さを痛感したバクは、エージェントとしての自信を失い、ゼロに不適格と烙印を押される。 しかし、星矢との何気ない会話が、バクに自らを見つめ直すきっかけを与える。夢の中で、星矢の「心の扉」を発見する。新たなカプセムを手に、バクはノクスに立ち向かう！
バクの新たな使命は、宿敵ノックスを倒すこと。夢の中でブラックホールをさまよいながら、バクは幼少期に見た悪夢を追うようになる。 幼いバクは予備校に通う。彼の行動を追うように、塾講師のノックスが現れる！ノックスとの過去の出会いに衝撃を受けたバクは、消された記憶を取り戻そうと、ノックスと対峙する！
CODEとは一体どんな組織なのか？バクはゼロに問い詰め、ノックスがかつてCODEのエージェントだったことを知る。 ネムはノックスの悪夢を見透かしているとバクに報告する。全てを悟ったバクは、再びノックスに立ち向かい、新たなカプセムを使ってゼッツへと変身する…！
バクの新たな任務は、ナイトメアに拉致されたネムの救出だ。ゼロは、ノックスを逃がしたバクを「組織の裏切り者」と糾弾する。 バクは信頼を失いながらも、任務遂行のために奔走する。一方、ノックスはバクの窮状を顧みず、ゼロに立ち向かい、新たなドライバーを装備し、カプセムを装填する！
ゼロを失ったバクだが、ネム救出作戦を続ける。そんな中、ナース・ハルはバクにネム失踪の驚くべき真実を明かす。 夢見る者の心の扉を見つけたバクは、ウルフナイトメアを追跡し始める。しかし、ノックスが行く手を阻み、仮面ライダーノックスへと変身する。バクもまたゼッツへと変身し、ついに二人のライダーが激突する！
高校生になった獏は夢の中で、ナイトメアが仕掛けるデスゲームからクラスメイトのナスカとクレハを守らなければならない。 生徒たちが倒れていく中、クレハは銃を手に取り、ナイトメアに戦いを挑む。獏が介入するのを見て、クレハは「…セブン」と呟く。なぜクレハはその名前を知っているのか…！？
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