“İçerde”nin ilk bölümünde; Polis Akademisi’nin birincisi Sarp Yılmaz, mezuniyetine bir hafta kala babasının karanlık geçmişiyle yüzleşmek zorunda kalır. Hiç yapmaması gereken bir şey yapar ve hayatı alt üst olur. Akademi’den mezun olan Komiser Mert Karadağ ise, Organize Şube’de görevine başlar ve karşısında düşman olarak dönem arkadaşı Sarp Yılmaz’ı bulur.
Öldü zannettiği kardeşinin yaşadığına dair bir ipucu yakalayan Sarp kontrolünü kaybeder. Yusuf Müdür'le kurdukları plandan vazgeçme noktasına gelmiştir. Ya köstebek olarak kardeşinin izini sürüp onu bulmaya çalışacaktır ya da öfkesine mağlup olup kardeşini kaçıran Kebapçı Celal’le yüzleşecektir. Öte yandan Mert, annesi olduğunu bilmediği Füsun’la ve Eylem’le giderek tehlikeli bir şekilde yakınlaşmaya başlar. Polisin içindeki Mert’le, mafyanın içindeki Sarp’ın sırları giderek açığa çıkma noktasına gelir.
Ömer’in, Davut tarafından infaz edildiği gece Sarp, Komiser Mert’in hayatını kurtarmak için kendi kendini omzundan vurmak zorunda kalır. Bu durum Mert’in ve Sarp’ın arasında sır olarak kalmak zorundadır. Mert kaçıp kendisini kurtarmaya çalışırken yaralı olan Sarp’ı, Davut o gece ormanda ölüme terk eder. O gece ormanda öleceğini düşünen Sarp’a son anda hiç beklemediği birinden yardım eli uzanır. Alyanak, otoparka yaralı halde gelen Sarp’a birinin yardım ettiğinden şüphelenmektedir. Füsun bütün gece Sarp’ı aramıştır fakat ulaşamaz. Başına bir şey geldiğinden endişelenen Füsun soluğu Alyanak’ın otoparkında alır. Sarp’ın yaralandığını Füsun’dan gizlerler. Kebapçı Celal Sarp’ı gizli bir göl evinde tedavi ettirir. Onu yalnız bırakmayan Melek’le aralarında duygusal bir yakınlaşma başlar.
Füsun, Sarp’ın polis olmak yerine Celal’in adamı olmasından dolayı üzüntü içindedir. Bir sabah rahatsızlanır, bayılır. Eylem hemen Füsun’u hastaneye kaldırır. Bu arada Sarp ormanda yaşanan olaydan sonra Yeşim’in şoförlüğünü yapmak üzere Celal tarafından görevlendirilmiştir. İyileşir iyileşmez yeni görevine başlar. Mert’in; Füsun ve Eylem’le yakınlığını fark eden Celal, Mert’i hiç olmadık bir yerde görünce çok sinirlenir. Bu konuda Mert’i cezalandırmaya karar verir. Melek’e aşık olan Davut, Sarp’la ikisini göl evinde gördüğünden beri Sarp’a karşı dolmaktadır. Melek’e bu konuda bir hamle yapmaya karar verir. Füsun’un rahatsızlanmasının üzerine annesini daha fazla üzmek istemeyen Sarp, duygusal olarak içinde bulunduğu görevle annesi arasında kalmış hissetmektedir. Bunu sezen Yusuf Müdür’ün bir planı vardır.
Melek’in, Sarp ile ilgili şüpheleri vardır. Bu durumu netleştirmek zorunda olduğunu hisseder. Eğer Yusuf'a bilgiyi götüren Sarp ise bunu Celal ile paylaşmak zorundadır. Sarp, Necip’ten kardeşinin hayatta olduğunu öğrenince çok sevinir ama Necip evini yakarak izini kaybettirmiştir. Sarp, Celal’in özel misafiri Akın Işık ile büyük bir sevkiyat işi yapacağını öğrenir. Bu sefer kesin Celal’in işini bitireceğini ve kardeşine ulaşacağını düşünüyordur. Bu arada Füsun’un Lokantası'nda Barış diye bir çocuk işe başlar. Füsun’un anne şefkatiyle yaklaştığı Barış acaba kimdir? Celal için çember daralırken, oyun kuran Melek; Sarp’ın, Yusuf'un adamı olduğunu ortaya çıkarabilecek midir?
Yusuf, Celal’in sevkiyatını basmak için özel harekat polisleriyle birlikte harekete geçer. Celal’in lojistik firmasını Melek’in üzerine devredecek olması Yeşim’in hiç hoşuna gitmemiştir. Yeşim, Melek ve Sarp’ın yakınlaşmasını koz olarak kullanmaya karar verir. Yusuf ekibin içinden birinin Celal tarafından satın alındığı bilgisini ekibiyle paylaşır. Hainin kim olduğunu bulmak zorundadırlar. Yusuf’un ekibi zorlu bir sınavdan geçecektir.
Eylem’in sokak çocuklarıyla ilgili yaptığı haber Melek, Celal ve Mert’i endişelendirir. Celal bunu yapanın kim olduğunu bulması için Mert’i görevlendirir. Mert, Eylem olduğunu öğrenir ama ona bir zarar gelmemesi için Kebapçı Celal’e söylemez. Ayrıca haberde Mert, geçmişiyle ilgili bir ipucu yakalar ve peşine düşer. Sarp telefonundaki “aşkım” diye kayıtlı kişinin Yusuf Müdür olduğunu Melek’in anlamaması için küçük bir plan yapmıştır. Barış kendisini Füsun’un lokantasına yerleştiren adamla buluşur. İlk görevini alır.
Sarp'ın, Melek’in Celal’in kızı olduğunu öğrenince kafası karışır. Hem onu üzmemek için gerçeği gizler, hem de ilişkilerine mesafe koymak ister. Mestan, Sarp’ın Kebapçı Celal’e olan sadakatinden şüphelenmeye başlamıştır. Bunu Celal’e dillendirir. Mestan işin aslı olup olmadığını öğrenmek için Kebapçı Celal’den onay alıp Sarp’ı takip etmeye başlar. Celal daha önce Füsun ve Eylem’den uzak durması konusunda uyardığı Mert’i Sarp hakkında bir açık yakalaması için Füsun’un lokantasına gönderir. Yeşim, Sarp’ı Melek konusunda uyarır. Melek’in yeni oyuncağı olduğunu, kendisiyle işi bitince fırlatıp atacağını söyler. Sarp, Mestan’ın adım adım peşinde olduğundan habersizdir. En ufak bir hatasının telafisi olmayacaktır. Bu kez Sarp için çember iyice daralmıştır.
Sarp, ailesini kurtarmak için mahalleye Celal ile yüzleşmeye gider. Elindeki tek kozu Melek’tir. Mert, Füsun ve Eylem’in kaçırılmasına sebep olduğu için çok üzgündür. Onlara bir zarar gelmemesi için plan yapar. Yusuf’tan gizli olarak ekibini alıp Melek, Füsun ve Eylem’in takas yerine gider. Mert’in bu hamlesini Yusuf öğrenince bilgisi dışında iş çevrildiği için çok kızar. Mestan’ın ölümünden dolayı Sarp’ın peşinde, sadece Celal ve adamları yoktur ayrıca polis de Sarp’ın peşindedir. Sarp kimseye yakalanmadan kendisini aklamak zorundadır.
Sarp kendisine ve Celal'e oynanan oyunun aktörlerini artık biliyordur. Bilmeceyi çözmüştür. Şimdi intikam zamanıdır. Bütün yaşananlara sebep olanlar bir bir yakalanıp hesap vermek zorundadır. Alyanak, Celal’i bitirecek kudrette bir adam değildir. Tüm planı kuran Köstenceli'dir. Ancak Köstenceli’den intikam almak kolay olmayacaktır. Zekice plan yapıp temkinli hareket etmek gerekiyordur. Mert de oyuna dahil olur. Yusuf Müdür hem Celal’i hem de Köstenceli’yi aynı anda bitirmenin planlarını yapmaktadır.
Alyanak, Celal’in adamlarına görünmeden kaçmayı başarır. Şimdi hayatta kalabilmek için plan yapmak zorundadır. Yusuf ve ekibi Köstenceli’nin öldürüldüğünü öğrenirler fakat Celal aleyhine herhangi bir ipucu bulamamışlardır. Artık hem Yusuf ve ekibi, görgü tanığı olarak hem de Celal’in adamları hain olarak Alyanak’ın peşindedir. Yüzüklü adam Coşkun tekrar ortaya çıkar. Eylem üzerinden Celal’e tuzak hazırlığı içindedir. Eylem durumu Mert’e anlatır. Mert bir yandan Füsun için Umut’u ararken diğer yandan Coşkun'un hayatta olduğunu öğrenir. Yusuf, Necip Uyanık kılığında Sarp ile tekrar iletişime geçer. Birbirinden haberdar olmayan iki kardeşin yolu hiç ummadıkları bir yerde kesişir.
